公社群聊Q&A整理：2015.09.14 12 ~ 2015.09.21 18 - 计算化学公社

2015.09.14 12:46:31
Q:
同样一个分子，cc-pvdz能收敛，aug-cc-pvdz死活收敛不了，有什么办法吗？
[图片]
guess=read了cc-pvdz收敛的波函数，还是不行
不是，单点计算，不是优化
我是打算优化，但是发现单点都收敛不了
初始结构应该不是什么问题，我用其他基组优化了的结果 b3lyp/6-31+g(d,p)收敛了
对，但是我要的不是结构，而是tddft的结果。我其他分子所有的tddft都是用aug-cc-pvdz做的计算，不能就这个换个基组啊，那就没法比较了
如果收敛，然后在guess=read，再把scf的收敛提高，是吗？
但是我觉得就这么提高了，像是欺骗啊
好谢谢，我试试你说的这些参数！
A:
用scf=novaracc int=ultrafine，不行再试别的
去read cc-pvdz收敛的波函数没多大意义，相差太大了
Q:
好。这个不收敛应该是什么导致的？分子共轭性太强？
A:
跟共轭没关系
Q:
这种数值巧合，换个程序是不是有可能收敛，比如gamess或者orca啥的
A:
虽然有可能，但这不是什么好的做法。高斯的收敛比其它程序普遍更容易。而且高斯能用的解决不收敛的处理方法更多，见
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.09.14 13:02:59
Q:
这个问题我也尝试了很多文中提到的方法，得到好几个结果，包括不同自旋多重度的（体系有Mn原子，多重度我试了2和5）
文中提到的方法我大部分都尝试，其中四种能收敛优化出来，所以有四个结果
A:
是几何优化还是SCF单点？
如果自旋多重度和电荷都一样，对于前者，结果不同多半是收敛到了势能面不同极小点；对于后者，结果不同说明有的没收敛到真正基态波函数。
Q:
几何优化来着
A:
不是没有可能
而且如果本身SCF收敛到了其它态上，受力也会不同，可能往别的方向上指
但这一定要搞清楚原理去分析，省得稀里糊涂被结果、表象所蒙蔽
Q:
我优化的是Mn和一个小分子环中羰基氧的结合，本来Mn跟分子环是同一平面的，有一个结果是Mn完全跑开到分子主环平面的上方去了，觉得很奇怪。
这是不是老师提到的“SCF收敛到了其它态上，受力也会不同，可能往别的方向上指”？
A:
你用freq检验一下虚频以及是否符合收敛限就至少知道是否是一个正经的极小点
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2015.09.14 13:30:46
Q:
我想请教一个关于能量校正的问题我算了过渡态的自由能对反应物产物进行了结构优化按理说应该用应该用过渡态的自由能减去反应物的自由能可以我不知道该怎么进行能量校正请教各位老师能不能指点一下或者有没有推荐相关资料学习一下谢谢[Emoticon]
A:
什么叫能量校正？
如果你想要得到自由能，最简单最粗鄙的办法就是直接取freq后输出的Sum of electronic and thermal Free Energies
Q:
就是我看资料都有校正比如零点校正
A:
那些叫热力学校正，不叫能量校正
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2015.09.14 15:39:47
Q:
老师，如果我用超极化率密度计算超极化率的时候，是不是几何和超极化率的计算水平和计算方法是一样的？
A:
几何结构用什么级别计算无所谓
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2015.09.14 15:40:05
Q:
绘制 RDG图显示不完整什么原因。
[图片] 帮我看一下
A:
settings.ini里的RDG_maxrho设为0
Q:
谢谢
RDG_maxrho设为0 还是和刚才一样。求解
A:
设完了得保存，重启
Q:
肯定是这样保存重启，
A:
那就不可能有别的原因了
Q:
那我只有换个电脑试一试了。
A:
要么就是你色彩刻度设定不合理
上限设得太小
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2015.09.14 15:42:19
Q:
[图片]请教一下，这篇文献中的J值（J-coupling）用高斯可以算吗
A:
可以利用高斯等量化程序计算出的数据，然后进一步根据一些公式计算
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2015.09.14 15:42:19
Q:
老师自从我加上opt=gdiis后优化差不多3次就能找到稳定体，而且耗时也短，找过渡态的效率也提高了许多，经过IRC验证也对。我现在怀疑opt=gdiis命令的作用有那么大吗，有些不理解
A:
巧合。没那么必然性，否则高斯官方自然也就把GDIIS当默认了。
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2015.09.14 15:54:40
Q:
老师，那就是说几何计算，无论是加不加电场都无所谓，是吧
A:
几何必须是没有电场下优化的
Q:
几何结构已经通过正常的方法找到了最优化的结构，剩下的是加电场的单点
A:
对
Q:
加电场的单点，理论方法就无所谓了是吧
A:
有所谓啊
你在哪个级别下分析（超）极化率就在哪个级别下加电场算出波函数文件
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2015.09.14 16:00:40
Q:
吗[图片]老师优化曲线如上图，四个判断依据没有一个yes，查看构型是我的产物，请问老师我是直接加上opt=gdiis还是继续让他跑啊。类似情况出现好几次，我都是加上opt=gdiis后20步左右就显示正常收敛，我现在很怀疑加上opt=gdiis更换收敛过程，到底靠谱吗@Sobereva
A:
继续跑有希望收敛，但gdiis没准收敛会快一些。
gdiis会影响收敛过程，但一般不至于优化到其它极小点去
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2015.09.14 16:01:41
Q:
有个问题，想请教一下，我在进行高斯计算的时候，Initial guess orbital symmetries全是A，不知道是哪个地方出现了问题。不同的结构都是这样的。谢谢！
A:
必须高斯已经判断出了点群才会有其它不可约表示
Q:
sobereva老师，高斯怎样判断出点群，我是模仿别人计算乙烯激发态，结果跟他的不一样。我的结果都是Triplet-A,或Singlet-A，而他的结果为Triplet-B1U.
[图片]
A:
输入文件里结构满足点群判断标准就自动判断出点群了
结构偏离点群太大就在gview里对称化一下
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2015.09.14 16:03:45
Q:
老师您好，我想问下配位化合物金属氧键的结合强度大小有什么参考指标吗@Sobereva
A:
最简单且比较客观的：键能
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2015.09.14 16:09:11
Q:
老师您好，请问这种问题怎么回答“* When the authors perform singlet-to-triplet TDDFT calculations based on equilibrium S0 geometries to « dissect the nature of the T1 state », how do they know that the lowest triplet state obtained from this calculation corresponds to the T1 state they characterized before by optimizing the geometry of the T1 state from the S0 equilibrium geometry? How can they be sure that there is no crossing between the different triplet states? ”
A:
那你就优化T1呗，如果T1平衡结构下的T1的特征和你之前S0平衡结构下T1的特征一样，就说明你之间的叙述没问题。
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2015.09.14 16:09:50
Q:
老师您好，气相中的自由能和溶剂化自由能差值很大，4到30之间不等，大多都在20多，怎么办
A:
是溶剂化自由能还是溶剂下自由能？
Q:
Sob老师，您说到了溶剂化自由能和溶剂下自由能，有什么区别呢？
A:
溶剂下自由能-气相下自由能=溶剂化自由能
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2015.09.14 17:07:29
Q:
想问下下要算这个体系的话一般需要用到啥配置的机器呢[Emoticon]
大神~~我想优化一个体系[图片]
A:
什么机子都行，都能算，就看你耐心
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2015.09.14 17:07:29
Q:
老师，计算CT得到的xxx-gs.diff.cube用gaussianview打开后，在 results里选择new surfaces出现这种情况 [图片]，怎么解决啊？实在做不出来了
A:
换个机子试试
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2015.09.14 17:25:04
Q:
请问谁知道怎么用GS做电子差势图的步骤啊
谢谢
我以前做过好久没接触现在又忘了
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
我看过这篇文章
A:
步骤都在里面
Q:
但以前使用GS做的现在准备重投同个期刊于是还是想用GS
A:
你不理解原理
高斯怎么做密度差？也就是用它的cubman工具，cubman能干的那点事Multiwfn的主功能13全能干
用cubman这种基于cube文件去作密度差，远比用Multiwfn麻烦得多得多
Q:
嗯是的但做出了的效果图还是有点区别的
A:
不可能有区别！
密度差就是个格点数据，你用multiwfn产生格点数据，导出cube文件，放gv里看，和你用cubman求密度差格点数据在gv里看毫无区别
Q:
就是颜色什么的
A:
密度差就是密度差，和用什么工具没关系，结果都一样，但步骤有的简单有的麻烦
颜色你自己设啊
Q:
嗯
好的我知道了
我知道了那我按照这个步骤试试谢谢sob
A:
要么用VMD绘制
Q:
行我知道了谢谢
VMD 不太会
A:
我说的是欣雨
Q:
好吧
A:
[图片]
Q:
[图片]
嗯意外
A:
怎么用VMD显示等值面这里有详述
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2015.09.14 17:36:10
Q:
计算过渡态，重新算了几次都是这部死，是不是硬盘不够了啊？[图片]
A:
和硬盘没必然性。换个计算级别或者版本再试
Q:
您的意思是改变基组或者不用D01吗？
A:
恩
Q:
谢谢老师。
老师，您说是什么导致这不错误呢？
步
A:
bug
若要求证问客服
Q:
……说起来09D的Bug感觉不少啊，是不是比09A还多……我的错觉吗（毕竟我用09A用得少）
A:
不至于
Q:
有些时候，有错误，换个节点就好了。也不知道是为什么？
A:
[Emoticon]
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2015.09.14 18:24:52
Q:
请问您一下迟滞效应定义是什么样的啊因为查文献和翻书都没有找到……谢谢
[图片]
A:
看看量子电动力学的书里面关于Retardation Effects的讨论
来自于光速是有限的这个fact
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2015.09.14 19:50:59
Q:
请教各位老师，对一个体系进行opt后，在opt的基础上进行振动分析。一个文件的命令是这样写的[图片]，另一个文件是这样写的[图片]，结果用得到的chk文件转化为相应的fchk文件查看HOMO和LUMO轨道，怎么显示的不一致？是什么原因？
A:
当然不一样，saveNBO把NBO存到chk里了，看到的自然是NBO而非MO
Q:
哦，那要看的HOMO和LUMO轨道是MO轨道吧，而保存了NBO轨道的文件显示的HOMO和LUMO轨道是不对的吧
A:
根本就不是HOMO LUMO了，而是NBO
Q:
为了计算WBI键级
好的，谢谢sob老师
我也不清楚，就是看网上求键级的命令是这样写的。你的意思是不屑saveNBO也可以得到键级吗？ @虎王
哦，那MBO键级的命令怎么写呀？
我在网上找不到有关这些命令的详细解释，只能看别人的帖子然后照着来的
A:
键级计算看Multiwfn手册4.9节
看NBO轨道才需要用saveNBO，见
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2015.09.14 20:45:52
Q:
老师，请问“半经验方法由于只含价层轨道，所以其波函数是投影到高水平方法的价层MO做初猜，内层MO用原子的SCF收敛的轨道波函数做初猜”这个是什么意思？具体怎么实施的呢？
A:
应该是自动的
Q:
即直接用小基组优化所得换大基组就行了吧？
A:
意义不明
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2015.09.14 21:50:16
Q:
老师能告诉一些HF成分在60-80之间的泛函吗在您的帖子上没有
A:
没有
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2015.09.14 21:51:21
Q:
http://link.springer.com/article/10.1023%2FA%3A1024911215741?LI=true
求文献
A:
[图片]
Q:
这个不能下呀
A:
[图片]
不能下我会出黄牌？
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2015.09.14 21:56:26
Q:
那老师我可不可以我对一个分子的 T1发射用m062x计算 T2用M06HF计算呢
A:
不能
莫名其妙
Q:
哎同一个方法只有一个对的好
老师不好意思再打扰您一下对于发射实验值是2.58ev我计算出来是2.86ev这个差距可以接受吗
A:
凑合
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2015.09.14 21:59:50
Q:
老师，有没有一种方法计算或者表示某原子对某离子的力的大小？谢谢老师
A:
用原子电荷考察静电力，用LJ势考察色散力
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2015.09.14 22:29:07
Q:
老师，一般来说发射应该对应于垂直跃迁，但是我计算出好几个分子他们发射波长对应于00跃迁，而且两个态结构变化很大，是不是有什么问题
A:
往往有误差抵消，没法从道理上说什么
发射也并不对应于垂直跃迁，只不过垂直跃迁比起绝热跃迁能一般更接近最大峰位置
Q:
老师，我的文章遇到审稿人的提问就是，根据FC原理，发射应该是垂直的，而我的00跃迁与实验值接近是一个巧合，本来我想用FC因子来解释，可是两个态的结构变化较大，也解释不了，您有什么建议吗
A:
极可能是理论方法本身的误差造成的巧合
Q:
那我就这样解释是理论误差引起的吗
A:
恩
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2015.09.14 22:41:03
Q:
请问一个关于高斯柔性扫描的问题，G09 D01, opt=modredundant. B 34 74 S 9 -0.100 (两原子间的距离扫描)。出现错误New curvilinear step failed, DQL= 7.29D-03 SP=-2.33D-02.
