计算化学公社

标题: Gromacs如何把线程绑定到12代CPU大核心运行？ [打印本页]

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-24 21:56
标题: Gromacs如何把线程绑定到12代CPU大核心运行？
各位大神，我用12700f 运行 Gromacs2020.6，发现无论gmx mdrun -deffnm md -nt 8 -pin on 或 -pinoffset 0 或联用等命令都无法绑定到8个逻辑大核心，反而经常随机分配到4个小核心运行。
请教应该如何输入gmx 命令才能固定到8个大核心呢？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-24 22:25
什么环境，Linux还是Windows？Windows下gmx的-pin on和摆设差不多。
关小核也是个办法

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-2-24 22:41
从我目前测试的Gaussian ORCA GMX （前几天测的Gromacs，关掉小核心比开着快接近一倍）结果来看。除了win版的ORCA5以外其他计算关掉小核心都能对计算或多或少有提升。

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 08:19

Entropy.S.I 发表于 2022-2-24 22:25
什么环境，Linux还是Windows？Windows下gmx的-pin on和摆设差不多。
关小核也是个办法

是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没？谢谢！

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 08:22

paramecium86 发表于 2022-2-24 22:41
从我目前测试的Gaussian ORCA GMX （前几天测的Gromacs，关掉小核心比开着快接近一倍）结果来看。除了win版 ...

是，感觉线程到了大核心明显比小核心快很多。12代CPU中的小核明显是个拖累，早知买i512400了

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-2-25 10:53

夏一天发表于 2022-2-25 08:22
是，感觉线程到了大核心明显比小核心快很多。12代CPU中的小核明显是个拖累，早知买i512400了

哈哈唉我买的是12900k.。。。。测完就已经觉得如此了。。

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 13:59

paramecium86 发表于 2022-2-25 10:53
哈哈唉我买的是12900k.。。。。测完就已经觉得如此了。。

哈哈！唉！被小核忽悠了！

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-25 14:16

夏一天发表于 2022-2-25 08:19
是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没 ...

说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很容易编译

作者
Author: abin 时间: 2022-2-25 14:21
是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

大小核的设计方案, 根本就不是给科学计算场景使用的.

科学计算场景要求的是,
核心多, 内存通道多, 内存带宽高.

既然是并行, 核心一样快最好了.
否则木桶短板效应, 所有的核心都会被慢的核心拖累....

性能最差的小核, 就成了害群之马了.

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 16:34

Entropy.S.I 发表于 2022-2-25 14:16
说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很 ...

是的，主要是用win平台的显卡加速，linux可以用，但需要折腾！

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 16:35

abin 发表于 2022-2-25 14:21
是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

嗯，非常认同你的观点，被12代忽悠了，后悔啊！

作者
Author: snljty 时间: 2022-2-25 16:50

夏一天发表于 2022-2-25 08:19
是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没 ...

问一下这是啥主板？

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-25 17:47

snljty 发表于 2022-2-25 16:50
问一下这是啥主板？

我这是制定的B660丐板，要买Z690的，可随意关小核。

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-2-25 17:54

abin 发表于 2022-2-25 14:21
是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

首发预购买12900+z690套装的，我连大带宽的内存都没用上

，ddr5 缺货的厉害。看评测的时候cpu就在路上。就想看看线程调度器这玩意对搞计算的咋样。反正试完了就知道幸亏没咬牙买ddr5的，这性能实在不太行。就靠8个大核连5900x都赶不上。

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-2-26 15:35

Entropy.S.I 发表于 2022-2-25 14:16
说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很 ...

没有那么大的差别，win大概比linux慢20%左右，如果是在日常用的机器上装的话可以接受的

作者
Author: snljty 时间: 2022-2-26 22:34

夏一天发表于 2022-2-25 17:47
我这是制定的B660丐板，要买Z690的，可随意关小核。

谢谢，我主要是想问主板和BIOS的具体型号。我的是微星B660M迫击炮，还没查到能不能关小核。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-28 02:30

fhh2626 发表于 2022-2-26 15:35
没有那么大的差别，win大概比linux慢20%左右，如果是在日常用的机器上装的话可以接受的

在“我死了2”里用gpu和在win下用gpu区别大嘛？

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-2-28 05:27

喵星大佬发表于 2022-2-28 02:30
在“我死了2”里用gpu和在win下用gpu区别大嘛？

我这测过一次，虚拟机和WSL2都比sob编译好的win版要慢不少。如图

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-28 05:56

paramecium86 发表于 2022-2-28 05:27
我这测过一次，虚拟机和WSL2都比sob编译好的win版要慢不少。如图

wsl的cpu已经非常接近原生linux了但是gpu还是差了不少

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-28 10:29

snljty 发表于 2022-2-26 22:34
谢谢，我主要是想问主板和BIOS的具体型号。我的是微星B660M迫击炮，还没查到能不能关小核。

因为我这是品牌机制定版BIOS，不知道具体的型号，宣传是B660，但属于丐中丐的那种，BIOS设置中根本没有关闭核心的选项。你进入BIOS看看有没有关闭E核心的选项？前几个月Intel不是宣布限制BIOS厂家不让用户擅自关闭小核心了吗？不知道是不是真的，如果是的话，那Z690的还能关不？

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-2-28 10:50

夏一天发表于 2022-2-28 10:29
因为我这是品牌机制定版BIOS，不知道具体的型号，宣传是B660，但属于丐中丐的那种，BIOS设置中根本没有关 ...

我那是华硕的 Z690 Prime, 目前还可以关小核。只是找不到开启AVX512的那个按钮了

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-2-28 11:14

喵星大佬发表于 2022-2-28 02:30
在“我死了2”里用gpu和在win下用gpu区别大嘛？

我感觉WSL2那个驱动还不是特别行。。

作者
Author: snljty 时间: 2022-2-28 11:20

夏一天发表于 2022-2-28 10:29
因为我这是品牌机制定版BIOS，不知道具体的型号，宣传是B660，但属于丐中丐的那种，BIOS设置中根本没有关 ...

我前两天晚上找了一会儿，只找到了一个好像是可以选择开几个小核（大核也可以改）的选项，但是最少是1个，不能改成0个。我有空再看看别的选项。

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-28 11:25

paramecium86 发表于 2022-2-28 10:50
我那是华硕的 Z690 Prime, 目前还可以关小核。只是找不到开启AVX512的那个按钮了

能关就千万别更新BIOS了，关小核感谢相当实用。保存好现有的BIOS版本吧，听说最新的BIOS好像都禁止关闭小核心了! 开启AVX512这个功能Intel应该早就强制BIOS厂家关闭了，不然更高端的U他们不好卖了。

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-2-28 12:15

paramecium86 发表于 2022-2-28 05:27
我这测过一次，虚拟机和WSL2都比sob编译好的win版要慢不少。如图

gromacs GPU版在原生Linux里这么牛X？还用的是AMD的U？换成Intel的12大核心岂不是会飞上天？

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2022-4-1 13:57
用openmpi版本，然后用mpirun的参数可以指定cpu binding 不用关小核（指linux版，windows不清楚行不行

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)