RedCar failed.
Error termination via Lnk1e in /home/zchua/g09/l103.exe 谢谢
两原子间距的初始值就是输入的起始值（sob说过D01有bug,不能在最后设定初始值）
因体系较大，还固定了些其它的原子坐标
A:
别固定其它的
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2015.09.14 22:43:13
Q:
算物质的电子结构，有没有必要加入在优化的时候就加入溶剂化效应？
A:
加不加对几何结构一般影响不大，但是对电子结构影响大
加了没坏处
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2015.09.14 22:55:19
Q:
有个问题想请教下，比如H2N—COOH这种两性分子，但它处于H2N—COO- H3N+—COO- 和 H3N+—COOH时，去算分子的激发光谱，是不是要分别用对应形态下的结构呢？如果算gasphase的，又如何呢？
A:
本来不就是气相么
需要用对应形态。
Q:
实验上毕竟是不同ph下的溶液态。
A:
该什么溶剂就什么溶剂
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2015.09.15 10:54:55
Q:
老师，我在利用Multiwfn计算超极化率密度的时候在这一步出现了小问题
[图片]
等值面这个东西该怎么在文章中解释
我的数值是30
[图片]图竟然变成了这个样子
而且老师，这个图可以用VMD来画吗？
A:
等值面大小随意设，让图像效果最好就行了。代表你显示出的表面上每个点的数值都是你设的这个值。
所有等值面都可以用VMD画，Multiwfn导出cube文件就完了
Q:
老师，有些等值面有一些孔洞，我能不能把显示的范围扩大一点
A:
随便调，up to you
Q:
老师，这个显示的范围该怎么调呢
A:
just play
Q:
非要搞得圆溜溜的菜开森....
A:
口音好重
Q:
老师[图片]这个界面该如何导出cube文件呢
A:
0就是啊
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2015.09.15 10:55:53
Q:
老师：
windows, g09w能够成功的tutor，命令行g09却失败了，提示：
Keep J ints in memory in canonical form, NReq=896428.
SCF Done: E(RPM6) = 0.801460297160E-01 A.U. after 17 cycles
Convg = 0.3574D-08 -V/T = 1.0019
fname=.\gxx.scr fd = -1
open-new-file
死在这里了，什么原因啊，谢谢！
,我？pm6，二苯甲酸，图形界面行，命令行不行
A:
重新算一遍再试，还不行就改一下scratch目录位置
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2015.09.15 10:57:21
Q:
激发态计算的时候，S1对应的振子强度小于0.1；而s4的才大于0.1。the lowest excited singlet state是s1呢还是s4呢？
A:
S1
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2015.09.15 11:30:38
Q:
:老师，我试了一下，g09.exe从c:\g09w运行没问题，从工作目录就不行，是不是除了path加上c:\g09w\，GAUSS_EXEDIR设好，还要做点什么? 我把G09W.INI拷贝到工作目录就可以了，但这样太麻烦？
A:
G09W.INI不需要动它，g09.exe用不着它
g09.exe默认临时文件产生在当前目录下，你可以尝试定义GAUSS_SCRDIR指向某个目录。
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2015.09.15 12:21:26
Q:
,报告老师，我尝试了set GAUSS_SCRDIR=e:\scratch,但是不灵，又尝试了set ScratchDir_Path=e:\scratch，这个大部分时候行，但e:\scratch那个目录，被我看一眼就不行了，在那个目录按F5刷新也不行，拿鼠标点空白处也不行，高斯都退出，那个目录里面一直是空的。B01的高斯
不是马上退出，是过了一会儿，命令行就newfile错误了
$被我看一眼就不行了
A:
观测导致波函数坍塌
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2015.09.15 13:00:40
Q:
conver=11会否有点太夸张？
A:
夸张
Q:
SCF(NDamp=15)呢？
A:
不是一码事
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2015.09.15 14:35:40
Q:
The ion/cov parameter, derived from the eigenvalues of the electron density Hessian 老师您好我想问一下这个参数是怎么得到的啊，谢谢
A:
不是什么广为人知的参数
看文章
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2015.09.15 15:07:50
Q:
老师，我想让图里的红色的轨道变大，但是边缘有截断，不知道怎么调[图片]
老师能帮帮我不
A:
计算格点数据的时候把延展距离设大
Q:
老师，怎么延展呢
A:
[图片]
Q:
哦吼吼，谢谢老师
老师，延展的长度越长，是包容的各点越多还是越少
格点
A:
low/medium/high quality grid这种方式定义时，格点数目是固定的，延展距离越大，盒子越大，格点间距也就越大
你也可以自行设定格点数或者格点间距
Q:
老师，那也就是说，我把延展距离不能设的太大，也不能太小是吧
同福？
A:
设小肯定不行，但设太大也没什么意义，离分子很远的地方数值肯定很小。实际上你可以测试不同延展距离下-Z*rhozzz的积分值，对于H2CO那个例子，我发现延展距离设10之后再增加也不会令积分值有什么显著改变了，所以用10也足够大了。
Q:
K3O的-zPzzz值太大，估计得延展很大
A:
只要你让积分值能和polar=gamma的基本对上，就说明延展距离足够了，再增大的话会降低格点密度，这倒不好
而且并不一定数值大就得延展距离大，完全可以在分子附近函数值比较大，但延展不广。
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2015.09.15 15:25:45
Q:
The wavefunction of transition metals is usually multiconfigurational in nature and some comment regarding this problem is needed. The works on YCn for such systems at high level of theory are available and may be consulted.请问上面的第一句话是什么意思呀？需要看什么资料呀？第二句是让我参考YCn是计算方法吗？请指点一下，谢谢！
A:
过渡金属由于d轨道，往往静态相关较强，或者说多参考特征/多组态特征较强。你google多搜搜transition metals+multiconfiguration肯定能找到许多文献
YCn应当是和你研究的体系有关的具体的东西
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2015.09.15 16:36:01
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
6-31g**算硫没问题
O3可以考虑诸如M06L-D3、PBE-D3之类
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2015.09.15 17:12:40
Q:
请问在vmd中如何修改原子序号的大小和粗细呢谢谢老师
可是我输入之后没有反应仍然是之前的大小
A:
graphics-labels
[图片]
拉拉杆，如果输入数字要敲回车
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2015.09.15 17:13:08
Q:
[图片] 大神，这种图是什么方法做的？
A:
画画曲线而已，powerpoint就够
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2015.09.15 17:14:03
Q:
老师：您好！在用高斯进行优化的时候出现如下情况[图片][图片],他的能量曲线在后面基本没变，但是他的收敛限那，也是在固定的数值左右波动，请问老师。这个是属于bug吗？我需要降低收敛标准吗？我的物质中是Sb,Au,这两种金属，使用的方法和基组是B3lyp/sdd.老师：请问您的建议是？
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.09.15 19:40:25
Q:
一般的结构优化中用SVP 基组代替B3LYP/6-31+G(d,p) 会好一些吗？频率计算里def2-TZVP的计算量和效果是否大概和6-311G(d,p)相当（M06-2X，int=ultrafine）？
A:
def2-TZVP>TZVP≈6-311G**
SVP跟6-31+G(d,p)没有可比性，前者没弥散函数
Q:
def2-SVP和6-31+G(d,p)差不多？
A:
没有可比性，前者没弥散函数
Q:
这种对于不同基组的Comment如何学习到
A:
[图片]
看原文，看群共享里基组入门资料小合集
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2015.09.15 19:51:25
Q:
sob老师，以前百度空间的文章现在地址改成什么了
http://sobereva.com/
A:
sobereva.com
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2015.09.15 20:28:44
Q:
为什么BOND PATH变成虚线[图片]
A:
保存为图像文件再看
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2015.09.15 20:31:01
Q:
请教一个问题，GV里保存图片tif时，背景怎么设成透明而不是白色？
A:
没法那么设
你在ps里用色彩范围选择工具再把背景色删了就成透明了
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2015.09.15 20:43:12
Q:
请问一下，那个关于link1201,多少多少的那个说明高斯说明说有介绍吗？
A:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_linklist.htm
Q:
[图片]比如我这个计算终止与此，上面是1202，可是这里没有1202
怎么回事
哈哈，原来如此，那个是L吧？
谢谢！
那个link是不是一个完整地计算会从1一直计算到最后？
A:
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57
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2015.09.15 20:56:59
Q:
VMD不显示多余化学键怎么取消？
[图片]这个不管用
A:
选完这个你得再点两个原子
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2015.09.15 21:06:47
Q:
做DRC时，会产生一个含有很多分子坐标的xyz文件，用[图片]打开这个xyz文件时经常出现问题，有其它软件可以打开含有很多分子坐标的xyz 文件吗？
A:
VMD
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2015.09.15 21:46:12
Q:
sob老师，借助Multiwfn+cubegen来做静电势的分子定量分子表面分析:当中 Run the command like below in MS-DOS/Linux/Mac OS X command-line window. (Beware that the N-phenylpyrrole.fch
provided herein may or may not be incompatible with your cubegen version)
cubegen 0 potential N-phenylpyrrole.fch result.cub -5 h <cubegenpt.txt
这一步怎么做
A:
命令行界面下输入cubegen 0 potential N-phenylpyrrole.fch result.cub -5 h <cubegenpt.txt
运行就完了
cubegenpt.txt是Multiwfn生成的
cubegen是高斯自带的
Q:
cubegen是把chk文件拖入命令窗口就醒了么
A:
file-save visualization state
你执行那条命令
cubegen一般用命令行方式调用
把.vmd文件里的相应路径也进行修改
Q:
是这样的么
[图片]
A:
别先启动cubegen
直接输入命令
打开.vmd文件自行分析改该哪个
Q:
[图片]
这样么
A:
进g09w目录再输入
Q:
是不是还需要加入环境变量啊
A:
否
Q:
我安装在C盘了，怎么打不开~
[图片]
A:
学学DOS基础
Q:
找到了
打开了，然后再输入cubegen 0 potential N-phenylpyrrole.fch result.cub -5 h <cubegenpt.txt ？
[图片]
A:
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
Q:
[图片]
sob老师~
这个怎么回事~
A:
把.fch文件、cubegenpt.txt文件都放到当前目录下
Q:
放了
是不是这个N-后边的.fch文件名字也要改
A:
动脑
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2015.09.15 22:21:39
Q:
大家好，请问一下二面角扭转能的扫描选择MP2/6-311+（d,p)和MP2/6-311（d,p)哪个更合理？区别大吗？谢谢！
A:
都差不多。对于这类问题后HF计算，与其增加弥散函数，还不如增加极化函数划算
6-311G**对于后HF来讲就算偏低了
后HF一般建议def2-TZVP或者cc-pVTZ
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2015.09.16 12:25:38
Q:
我想问咱们的软件可以做ROA的图谱吗
A:
gview可以作
Q:
嗯，gview感觉做的不太好，不知道咱们的软件可不可以做呢？
A:
不能
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2015.09.16 12:48:14
Q:
请问用Multiwfn计算范德华体积的时候，输入的x（等值面的电子密度）应该按照什么确定？或者他的大概范围是多少？我看帖子上h2o直接用的1.7
A:
x就用0.001或0.002。你说的1.7是k值
Q:
哦哦，对不起老师我写错了，我就是想问这个1.7怎么定的
A:
一般1.7就够了
这足以确保盒子足够大，不会截断电子密度0.001等值面。但如果电子密度等值面你用得更小，那这个也得相应地加大。
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2015.09.16 12:48:14
Q:
我用dft做scf的结果s2的期望值是3.x，而设定是triplet，老板觉得有问题，想用casscf再计算。怎么设定nm值比较好。casscf算的是基态能量吗，它能做结构优化吗
A:
用什么方法优化无所谓，只要能给出合理结果就行。比如纯泛函对于静态相关强的体系往往也能给出基本合理的几何结构。
自旋污染问题对于DFT本身并没有定义。没必要太在意。你也可以尝试用UCCSD，自旋污染一般都比较小。
nm怎么设都得看体系。CASSCF可以算基态也可以算激发态，因为你可以让它计算出多个根（一般用态平均的方式）。优化没问题，高斯有它二阶解析导数，连振动频率都能算。
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2015.09.16 12:48:14
Q:
M08-SO请问这个泛函在gaussian输入文件里面这么写啊
A:
高斯不支持，GAMESS-US支持
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2015.09.16 12:48:14
Q:
[图片] 老师，我昨天按照乐平老师指导，将步长改到30，计算结果虽然不是只有三个点了，但是，却只是往一个方向，这是出现了什么错误？
A:
确认过渡态freq后都能满足四个YES。如果能满足，那你用calcall int=ultrafine走IRC再试（之前找TS也应在这个设定下）
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2015.09.16 12:48:14
Q:
[图片]
[图片]
老师，这两个公式为什么不一样呢
A:
完全一样啊
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2015.09.16 12:57:42
Q:
求文献~http://www.sciencedirect.com.sci-hub.club/science/article/pii/S0040403900970473
A:
直接点就能下了啊
如果碰见募捐页面，点右下角
Q:
需要付费~
A:
[图片]
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2015.09.16 13:07:26
Q:
请问可以用uccsd优化的结构用tddft算吸收光谱吗？如果是biradical体系是不是casscf是更好的方法
A:
UDFT算双自由基挺好的
Q:
[图片]
为什么sob在你的文章里说双自由基就是单重态的？
A:
那个页面里是胡写
alpha和beta电子数相同，当然是单重态
Q:
那有没有像他说的第三种情况两个单电子占据degenerate 轨道
A:
有啊，三重态氧气分子就是
双自由基是指两个单电子自旋相反
要不然的话所有三重态分子都叫双自由基了
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2015.09.16 14:08:26
Q:
老师，计算一个二维的TiO2周期结构，某个分子轨道（如图）中氧的p轨道好像被污染了一样，请问这是为什么
[图片]
A:
纯粹是程序图形显示的问题
Q:
p轨道的正、负两瓣的一边都有少量的蓝色
A:
换个程序显示
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2015.09.16 14:57:54
Q:
sob老师，我用orca优化完，用高斯算单点能，得到chk文件
通过这个chk转化得到的fch文件可以作为multiwfn的输入文件，分析和绘制分子表面静电势么
A:
可
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2015.09.16 14:58:35
Q:
老师，我的频率分析出错了，是[图片]后来，我干错换了初猜的TS。IRC的曲线[图片]都正常，但是，看它的过程，正好和我想要的反应逆过程，这可咋办？
A:
正反自己根据两端的结构判断
高斯不知道哪边是正
Q:
也就是说，两端对应的结构正确就行？
A:
对
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2015.09.16 15:21:22
Q:
老师您好，请问在做UV-Vis spectrum and the contributions from individual transitions 时出现了这样的情况，是我哪里出现了错误呢？谢谢[图片]
A:
很正常
Q:
为了更好看是不是可以把纵坐标的右侧乘上一个值
把线等比例放小
A:
当前就挺好，不用乘什么
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2015.09.16 15:33:04
Q:
老师，electron density 和轨道成分贡献有什么区别啊？
A:
前者是三维函数，后者每个原子/片段/分子轨道...一个值。物理意义也根本不一样
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2015.09.16 15:44:14
Q:
Sob老师我计算水解离生成H2 和O2的反应过程吉布斯自由能您建议我用热力学组合方法我试了G2 和G4 结果和实验值对比差的更多了请教一下各位老师算吉布斯自由能哪个方法最接近实验值啊？就算很简单的分子
啊是啊但是算完和实验值差的比密度泛函和MP2还要大难道要算CCSD（T）优化？
A:
肯定步骤不对
高斯支持的精度最高的是W1。G4算很精确的了
Q:
计算的步骤不是默认的吗?
进行G4的时候
看最后的G4 free energy
每一步的能量需要自己再组合吗
A:
G4误差不可能那么大
Q:
#p G4 fopt freq=noraman
我没写错吧
问题出在哪了呢
A:
写fopt freq=noraman干嘛？优化和振动分析都是自动包括在G4里面了
Q:
现在不考虑水是液相的就差很多如果再考虑液态差的更多了
啊
A:
要搞清楚计算数据和参考数据有没有可比性
Q:
就是反应前后的吉布斯自由能变化
应该有可比性啊
A:
G4算的结果
deltaG=(-76.414891+1.179507+150.298623/2)*2625.5=-225.98
实验生成自由能为-228.6KJ/mol
才差那么点，怎么会相差很多？
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2015.09.16 15:45:39
Q:
各位老师好，我在作ELF三维图是遇到了问题：在将含赝势基组的wfn转化为.elf文件是老出现[图片]
不知道怎么办？
A:
用的什么程序？为何要转换？直接用multiwfn读取.wfn文件进行ELF分析就完了
Q:
用的GTA03
A:
用Multiwfn，是分析ELF最佳的工具，没有之一
Q:
用Multiwfn只能做一维和二维图，现在想做三维图，所以需要在GTA03上转换
A:
Multiwfn当然能做三维图！！！！
Q:
@Sobereva
A:
谁说不能做！？
看Multiwfn手册4.5节的例子
Q:
好的，谢谢
奇怪了我只做个水分解查了好几十千焦我再看看
A:
Multiwfn分析ELF的功能比起任何能够分析ELF程序的总和都要多，而且速度快得多，操作方便得多
Q:
恩，谢谢老师
A:
除了手册，这里面也都有例子
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
群共享里 Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11) 无论是ELF二维还是三维图，全都是Multiwfn作的
比起什么闻所未闻的GTA03必定好用得多得多
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2015.09.16 15:52:53
Q:
请问下sob老师，我在做过渡态搜索时，报错Error termination request processed by link 9999。尝试了nosymm，iop（5/13=1），都没有什么用。而且出来的结果无法用gaussview看每一步的能量状况，请问该怎么解决，谢谢您。
A:
iop（5/13=1）是垃圾，必须去掉
nosymm根本没用
怎么解决看具体出错提示，lxxxx毫无意义
Q:
对啊从哪里看提示啊
Error termination via Lnk1e in /hptc_cluster3/application[Emoticon]em/Gaussian/g09_C01/g09/l9999.exe at Tue Sep 1 19:37:03 2015.
是这个吗
A:
[图片]
Q:
那请问sob老师该怎么解决好呢
A:
先判断因什么而报错，多半是到了步数上限没收敛，参考此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.09.16 15:54:00
Q:
给位WFN高手：做CDA分析的时候，片段形成络合物后，电子之所以能在片段之间的转移，是不是因为片段之间的轨道相互作用的结果。（形成络合物的轨道来自于各个片段轨道的贡献）
WFN高手们：片段A，B，C 组成络合物后，A，B之间的电子转移，与A，B形成络合物后，A，B之间电子转移能够等同么？
A，B的位置不变，都在同一侧。。
A:
A片段的占据轨道与B片段的空轨道混合成复合物轨道，就会导致电子从A向B转移
显然不一样，因为有三体效应。你说的只能算作个近似
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2015.09.16 15:55:53
Q:
我也想问一下，iop(x/y)里面，x/y这项的解释，有相关帖子吗？
A:
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57
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2015.09.16 16:04:13
Q:
输入cubegen 0 density=scf yd2oc8.fchk yd2oc8-gs.cube后，出现以下情况，怎么修改啊？？
[图片]
A:
你用multiwfn产生电子密度的cube文件啊，速度比cubegen快得多得多
Q:
老师，我不太会用啊，昨天算的gs.diff.cube文件打不打，按你说的用multiwfn产生个点后，再用gaussianview打开后图像能够显示
A:
错字造成理解困难
什么意思？怎么打不开？怎么不会用？
Q:
我是定量的计算电荷转移的量和距离。计算得到的xxx-gs.diff.cube文件用guassianview打开后results里面[图片]选择了Surface Actions后，出现[图片]
A:
cube文件压缩下发给我
D.01版修改了输出格式，gv不认
gv的问题。chemcraft、Multiwfn都能好好地显示
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2015.09.16 16:06:41
Q:
G4算的结果
deltaG=(-76.414891+1.179507+150.298623/2)*2625.5=-225.98
实验生成自由能为-228.6KJ/mol
sob老师刚才你发的这个数据是算的什么的能量我想重复一下看看哈
A:
就是G4最后输出的自由能
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2015.09.16 16:07:10
Q:
做自然轨道跃迁，这样输入对吗？
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#p b3lyp/6-311+g(d) TD=(NSTATES=10, singlets) density=transition=1 iop(6/8=3) pop(savento,nto)
----------------------------------------------------------------------
A:
正确
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2015.09.16 16:08:47
Q:
各位老师，请问从拉普拉期电荷密度可以得到哪些信息
A:
看这些：
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
群共享里 Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11)
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
AIM学习资料和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
----------------------------------------------------
2015.09.16 16:08:58
Q:
我氧气的能量好像算的不对我看看是不是电子态的问题
A:
氧气必须按3重态来算
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2015.09.16 16:13:18
Q:
Sob老师，高斯里CASSCF算轨旋耦合哪里有更详细的说明吗？官网上的感觉说的不是很清楚呢
A:
高斯那个功能比较烂
这里有讨论http://bbs.keinsci.com/thread-571-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-233-1-1.html
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2015.09.16 16:19:16
Q:
求quantum chemistry by donald a mcquarrie ＰＤＦ版谢谢
A:
公社专用邮箱8号就有，见群共享里的索引
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2015.09.16 16:25:43
Q:
另外ccsd算是multidetermimant method吗
A:
算
----------------------------------------------------
2015.09.16 16:26:24
Q:
[图片]用GaussView5.0.8打开.log文件没法显示原子的电荷分布，这是怎么回事？
A:
D.01版修改了输出格式，gv不认
Q:
这应该怎么解决呢？
A:
没法解决
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2015.09.16 16:32:54
Q:
老师，谢谢您。我用CT计算电荷转移的量和距离，还有图像显示，感觉太容易出错了。如果用multiwfn,我想计算基态与第一激发态的电荷密度差，怎么算啊？还是用guassian计算得到基态和第一激发态的fchk文件文件后，再怎么做啊？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
手册4.18.3节，都是例子
最好用基态和激发态的.wfn文件，最省事
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2015.09.16 16:41:15
Q:
老师，multiwfn可以计算npa吗
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.09.16 16:46:15
Q:
[图片]想请教一下大家，采用NPT系宗进行模拟，这样的能量分布对吗？
A:
没有静电作用能么？
----------------------------------------------------
2015.09.16 16:56:46
Q:
老师，如果做S2和T2的轨旋耦合的话。下面的态是写3 2 吗? S2和T1 是 3 1 。 S2和S0也是3 1，只是不写slaterdet? @Sobereva
A:
S S之间没有旋轨耦合
Q:
T1和T2也没有吗？
A:
没有
对每种态，旋轨耦合效应都是有的。但是你说的是考察态-态间的旋轨耦合，这只对于自旋多重度不同的态之间才有。
----------------------------------------------------
2015.09.16 16:58:41
Q:
请问sob老师能否简要解释一下约化密度梯度
非常感谢
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
群共享里
Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11)
也有介绍
----------------------------------------------------
2015.09.16 17:01:56
Q:
老师，我上面的写法是对的吗？而且指定的两个态的顺序比如 3 1 和1 3是没有关系的吧？
A:
这种零碎的小问题just try
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2015.09.16 17:17:36
Q:
老师，如果两种溶剂该怎么写？scrf=(pcm,solvent=acetonitrile)
A:
没法定义两种溶剂
混合溶剂近似表现方式：
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.16 17:32:32
Q:
如何在origin中做如下这样的图[图片]
A:
作散点图，把符号用横线表示
2015-09-16 17:32:56
[图片] 删除群动态17:32:56
----------------------------------------------------
2015.09.16 18:52:54
Q:
[图片],求教这种能量分解怎么用ADF软件作？
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2015.09.16 19:26:56
Q:
为了避免出现No，或者是虚频，我的关键词如下，可是优化的结果，还是前面两个是yes,后面两个是No，请问您的建议是？[图片]
恩是的】
我的是优化正常结束，但是最后的输出结果是[图片]
A:
受力小于收敛限100倍就被当成收敛
你当前情况在normal收敛限下都满足四个YES，当已经收敛就完了
[图片]
Q:
恩，好的，这个是优化过程中出现的一个状态[图片]，请问我需要提取这个对应的结构吗？还是直接用最后正常优化结束的结构，但是他的收敛是[图片]。
A:
都行
----------------------------------------------------
2015.09.16 20:12:45
Q:
老师，在计算离子化能时可否用高精度能量模型下计算出的单点能（HF）后的数值加上低水平下的频率计算得出的ZPE，来校正能量呢
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.09.16 20:31:28
Q:
这是优化后结果[图片]这是振动分析的[图片]请问老师，这样的结构不可取吗
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
老师我已经改过了但还是有虚频-12.40
老师可以给我看看输入文件对吗
A:
怎么解决文中都说了
opt=tight必须和int=ultrafine结合才能发挥效果
还不成就calcall
你的基本可以用
----------------------------------------------------
2015.09.16 21:00:03
Q:
请问，我做出了一个势能面。我怎么画出这个势能面的能量最低路径。
[图片]
现在只能目测你连线，有没有什么数学上的方法。
A:
有现成的方法，比如NEB，有了势能面了，自己写个程序去实现就行了
详见
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
----------------------------------------------------
2015.09.16 21:02:18
Q:
“Consistency failure #1 in Separa.”请问这句话是什么意思呀？（当然不是问字面意思）[Emoticon]@Sobereva
A:
如果你用了溶剂模型，可能和溶剂模型有关，换换模型
更多的你问客服
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2015.09.16 21:03:50
Q:
老师，我不进行校正可以么？因为离子形式在中心分子结构基础上的频率计算有虚频
A:
你算的是垂直电离能，此时不用考虑ZPE
直接电子能量相减就够了
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2015.09.16 21:19:35
Q:
#p UB3LYP/gen opt(ts,estmfc,maxcyc=2000,maxstep=10) Freq=NoRaman iop(5/13=1,2/16=1,1/11=1,1/8=10
去掉一些没有用的关键词，说不定会给高斯一点生存的空间
去掉maxcyc=2000
去掉freq后面的=NORAMAN
iop(5/13=1)见一个宰一个
A:
说得好
我本是个娃娃(979170845) 21:17:36
去掉maxcyc=2000
我本是个娃娃(979170845) 21:17:57
去掉freq后面的=NORAMAN
我本是个娃娃(979170845) 21:18:30
iop(5/13=1)见一个宰一个
看到那些关键词，就像看到大街上的垃圾一样，特别不悦
Q:
iop(5/13=1)见一个宰一个为啥呢
A:
不知道干嘛的IOp一律不要写，要写就必须搞懂其含义
Q:
freq(noraman) 为什么要去掉？难道非要算 Raman 么……
默认情况下不算拉曼光谱
A:
DFT默认不算拉曼
只有HF默认才算
----------------------------------------------------
2015.09.16 21:35:07
Q:
[图片]
危险网站，千万别访问
Protein 论坛上有我的照片，可以看看
A:
葛炮的号哭居然还存在桌面上
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2015.09.16 21:38:54
Q:
老师，算Cs的NBO，一直出现L607错误，我的关键词是# M06/genecp Pop=NBORead
基组LANL2dz
输入文件结尾部分$nbo bndidx $end
请问应该怎么改正，谢谢。
其他金属可以做，Cs一做就错
错误原因是找不到Cs的d轨道
A:
用带有d函数的赝势基组或全电子基组，或者自行加层d函数
Q:
我把LANL2dz换成了sdd不行，换成LANL2dz（d）也不行
A:
你说的两个本来就不带d基函数
除了自行加d基函数，用直接连接高斯的NBO5/6尝试大抵也能解决。
----------------------------------------------------
2015.09.16 21:47:21
Q:
http://www.jstructchem.cn/
结构化学编辑部发来的这个页面，大家能打开吗?
A:
打不开
----------------------------------------------------
2015.09.16 21:51:08
Q:
[Emoticon]大家好，请问一下如何修改下图的横纵坐标的名称及字体大小啊？
[图片]
首先，请说明图是用什么软件绘制的……
A:
Multiwfn里改不了，可以导出文本文件用origin之类作图的时候再改
----------------------------------------------------
2015.09.16 22:45:13
Q:
请问gromacs里面看电荷是不是在top文件里面（如下）找？
[图片]
A:
;后面的都是注释没意义
Q:
那怎么看看电荷？我要加离子平衡
A:
程序会自动提示当前体系净电荷是多少
Q:
System has non-zero total charge: -11.999999
A:
grompp之后输出信息里就有提示
Q:
对吧
A:
恩
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:33:09
Q:
[图片]
m062x(左一)和b3lyp计算的虚频差的这么多~
b3lyp(右图)
恩是，不过同一个结构，虚频差的好多诶~
话说m062x方法比b3lyp好，m062x的虚频太小了，是说明这个过渡态不可取，还是m062x方法不适合这个体系？我该怎么理解呢？
A:
你先确认M062X时收敛精度足够高
opt=tight int=ultrafine
Q:
是的，Sob老师
加了ultrafine
[图片]
M062X
A:
tight啊
而且这是M06L，和M062X天差地别
Q:
Sob老师，您说的M06L，和M062X天差地别具体表现在什么地方？我知道的只是M062X的HF轨道成分比M06L多，M062X描述长程相互作用不充分，对一些物理吸附体系不太准确~
那么M06L呢？
A:
虽然不及加了D3校正充分，但M062X对长程作用描述得已经挺充分了，没有什么“物理吸附体系不太准确”这回事
M06L和M062X一方面是HF交换项成份不同，另外在参数化过程中考虑的体系也不同。
Q:
M062X计算三重态激发能，热力学数据，M06L计算多参考态特征强的体系，前者还能理解，后者指的是？
A:
诸如过渡金属
Q:
可是它已经是正常结束了，且没有什么虚频之类的@Sobereva
A:
两码事
Q:
[图片]sob老师，您看，他都已经收敛了
A:
不满足波函数的稳定性，是因为自旋多重度设定不合理、开壳层体系误当成闭壳层来算、初猜电子态不对、收敛过程的数值巧合等等造成SCF波函数不是基态波函数
Q:
老师，那我该看哪里才可以知道他是否正常收敛？
我测了一个过渡金属均相催化的体系，确实，M06L和DFT-D3的得到的能垒值相差0.1kcal/mol,而两者和M062X相差了约1.4kcal/mol~
A:
不是收不收敛的问题，你是SCF收敛了但是没收敛到基态波函数
用stable关键词一测肯定说波函数又不稳定性
Q:
那我可不可以理解为，M06L是更适合计算过渡金属的方法？
A:
可以这么说，但也不绝对。可以考虑M06，也适合过渡金属
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:33:44
Q:
gaussian的一些计算例子，在高斯网站上有吗？
A:
没有
看exploring的书，以及
写高斯输入文件的不错的参考
http://sobereva.com/27
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:34:33
Q:
有一络合物，含有两种金属-O键， O-M1，O-M2，前者算出的Mayer键级大于后者，但是键长确实后者更短，是否可以说这种情况是因为后者基本是离子键作用引起的？
A:
M的元素如果不同，键级-键长这个关系没有可比性
Q:
M是相同额
A:
再结合其它指标考察，比如BCP信息、振动频率、键能等，看是否短的那个确实更强
Mayer键级对于离子特征的强弱区分得不那么开
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:40:17
Q:
大体系洋葱算法，用什么泛函优化好啊？[Emoticon][Emoticon]
A:
ONIOM只是个计算形式，和用什么泛函没关系
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:40:46
Q:
请问这个read是必须加上的吗？SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO)
A:
否
----------------------------------------------------
2015.09.17 09:53:24
Q:
各位老师，请教个问题，算TD出现负激发是由什么原因造成的？
[图片]
我也是不是很懂，我用的是PBE0
我计算过一些结构，会有负激发，但是不知道是什么原因造成的
A:
负激发能是因为前面算的基态波函数没收敛到真正的基态
你列出的是TDDFT的根的davidson迭代过程的收敛，根本不是一码事
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2015.09.17 09:53:41
Q:
我加SCF=QC几何优化，得到“No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.”错误提示，请问可以提取什么信息么？
A:
这不是错误提示，不用管
----------------------------------------------------
2015.09.17 10:06:32
Q:
大神，还是刚才那个RDG的问题，导出的数据有5列，后两列分别是X,Y轴来画图，那么前三列分别是什么意思啊？
A:
每个点在三维空间中的实际X,Y,Z坐标
----------------------------------------------------
2015.09.17 10:20:19
Q:
老师，G09 D01版本，iop3/124=3还好用吗？
A:
不建议用它
Q:
我看手册上写，也是弄色散项的。为啥不建议用呢？
A:
因为手册里没有明写，所以有一定不可靠性
empiricaldispersion手册都写明了所以可以放心用
原则：有关键词就别用IOp
Q:
因为前阵子还没有D3的时候用的是3/124，现在要是加D3的话，我怕不准了
A:
同样体系对比一下单点便知
----------------------------------------------------
2015.09.17 10:40:48
Q:
sob老师，在算反应的焓变的时候，直接用freq计算出来的反应物和生成物的sum of electronic and thermal enthalpies 计算就行吧
A:
这是最简单也最粗糙的做法
Q:
[Emoticon]
[表情]
如果这样做的话，不用在H的基础上加零点能了吧
A:
H本身就包括ZPE
Q:
[图片]
那我看的这篇文献上是不是写错了？
我一直在怀疑是我错了还是这个文献错了
A:
要么他写错了，要么你对文献上的符号理解错了
[图片]
Q:
就是说文献上也可能出错吧，我一直认为发表的文章都不会出错的
A:
文献上出错太常见了
是包含的
最省事的方法就用热力学组合方法
不加
最后直接输出焓
Q:
@Sobereva，请问计算反应焓变的最精确方法是什么？
A:
最省事的方法就用热力学组合方法
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.17 10:48:04
Q:
好吧，谢谢老师。
A:
[图片]
违规一次，记录在本本上
Q:
老师你好，你这个发现好吧开头的句子然后给出警告和记录黄牌在案，是用什么代码实现的？个人好奇而已。谢谢老师回复
A:
警告是手动给出的，记录我会记录在文本文件里
求能用sci-hub下载的文献的人也都记录在案
Q:
是不是做坏事儿的人和事。都写在小本上面了？
老师没有真的记下我吧
A:
对哒
Q:
无规矩不方圆[表情]支持老师[表情]
A:
已经记了
Q:
求放过，老师
A:
自觉遵守群规就行了，见群共享
两次违反就不好意思了
Q:
[表情]
恩，好
下次注意就行了，还有机会的。sob老师不会一棍子打死人的[Emoticon]
下次注意就行了，还有机会的。sob老师不会一棍子打死人的[表情]
以后写个脚本
出现群里禁止的关键词，就自动和谐掉，[Emoticon]
以后写个脚本
出现群里禁止的关键词，就自动和谐掉，[表情]
A:
我就想QQ群能实现那种，但没辙
Q:
我在别的群里面看到过能实现这种功能的
A:
懒得弄，我希望QQ直接提供个能编辑脚本的后台功能，不想用第三方的插件什么的
----------------------------------------------------
2015.09.17 11:16:30
Q:
[图片]
A:
[图片]
把Multiwfn的settings.ini里的iuserfunc设为31，然后分析user defined function就行了
----------------------------------------------------
2015.09.17 11:17:08
Q:
)[图片]老师又来麻烦您了，能帮我看看这两个本征值从哪里找吗
A:
具体是考察一个点还是一条线还是一个平面还是某个空间范围的这个函数值，要用Multiwfn不同的功能
----------------------------------------------------
2015.09.17 12:03:27
Q:
multiwfn 的BCP和NBO中的NBCP，一样么？
A:
不一样
----------------------------------------------------
2015.09.17 12:03:27
Q:
“ This type of calculation cannot be archived.”是怎么回事啊？
A:
不是错误提示，不用管
----------------------------------------------------
2015.09.17 12:03:27
Q:
sob老师，热力学组合方法CBSQB3也要加freq关键词吧，然后计算焓变的话也是用sum of electronic and thermal enthalpies计算？
老师，我知道啦，谢谢！
SOB老师，我还想跟您确认一下，CBSQS3的结果中，[图片]直接用这里的焓就可以？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.09.17 12:33:57
Q:
老师，轨道间的 Overlap integral 有单位吗？
A:
没单位
Q:
谢谢老师！
A:
显然得有两行你才能放到origin等程序里面作曲线图（对于此文件，作出来是离散的竖线构成的谱）
Q:
谢谢，那就是专门为origin准备的了？
A:
什么程序都一样，sigmaplot也一样，做曲线图都得有两列数据分别当X,Y
Q:
没用过origin，一直用excel画。excel能画这个吗？
excel怎么画离散的谱线我一直没搞懂
不能改吗？
不过origin画的比较好看
A:
每一个离散的谱线，用曲线图表示就是下-上-下这么一个来回且x坐标不变
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2015.09.17 14:30:58
Q:
请问老师：VMD是免费的吗？文章中用VMD画图后需要引用哪几个文献呢？谢谢老师
谢谢哈
文章中引用哪个文献呢
那是哪一个呢？怎么查呢？谢谢哈
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.17 14:38:20
Q:
[图片]
老师我设置的是31怎么显示是100呢
谢谢
A:
100是自定义函数。自定义函数具体指哪个取决于iuserfunc设的哪个
Q:
谢谢老师，不知道怎么回事，这样就找不到临界点了
A:
先找完电子密度临界点，然后用选项7，输入你要考察的临界点编号，然后看其中的user defined function的输出
----------------------------------------------------
2015.09.17 14:50:27
Q:
用multiwfn可以画多种分子的总态密度图吗？
A:
什么叫多种分子？
每个体系一个态密度图
Q:
就是把每一个分子的总态密度画在一张图上
A:
导出曲线数据，在origin里绘制到一起
Multiwfn一次只能绘制一个体系的
----------------------------------------------------
2015.09.17 14:57:13
Q:
谢谢老师，我用iuserfunc= 0和31得到的eta index 怎么是一样的
A:
我忘了，那个是默认就输出的。所以你不用管user defined function，也不用设iuserfunc了
----------------------------------------------------
2015.09.17 15:21:00
Q:
请问如何计算第一三重激发态T1态和第一单重激发态的S1的能级差ΔEst?
#p b3lyp/6-31g opt td（singlets，root=1）
0 1
#P opt b3lyp/6-31g td（triplets，root=1）
0 1
这两步之差算出来对么
谢谢
A:
优化S0结构，然后用#p b3lyp/6-31g* td（50-50），将T1和S1的激发能相减
你那种写法是T1结构下T1能量减去S1结构下S1能量，如果你就是想得到那个你就那么算
Q:
老师，td(50-50)就是T1-S1的命令么？
A:
同时计算三重激发态和单重激发态能量
Q:
学了一招，非常感谢
[图片] 这个和50-50 算出来会不同么？
A:
我的写法是计算S0结构下这两个态的能量差，你写的是在各自优化的结构下计算能量差
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2015.09.17 15:32:14
Q:
咨询大家个问题再GV里面怎么设置分子的对称性，我已经从文献的cif里面得到了结构，我知道在GV里面看结构的对称性，但是要强制的改变其对称性我不知道该怎么做，谢谢大家了
[图片] 老师，在我自己在文献中得到的结构下调整分子的对称性，是不是只要改变Approximate oximate higher-order point groups 的值就可以啊
A:
改变完了你得点symmetry才真正让结构对称化（右上角是当前点群）
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2015.09.17 15:41:38
Q:
老师，我求出一个物质得一电子后的反应的自由能变，在此基础上考虑其对氢电极的电势。应该用什么公式。我发现老师的讲义上的说不通
A:
怎么说不通？
讲义上的没错
Q:
给的参考文献中给的是氢半反应的自由能变-4.44eV
A:
如果你是参加了8月份的基础量化培训，在溶剂模型部分中有现成的例子
Q:
讲义中之间拿算出来的自由能变减去4.44，当成电势了
电势单位不是V么
A:
你在计算这个过程的时候，用eV就相当于是V
Q:
那讲义上为啥又有一个氧化势与自由能变转化的公式
A:
1eV=96.485354KJ/mol
[图片]
Q:
[图片]
A:
n=1的时候，你一对照公式和eV---KJ/mol的转换关系，不言自明
1V=1J/C
Q:
我想计算分子基态和第二激发态的NPA电荷，然后做差。目前通过查手册只用“#p b3lyp/6-31g(d) gfinput pop=NPA"，这是计算的基态NPA吧，但是第二激发态该怎么算呢？谢谢指点
哦，那我计算的是还原半反应，那么应该是加上4.44
是吧
偶，好的，谢谢老师
A:
也是减4.44
Q:
计算相对于氢电极的标准还原势，也是减4.44？
A:
建议看看还原势计算综述Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 15068--15106
[图片]
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2015.09.17 15:49:45
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
b3lyp/6-31g(d) td(root=2) density pop=NPA
----------------------------------------------------
2015.09.17 15:53:43
Q:
分析Fukui指数数值的正负号是不是可以忽略转不过弯了求指教[Emoticon]
A:
当然不能忽略
Q:
亲核看负值，亲电看正值？
A:
亲核用f+，亲电用f-，都看正值，但要考虑到负值会产生抵消
----------------------------------------------------
2015.09.17 15:55:37
Q:
[图片]这个图中的线条怎样调粗啊？
A:
Multiwfn里没法直接改，导出文本文件到origin里作图时再调
Q:
[图片]的[图片]数据导入origin后，做出的图[图片]这样子了，没有轨道能级的线和费米能级的线条了啊
A:
导出的时候可以导出离散的竖线的txt文件啊
Q:
[图片]是这个文件吗
A:
对
Q:
C1,C2是curve.text，D1，D1是line.text的数据，总画的图不对啊[图片]，实在不会调了啊
A:
DOS_line.txt的数据
-19.13805 0.000000
-19.13805 1.000000
-19.13805 0.000000
-0.99738 0.000000
-0.99738 1.000000
-0.99738 0.000000
-0.51485 0.000000
-0.51485 1.000000
-0.51485 0.000000
-0.37118 0.000000
-0.37118 1.000000
-0.37118 0.000000
-0.29199 0.000000
-0.29199 1.000000
...略
作出来的图
[图片]
Q:
[图片]，图片看不到，再发一次可以吗，非常感谢啊
A:
你就把DOS_line.txt拖到origin里，然后把那两列当成x,y数据作曲线图就完了
----------------------------------------------------
2015.09.17 16:17:04
Q:
老师，要考察湿度对一个气相吸附反应的影响，是直接加水分子还是用溶剂模型比较好呢？
A:
看你想怎么体现湿度的影响、预期是什么样的，有的若必须通过外加水分子才能体现出来，那你就加水分子
----------------------------------------------------
2015.09.17 16:51:00
Q:
老师，我们在实验中观察到湿度的增加促进了SO2在表面的吸附及成盐（有氧气参与，被氧化成硫酸根），我们想从理论上探索下水分子是否直接参与了化学反应：1.如果H2O没参与反应，是否用溶剂模型就行？2.如果H2O参加了反应，这时模型中只用一个被假定直接参加反应的H2O，是否合理？另外，溶剂模型能考察湿度的变化吗？是否可以通过调整体系中水分子的数量来考察湿度变化？
A:
合理
没法讨论湿度的变化，因为量化研究的是发生反应位置上的微观事件，只能区分有还是没有水。至于湿度，则影响的是有水这种情况出现的概率。
----------------------------------------------------
2015.09.17 17:27:24
Q:
求助NBO 计算输入：当自己设定基组做NBO计算的时候，输入文件的格式是什么？（以下是我的输入文件的格式，但计算出现错误。[图片]结尾是[图片]）
log 文件中显示[图片]
A:
%chk=c:\gtest\H2O.chk
#P B3LYP/gen pop=nboread
Generated by Multiwfn
0 1
O 0.00000000 0.00000000 0.11930801
H 0.00000000 0.75895306 -0.47723204
H 0.00000000 -0.75895306 -0.47723204
O H
6-31G*
****
$NBO NAOMO $END
你要自己写定义基组细节就把6-31G*换成基组定义就完了
Q:
现在：问题已经解决，虽然没有人回复，但依然谢谢你们。
A:
明明回复了
----------------------------------------------------
2015.09.17 17:38:37
Q:
sob 老师做优化时有必要加 stable=opt 关键字吗
[图片]
审稿人意见让给Zr原子也加
被拒了
A:
一般都不用，如果怀疑结果有问题，加stable检测一下
----------------------------------------------------
2015.09.17 19:28:58
Q:
问一下，文献里常见”structures were optimized at the broken symmetry unrestricted B3LYP level with the following basis set"其中的broken symmetry究竟指的是什么呢，具体在高斯计算中，关键词是什么呢
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2015.09.17 19:31:13
Q:
请问在gaussian中HSE06泛函是写成HSEH1PBE吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.09.17 19:31:44
Q:
sob，你写的大部分都是关于gaussian的
有关第一性原理的说明貌似不多
是因为MS没有版权吗
A:
对这方面不感兴趣
----------------------------------------------------
2015.09.17 19:35:07
Q:
我到现在还是不懂，为何量子化学里要分出一个第一性原理
有时候对于应该用量化还是第一性原理还是模糊不清
A:
后者以周期性体系为主要处理对象
Q:
但是周期性体系也可以用量化啊
A:
你非要说那是量化也是量化，具体称固体量子化学。但由于有了第一性原理这个词，量化这个词更多地指分子体系的研究了
也可以算
----------------------------------------------------
2015.09.17 20:02:19
Q:
对称性破缺只是指自旋极化单重态吗，对于多重态呢，是不是也可以称为对称性破缺
”也可以算“意思是什么呢，是指用不用guess=mix，得到的结果不一样吗（对于多重态）
A:
高自旋多重度的就用不着guess=mix了，开壳层单重态才用
----------------------------------------------------
2015.09.17 20:04:32
Q:
没办法，在这里就有游戏规则
sob已经写了GAUSSIAN+MULTIWFN灌水指南
A:
那里面明确写了 !=灌水模板
Q:
看见这句话，我忽然想起某不懂编程的人曾问！= 是不是强调两者相等的意思
[图片]
我不好，我检讨；我不对，我有罪
人比人，气死人，跟我年纪差不多，哎
我一本科同班同学现在斯坦福讲师
关键是50多篇了
848586的教授回来了一堆了 take it easy 这些都是浮云啦
关键是如果混的不好，估计以后被开了
A:
总想着比那些，自己逐渐就会迷失掉了
Q:
突然感觉到压力很大
前几天见到一个长得白白嫩嫩的小男孩[Emoticon]，博二发了个Nat chem，准备回国工作
A:
当自由研究者，从学术圈子中脱身，对科研往往才看得更清楚
Q:
可是老婆孩子还要吃饭啊[Emoticon]
好在小姐姐胸无大志心中有自己的小天地[图片]
我觉得multiwfn这个软件，就算一个什么面上都开发不出来
A:
看了那个培训的内容，感觉后三天都是在玩啊
Q:
一般的小千人是带体系回来吧他们考核起来也烦得不要不要的~
面上好多都是扯淡
A:
[图片]
Q:
面上不就是国家自然基金吗？
我们这里有人做计算，将一篇文章剖开发
申请到了两个基金
A:
挺逗的
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.17 20:42:32
Q:
准备搞一个淘宝店，招一批计算工人
卖服务？
淘宝上是有各种计算服务
就是缺少gaussian啊
大哥事实上我们现在招的博后都不能用不晓得怎么拿到学位的你想照能用的及计算工人.....祝你幸福
拿到学位？混的？
有时候总有误人子弟的感觉
搜先得开发自己的软件，商业软件和开源软件都不能用来从事商业活动了
而且有那种花见花开的计算小问题终结者和文章计算部分生产这你那个竞争力在哪里呀
专门帮有机、材料做实验的做相关计算
感觉学个计算机+化学二学位会不错
像你这样做实验，计算一下忙不过来，是不是找人代做一下
计算化学成了测试仪器？打个谱对少钱？
我想问下sob,您平时的gaussian计算用的是集群，还是工作站？
都是自己买的，自己维护？还是有专人维护？
A:
就是N台intel 2*8核机子
有专人
Q:
N是几？
N》=200
A:
小任务自己笔记本上跑，大任务才在上面跑
Q:
笔记本会累死
装的是Linux系统？
A:
我不干拼计算量的计算，那种没意思
----------------------------------------------------
2015.09.17 20:43:32
Q:
sob的笔记本不是一般的笔记本
A:
然
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2015.09.17 20:45:50
Q:
我已经不用做实验了作为designer 更热衷于对大型体系进行计算而且计算里面自我的部分多更无法替代实验程式化的东西多解开的那些问题才mark上我自己的印记是不一样的烟火噗哈哈哈哈哈
sob，您是研究方法论的，这个要么不发好的，要发估计得非常好
很多人研究问题的时候考虑的是兴趣不是发啊
A:
方法上有小进展也有大突破，小进展发小文章，大突破发好点期刊，如是而已
----------------------------------------------------
2015.09.17 20:46:05
Q:
sob老师，做荧光光谱时，好像没有20这个选项，是不是我的理解有问题，谢谢！
[图片]
A:
用最新版本
Q:
哦，谢谢sob老师！
sob老师，每个跃迁展宽的峰形如何得到，谢谢！
A:
这里都有介绍
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
搞明白理论光谱产生原理就自然明白了
Q:
我读了好几遍，没找到啊！
A:
做出图后不就看到了峰的形状了么
你的问题比较奇怪
Q:
如，下图
[图片]
就是每一个跃迁的峰形图，谢谢！
A:
你是想做出这样的图还是有什么其它问题？
Q:
就是这样的图！谢谢！
A:
博文里都写了啊
Multiwfn能导出振子强度大于自己设的值的每个跃迁的贡献的文本文件，都拖到origin里作到一张图上就完了
Q:
哦，谢谢！
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.18 00:26:05
Q:
两个反应~其中一个飞快总的动力学方程如何表示？
是否可以忽略快的，只表示慢的那个，为限制步骤
A:
如果是指两步反应，第一步慢，第二步快，动力学方程就忽略第二步就完了。
----------------------------------------------------
2015.09.18 12:51:58
Q:
跟老师在问一个问题我之前的优化计算是B3LYP/TZVPUSDD ,现在想在优化的基础算一个单点CCSD(T)基础上算不知用什么基组比较好谢谢
A:
是
Q:
def-tzvp基组就是tzvp 吗
跟老师在问一个问题我之前的优化计算是B3LYP/TZVPUSDD ,现在想在优化的基础算一个单点 CCSD(T)基组继续用TZVPUSDD 不知算的动吗还是会有比较好的选择对基组
A:
至少cc-pVTZ
----------------------------------------------------
2015.09.18 12:59:16
Q:
请问一下再高斯的文件里怎么得到energy density 这一项啊？
[图片]
[图片]
能找到electron density and Laplacian value
A:
用Multiwfn做AIM拓扑分析获得
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
不要用高斯自带的很渣的AIM分析模块
----------------------------------------------------
2015.09.18 12:59:16
Q:
各位大神，irc里能设置每个点最多优化几圈就强制收敛的命令吗？@Sobereva
过渡态不好找吧。我IRC跑的时候就Max force那一项特别大，其他三项都很小。
A:
你的问题意义不明。只有GS2方法产生IRC每一步才相当于限制性优化。
----------------------------------------------------
2015.09.18 12:59:16
Q:
请教一个简单的问题，我想做AICD，用povray渲染器渲染出来的图像为什么是这样的啊？是不是应该设置哪里啊
[图片]
A:
打开自己的.pov文件渲染，不要去渲染例子
----------------------------------------------------
2015.09.18 13:54:45
Q:
# b3lyp/gen pseudo=read guess=read [图片]出现这样的错误可是我算chk文件了
[图片]
A:
别read就完了，你的体系又没多大
Q:
那老师的意思是加 opt吗
A:
去掉guess=read啊
Q:
嗯嗯那就是stable=opt后，保存构型重新优化？？我好笨啊
A:
你的计算目的是什么？
Q:
我做stable测试结果是instability,我查之前的聊天记录说可以通过stable=opt得到的chk然后在guess=read 求单点得到最后结构
A:
求单点怎么可能得到最后结构？单点又不影响几何结构
Q:
嗯嗯谢谢老师那这种加opt=tight也能解决吧
A:
根本不是一码事
----------------------------------------------------
2015.09.18 14:11:14
Q:
老师，我按照您昨天说的“ #p b3lyp/6-31g* td(50-50) ”命令，试验了一下，想看看Est的值。请问是看out文件的“Excited State 1 Triplet-A 后面的 eV”么？等待老师指教。
A:
这是T1的，然后你再看S1的
----------------------------------------------------
2015.09.18 14:15:21
Q:
弄好了，谢谢老师老师，那个顺便问一下，那个红色的代表电流方向的箭头，如果想变大一点的话，怎么办啊？
A:
你指的什么图上的红色箭头？
----------------------------------------------------
2015.09.18 14:46:46
Q:
Sobereva老师您好！我在看您关于ADCH的文章，ADCH电荷可以完全精确重现体系总偶极矩，是不是直接通过电荷与坐标相乘再加和就能得到？比如H2O分子，我直接用2*q(H)*r(H)就得到的结果和您的程序给出的通过ADCH电荷得到的分子偶极矩不一样，我的理解有错误吗？请您指点迷津，非常感谢!
A:
你没考虑氧啊
应当用q(H1)*R(H1)+q(H2)*R(H2)+q(O3)*R(O)才对
----------------------------------------------------
2015.09.18 15:03:06
Q:
[图片]sob老师，做IRC下面三个很快就yes了，最上面那个力一直很大，优化很多圈不收敛怎么办？
A:
列出关键词
Q:
cas(12,11,nroot=3,stateaverage) 6-31g* guess=cards geom=check IRC(R
CFC,forward,stepsize=10,Maxpoint=50) scf=(conver=5,save,maxcycle=200)
# iop(99/99=2) NoSym iop(1/10=8) iop(5/39=100000) iop(5/36=1) pop=(ESP
) gfinput iop(6/7=3)
A:
哪个版本高斯？
Q:
03的
A:
用09，默认用HPC方法产生IRC
03默认用GS2走IRC，每一步都得做限制性优化，速度比较慢
Q:
那我改用09试试吗？
A:
恩
----------------------------------------------------
2015.09.18 15:14:44
Q:
请问怎样搜索一个分子的多个构象
A:
群共享构象搜索入门资料
----------------------------------------------------
2015.09.18 15:25:25
Q:
[图片]老师的这篇文章快成世界人民大团结了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.18 15:37:06
Q:
求问前辈：我分别优化单线态和三线态的结构得到的两个能量和我优化默认单线态的结构，然后再算一下这个结构三线态的单点能。请问前后这两个三线态的能量一样吗
A:
结构都不一样，能量当然不一样
每个电子态的能量都是几何结构的函数
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2015.09.18 16:30:44
Q:
[图片]老师，能Multiwfn下载这个版本的可以吗
A:
可
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2015.09.18 16:45:21
Q:
哪个软件可以直接看小分子的极性表面？
好象高斯里面能够看分子中原子的极性？
A:
原子的极性得算原子偶极矩
看静电势填色的分子表面图就可以，静电势很正、很负的区域都是极性区域
Q:
嗯
我就想通过原子的极性来判断分子哪些部位是亲水，哪些部位是疏水。
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2015.09.18 16:51:12
Q:
sob明年的gromacs班估计会讲怎么做离子液体和表面活性剂把？
A:
预计会将
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2015.09.18 16:51:03
Q:
[图片]
请问下以ssh 打头的怎么打开？
搞到了raspa
ssh://raspa2@itsaio.science.uva.nl/~raspa2/RASPA-2.0.git
这个网址是怎么打开的？
A:
有没有给你提供密码之类？
Q:
The password for the git-server is:
8bsntX;P
Remember the password:
8 bestbuy skype nut tokyo XBOX ; PARK
这个是snurr组在Music之外，最新开发的新的大杀器
请问这个软件是需要给surr发邮件吗？类似music？？听说搞商用的
A:
应该是SSH去连itsaio.science.uva.nl，用户名用raspa2，密码就是你那个
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2015.09.18 16:52:09
Q:
培训班什么时候开呢？@Sobereva
A:
预计明年春季
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2015.09.18 17:00:33
Q:
老师，在重复一个文献的多酸体系的时候我用以下的关键词让多酸体系收敛的（什么键长，角度什么的都对照的差不多）但是其homo和lumo之间的Gap差的太多，是不是我一下的一些关键词会影响gap啊#p opt freq b3lyp/genecp int=ultrafine
scf=(novaracc,conver=6,noincfock,maxcyc=500)
A:
不会影响gap的
Q:
谢谢老师，还想问一个在我们用不同的方法和基组的时候有没有哪些因素会影响gap呢
A:
结构、理论方法、基组都一样的话，要么收敛到的电子态不一样，要么其它因素比如溶剂模型、外场，可能影响gap
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2015.09.18 17:12:55
Q:
WFN高手们：跪问一个简单问题，求轻拍,
[图片]这个图里面的轨道序号[图片]，与我们通常认知的1S, 2S, 2Px, 2Py,2Pz轨道有什么联系么?
A:
对于单个原子，分子轨道等同于原子轨道。你从图形上挨个看，就能知道哪个轨道对应于哪个原子轨道
Q:
[图片]您意思是这个其实代表的是分子轨道，如果对于单个原子来说，就是等同于原子轨道了
可以这么理解么...
@Sobereva
A:
对
Q:
但是还是有点比较疑惑。。。。[图片]这个锰原子会有68个轨道？感觉普化书说上锰原子没有这么多轨道...
A:
这是f轨道，你用的基组有f函数就会出现f空轨道
书上说的都只是占据轨道而已
----------------------------------------------------
2015.09.18 17:57:39
Q:
[图片]sob老师我再次优化还是不稳定怎么办呢
A:
stable=opt获得稳定的波函数
Q:
嗯嗯我把获得的稳定波函数优化后再次测了stable 发现还是不稳定
A:
这次你用stable=opt
然后你用guess=read stable再算一次，肯定提示是稳定的
----------------------------------------------------
2015.09.18 18:57:42
Q:
[图片]麻烦解答一下[Emoticon]
A:
服务器上什么版本的G09？
Q:
Gaussian 09, Revision D.01
A:
D01改了输出格式，gv不认
Q:
我的同学做的计算确可以啊
@Sobereva
A:
鸡毛蒜皮的小事
Q:
这个有什么办法可以解决的吗？
A:
你先确认他用的是否是D.01再说
自己手动改格式，哄gv
Q:
哄gv？
A:
手动写成以前版本的输出格式
----------------------------------------------------
2015.09.18 19:28:25
Q:
[图片]老师我按你说的做完 stable=opt后，做guess=read 但出现了这样的错误提示
A:
用g09再试。还不行就把完整关键词包括%部分都贴出来
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2015.09.18 19:28:43
Q:
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/115/17/10.1063/1.1379578 求助文献
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.18 19:29:44
Q:
大家好，请问MS可以模拟蒸发过程吗
A:
用forcite/discover做MD模拟，设个真空层，温度足够高的时候会看到凝聚相分子自发蒸发到真空区域
Q:
我还是吐槽ms 培训太贵了
A:
然
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2015.09.18 19:55:35
Q:
[图片][图片][图片]换g09后还是出错这我的输入文件
No data in chk file...
嗯嗯我有chk文件啊
A:
第二个你都不写%chk，高斯从哪read？
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2015.09.18 20:21:02
Q:
[图片]这个羰基C一般带正电，对吗？
A:
对
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2015.09.18 20:27:59
Q:
sob老师有不同体系适合方法的帖子吗？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2015.09.18 20:35:08
Q:
计算核磁时遇到以下提示，CPHF failed to converge in LinEq2，搜了一下发现有人说是可以提高收敛标准解决，试了一下也不行，不知道有没有知道如何解决的，谢谢。
A:
调调CPHF关键词里的选项，实在不行换个基组再试
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2015.09.18 20:43:53
Q:
若想考计算化学博士，请老师推荐几个高校或研究所
明尼苏达大学
西北大学
加州大学伯克利
出国费用很高吧，农村出来的孩子费用支付不起啊
发两篇SCI，导师写个推荐信，自己考个托福，申请个全奖
吉大千人计划
A:
不要盲目
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2015.09.18 21:13:32
Q:
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/115/17/10.1063/1.1379578 求助文献谢谢了
A:
[图片]
[图片]
下次再求就采取某些措施了
已经是第二次了
Q:
两黄变一红吗
A:
对
Q:
其实我想说sci-hub.org有时候也挺慢的
A:
反正这个文献sci-hub速度挺快
Q:
我也求一篇文献http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adsc.201500525/full sci-hub页面没反应呢
A:
你这个不用sci-hub都直接就能下啊
[图片]
sci-hub对wiley的有时候不管用
Q:
嗯我没有wiley账号
没找到账号呀。哪位大神可以发一下吗？
老师，那是账号密码吗？怎么登陆不上呢
A:
是。前一阵子试过，能上
Q:
我之前传了一个wiley的账号，你可以试试，应该都能下
A:
seafate123 outrage123
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2015.09.18 21:29:47
Q:
Molar volume = 2646.805 bohr**3/mol (236.198 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 5.50 angstrom ( 10.39 bohr)
用volume关键词算出的体积和a0之间是什么关系？
貌似不是4/3piR^3啊
A:
不用管a0，那个是给onsager溶剂模型用的，你不用onsager这个值也没意义。
Q:
Monte-Carlo method of calculating molar volume:
based on 0.001 e/bohr**3 density envelope.
取0.001 e/bohr**3 density envelope作为截面的依据是什么呢
A:
bader将电子密度0.001等值面定义为气相下的分子范德华表面
Q:
这种算出的摩尔体积和实验结果有可比性吗
A:
只有很粗糙的正比关系，定量上一般无法准确符合
Q:
把一个分子放在长方体里面，调整角度，使得这个长方体体积达到最小，有什么方法比较简单的得到这个长方体的长宽高吗
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
可以参考此文的圆柱情况
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2015.09.18 21:53:03
Q:
Triplet energy for the adiabatic transition corresponding to the 0−0 phosphorescence，我想请问一下，文献中的这种表述发射具体是怎么算出来的？是用基态和激发态分子能量相减的方法算的吗？谢谢
A:
是，注意计算S0和T1能量时都要在各自势能面上先优化
Q:
多谢老师，而且在取S0和T1优化的结构能量时还要考虑那个零点振动能吧？
A:
你不考虑的话算出来的就是绝热跃迁能；如果考虑的话，就是0-0能量
Q:
再请教一下，用这种方法算出的0-0能量，跃迁归属它是怎么得出来的？[图片]谢谢
A:
能量是给的0-0，但是归属他应当是当成垂直情况考虑的
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2015.09.18 22:27:13
Q:
固态硬盘读取数据快
价格方面SSD同容量的还是贵很多，所以……
不差钱就SSD 吧
A:
一般来说没什么必要
SAS持续传输速度不慢，而且寿命比SSD更长，容量也比SSD大
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2015.09.18 22:36:54
Q:
ＳＯＢ，我记得你曾经写过一篇Gauss计算无法收敛的文章，我一时找不到，硕士师弟mikko遇到收敛失败，老板折腾了半天没弄好，我在想你的那篇总结应该有用
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.09.18 22:49:36
Q:
SOB，你博客的内容转移去哪里了？sorry，很久没看了
A:
sobereva.com
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2015.09.18 22:52:20
Q:
Sob 你的实用量子化学要出版了？
A:
早着呢
都还没动笔，事多
Q:
我觉得基础班的内容就差不多了
A:
涉及的内容范围大致就是那些
Q:
是的，貌似科音培训就你主讲
别人很难胜任
A:
以后早晚还会有别人
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2015.09.18 23:11:13
Q:
中科院黄明宝貌似也是做量化的
最近还出了本shu
A:
这本书个人觉得不太理想
没特色，属于内容很传统的中文量化教材
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2015.09.19 00:33:39
Q:
判断亲核进攻位点用什么最具顺服力呢？
A:
Hirshfeld电荷、双描述符
Q:
亲电进攻呢
A:
群共享亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Predicting reactive sites_EN
Q:
Hirshfeld表面和电荷是一回事吗
A:
否
不沾边
Hirshfeld表面不是Hirshfeld提出的，而是后人利用了Hirshfeld原子权重定义来做的一种分析
----------------------------------------------------
2015.09.19 00:33:39
Q:
高×格的量子化学
[图片]
A:
并没什么物理意义
给交互式MD增加个硬件而已
不如弄个头戴的，脑子里怎么想，分子就怎么运动
Q:
四年前NAMD里的IMD已经可以用鼠标和轨迹球操纵
那就是虚拟现实量子化学了
最好能呈现打太极的场景
sob前面搞了几个动作后面就没有人接着做下去，挺可惜的
A:
感觉这人才可惜了，以前写过高斯官方白皮书Thermochemistry in Gaussian、Vibrational Analysis in Gaussian
[图片]
Q:
还好。做M0x的Yan Zhao后来去惠普了
A:
恩，以前知道的时候也觉得浪费人才
有些很适合搞科研的没继续搞科研，而有大量不适合搞科研的却在搞科研
Q:
戴头盔的有意义
A:
以前想在VMD里实现一个第三人称开飞机在碳纳米管里穿梭的交互式游戏
Q:
有飞机模型吗？
还是只呈现视野？
A:
VMD里有绘图命令，原则上想画什么就能画什么
----------------------------------------------------
2015.09.19 02:24:56
Q:
请问一下MOPAC做Thermo计算后的热力学参数，是否经过了零点能校正？
A:
U、H、G这些显然都包含了ZPE
Q:
这个是怎么看出的呢？虽说的确有显示了ZPE
A:
基本原理
Q:
这样啊……明白了
A:
不熟悉的话看这两篇
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
----------------------------------------------------
2015.09.19 02:36:31
Q:
后来去当高中老师去了
给他写过邮件没回复
Vibrational Analysis in Gaussian
里面有一些小错
A:
发过JACS的Dr当高中老师[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
打扰大家了，请教一下这图片上的日语是神马意思哟！先谢谢了！
A:
用google翻译。
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
老师，制作动画分析电子结构特征和绘制键级变化曲线，之前是不是都要做相同的工作，将其波函数提取出来？
[图片]老师，这个我运行了，为什么不见自己的文件夹里出现chk文件？
还是之前的gjf文件
A:
看屏幕提示，自行检查输入文件
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
好吧多谢啊
A:
此群严禁使用“好吧”作为回复。违规一次，已记录。
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
怎么定义“片段轨道对复合物贡献”？
当非限制性开壳层分析，alpha、beta轨道都是不对应的，alpha-beta之间没有什么对应关系
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
[图片] 这个怎么整出来的求大神指点啊
[图片] 这图是怎么整出来的求指点多谢
A:
第一张图：分别作两个分子的分子轨道图，ps到一起。第二张图：作两个分子的静电势等值面图，ps到一起。
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
是
----------------------------------------------------
2015.09.19 13:57:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不分什么类型的振动，只分基频校正因子、ZPE校正因子、焓校正因子等等，见
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
----------------------------------------------------
2015.09.19 14:27:54
Q:
[图片]算freq的文件正常结束，Gview打开时出现这个提示，是什么意思呢？
A:
不用管
Q:
哦，没问题，是吧，老师
A:
恩
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2015.09.19 14:33:19
Q:
请问老师，下次开班授课讲什么主题，用到什么软件呀，我想提前了解，好做准备，要不然听不懂的
A:
明年春季，gromacs培训班
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2015.09.19 14:40:48
Q:
老师，请问怎么判断优化不收敛原因是初始构型不对还是需要添加opt=gdiis？@Sobereva
A:
要是从一开始就在奇怪的结构下震荡改初始构型，如果结构已经跑得差不多了但在末期震荡，再尝试opt=gdiis（当然这并非总有效）
Q:
[图片][图片]第一幅图是初始构型不对，需要调整，第二幅图（目前四个收敛标准没有一个yes）添加opt=gdiis改进，可以吗老师@Sobereva
A:
第一个图，若末期结构如果基本合理，就说明不是初始结构的事
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:05:09
Q:
[图片]请问大家下，知道RT指的是什么温度吗？
那请问下温度不一样，会对键能有很大影响吗？一般计算结果都是绝对零度下的吧
A:
看具体定义。对于理论讨论键能没影响，但实验去测的话显然键解离过程的焓变会不同。
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:05:09
Q:
SOB,你是不是准备搞一个量子化学教学程序？
准备用什么可视化？
A:
暂时没这个计划
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:06:16
Q:
各位WFN的高手们：CDA用于开壳层的分析时候会将片段电子和复合物的电子分成alpha和beta来分析，在分析复合物的轨道贡献的时候也分成片段alpha轨道和片段beta轨道对混合物轨道的贡献，在分析片段轨道对混合物贡献的时候，是不是就是直接把对应轨道序号的alpha和beta对相应混合物轨道贡献的加合就行了。。。。谢谢了
[图片]
我看了http://sobereva.com/166这个帖子，知道电子可以这么加和，不知道轨道是不是一回事，也能这么加和....求WFN高手解答
“ 怎么定义“片段轨道对复合物贡献”？当非限制性开壳层分析，alpha、beta轨道都是不对应的，alpha-beta之间没有什么对应关系”
回复：[图片]例如：图中片段1的15号alpha轨道对复合物的39号轨道贡献是1.3%
而片段1的15号beta轨道对复合物39号轨道贡献了1.4%，那么能不能说明片段1的15号轨道对复合物39号轨道总的贡献是
（1.4%+1.3%）/2呢？
如果不是，那在作图obital interaction diagram的时候，是不是alpha轨道和beta轨道对复合物轨道的复合物轨道的组成要分别考虑（做成两个图？）
谢谢了///
A:
得分别作图
2015-09-19 15:06:28
[图片] 删除群动态15:06:28
2015-09-19 15:06:31
[图片] 删除群动态15:06:30
2015-09-19 15:06:34
[图片] 删除群动态15:06:33
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:07:23
A:
求Bulletin of the Chemical Society of Japan文献一篇，谢谢
https://www.jstage.jst.go.jp/article/bcsj/advpub/0/advpub_20150224/_article
Q:
[图片] 糯米饭分享文件 15:09:51
"advpub_20150224.pdf" 下载
A:
谢谢糯米饭和菜鸟
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:11:07
Q:
sob老师
! PWPB95-D3/def2-QZVPP GCP(DFT/SVP) nopop
%maxcore 1000
* xyz 0 1
我用这个算能量，语句对不
A:
都QZVPP了还用gCP干嘛？
Q:
恩恩，最后我选择的这个你看看sob老师，根据帖子来的
! PWPB95 D3 def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C RIJK grid4 tightscf nopop
@Sobereva
A:
我哪写GCP了？
照着帖子写不就好了
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:16:42
Q:
为啥小鬼子不能scihub
果然岛国人不来事
A:
不能开地图炮
----------------------------------------------------
2015.09.19 15:29:33
Q:
请问老师们，ALIE预测是什么？怎么操作啊？在sob老师使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用这个帖子中看到的这个词，不是专门搞化学的，请知道的老师告诉一下。谢谢
A:
看此贴里的平均局部离子化能的综述
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
----------------------------------------------------
2015.09.19 16:10:12
Q:
[图片]在频率分析的结果文件中老是出现这种警告，如何解决啊？老师
A:
不用管
----------------------------------------------------
2015.09.19 16:29:27
Q:
sob老师，Multiwfn中标记然后选中数据用Ctrl+c复制，怎么感觉十次九次复制不上呢？
A:
[图片]
手册5.4节
----------------------------------------------------
2015.09.19 16:45:43
Q:
老师，这个任务#p td(nstates=15) m062x/6-311g(d,p)，[图片]，请问怎么回事
A:
td里写上full
----------------------------------------------------
2015.09.19 16:46:57
Q:
现在我用pm6找过渡态，还有人信么？
A:
进行初步估计还是可以的
Q:
用上pm6，再也不想用从头算了[Emoticon]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.19 17:36:34
Q:
大虾们，用orca的molden文件做“跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁”图时，需要out文件，orca的out文件不识别怎么办？
谢谢！
大侠们，multwfn 用orca的molden文件做“跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁”图时，需要out文件，orca的out文件不识别怎么办？
谢谢！
A:
本来就没说支持
Q:
恩，orca的结果就不能做了！谢谢sob老师！
sob老师，用同样的6-311+g*，gauss和orca产生的td-dft数据相差很大，到底那个可信！
A:
orca是TDA形式下的，再加上其它一些数值上的误差来源（收敛精度、格点设定），肯定会有不同。两个数据都可以用。非要用一个你用高斯的，但你也可以在高斯下用TDA形式计算一下来对比
----------------------------------------------------
2015.09.19 17:39:12
Q:
您以前算过物种的寿命吗？
文献中仅仅是说用TST算的
文献上是这样说的“carried out a unimolecular TST calculation to obtain the
lifetime.”
也没有引用文献
您的意思说直接算半衰期ln2/K
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.19 18:33:42
Q:
在一个女权社会中，男人在家中地位可以忽略不计
A:
这是男人自己的问题
----------------------------------------------------
2015.09.19 18:52:49
Q:
A standard double-ζ STO basis included in
the ADF package with one set of polarization functions was
applied to the H, C, N, O, Si, Cl atoms, while a standard triple-ζ
basis set was employed for the Ti atom. 请问从上句话怎么确定针对不同原子使用的具体基组啊
A:
ADF有自己的基组库，去里面找定义
Q:
我想用高斯计算我的体系中能量，与上面体系（不同与我的体系）进行能量对比说明问题，可以吗，只需把基组和方法设置一样就有可比性了，对吗，老师@Sobereva
A:
相同版本，相同关键词就有可比性
Q:
相同版本？高斯的版本与ADF的版本要一致吗？
A:
[图片]
不同程序间DFT绝对能量没可比性
----------------------------------------------------
2015.09.19 18:57:06
Q:
各位，这篇有能下的吗？实在找不着http://journals.aps.org/prb/abstract/10.1103/PhysRevB.73.205112#fulltext
A:
用sci-hub.org，能下，看群规
----------------------------------------------------
2015.09.19 19:20:57
Q:
各位高手，我在用Multiwfn做orbital interaction diagram图的，片段alfa轨道对复合物的轨道作用能够很好的做出来，但是切换到片段beta轨道后，做出来的图[图片]就是这么一张白板。。。何解？
A:
发给我文件我瞧瞧
----------------------------------------------------
2015.09.19 21:09:08
Q:
老师跟您咨询一下，计算AIMs可以加弥散吗
A:
可以，但没意义
----------------------------------------------------
2015.09.19 22:29:41
Q:
[图片]
请问各位老师，HOMO等轨道中的Ir轨道成分所占的百分比用何软件可直接读出来？
A:
Multiwfn
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
----------------------------------------------------
2015.09.19 22:37:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
N年前看过此人弹东方的曲
发错了
----------------------------------------------------
2015.09.20 09:16:06
Q:
[图片] 老师，我新建了那两个文本后，做到那步双击batchrun.bat图表，这是txt格式的，双击没用啊
A:
你双击.bat文件啊，这是批处理文件，虽然本质上也是文本文件
Q:
[图片]老师，双击没用的
就是打开那个txt文件，我自己新建的
A:
别隐藏后缀，把后缀名确确实实改成.bat，而非.bat.txt
Q:
恩恩
好的，我试试
A:
隐藏后缀名是坏习惯
Q:
老师，那个batch也要改成批量处理文件的bat格式吗
A:
文中没这样说
Q:
恩恩，[图片]老师，我改了格式，但是，闪退。
窗口闪一下就退出了，没有计算
A:
肯定哪弄错了
进DOS然后执行，看屏幕上的提示
Q:
我实在不好意思跟您讲，我不会进DOS[Emoticon]
我还是检查一下，我出错在哪里吧，老师
我看最后还得在Linux系统下操作，我没装是不是还要装一个？
A:
是
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2015.09.20 09:47:55
Q:
博客地址呢？
A:
sobereva.com
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2015.09.20 20:35:37
Q:
突然想起个奇怪的问题，在gjf中怎么样能有起到备注的功能，就像程序可以添加备注一下，这样就知道这次的改动什么的？
A:
如果某行开头是叹号，这一整将被Gaussian无视，可以用于注释
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2015.09.20 20:35:37
Q:
[图片] 老师上次您跟我说的是键级变化曲线图，但是我要做的就像这个曲线一样，是键长曲线图，该怎么做？
那数据点是一个一个把文件打开，然后记录下来，然后再描点？
我也不知道，所以，请教一下大家
A:
[图片]
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2015.09.20 20:35:37
Q:
shell编程看哪本书比较好？
A:
简单的看看http://linux.vbird.org/linux_basic/0340bashshell-scripts.php，更深入的可以看看比如群共享里那个bash脚本编程指南
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2015.09.20 21:53:29
Q:
添加了弥散函数SCF不容易收敛，这个大家怎么应对呢？
那就不加了有的体系当空间很小的时候加太多基函数就是不收敛
A:
scf(novaracc,noincfock)，对于DFT再加int=ultrafine
Q:
int=ultrafine和novaracc这个我用了，还是不行，我在试试noincfock，但是老师noincfock这个关键词是什么意思呢？
A:
不用incremental fock方式近似生成fock矩阵
Q:
好的，我添加这个关键词试试，谢谢sob老师
今天仔细想了想弥散函数什么时候用合适，培训的PPT写的是用途主要在弱相互作用力，电子亲和能，阴离子等，这个是不是说并不是所有反应为了追求精度就要添加弥散函数的，就是一个正常的化学反应机理研究（不涉及阴离子）没必要添加弥散函数啊？
过渡态好像需要
培训的PPT，能不能给我一份啊？感激不尽！！！[Emoticon]@小书童
纸质版，最好听听老师的课程，受益非减
A:
培训的ppt是绝对不外传的
Q:
这个参加培训的都没有电子版的
这个也难怪，科音的培训是良心价
A:
除了讲义中说的那些情况，都不要加，加了对结果几乎没改进，还大量浪费时间、容易导致不收敛
Q:
创腾就说，如果培训外传了，谁还会报名？
讲义里面提过渡态没? 感觉在哪听说过。
A:
基础量化班专门详细讲了过渡态计算
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2015.09.20 22:09:40
Q:
[图片]
gromacs能不能做这个接触角？
A:
可以
Q:
我觉得MS的盗版估计也是创腾自己放出去的
貌似没看到这样的例子
A:
你弄个大板，在上面弄一个小盒子分子，模拟之后自发就会变成那样。
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2015.09.20 22:12:08
Q:
[图片]老师，这个txt结果里面什么都没有，所以我到linux系统提取信息啥什么都没有
A:
说明将命令重定向到multiwfn里的那个文件可能写得不对
Q:
我打开chk和fch文件，里面啥都没有。
A:
怎么打开的？
Multiwfn读不了chk，文本编辑器也编辑不了chk
Multiwfn能读fch，如果文本编辑器打开里面什么东西也没有说明fch文件有问题
Q:
那老师，我计算是不是从头都有问题？
A:
不清楚具体情况不好说
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2015.09.20 23:27:23
Q:
请问一下，非辐射跃迁是否都需要势能面交叉？辐射跃迁呢？
A:
辐射跃迁当然不需要了
Q:
辐射跃迁不交叉非辐射就不一定了
啊神来了
A:
非辐射需要，交叉或者避免交叉
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2015.09.21 00:08:37
Q:
[图片]请问这种图用origin里面ContourPlot的color fill吗 origin里面能美化成渐变没黑线嘛虔诚脸
还有这个形式的图很活泼美观讲义里面想用咋弄
[图片]
这图很难看清啊。还不如弄个柱状图直观
....伦家不要直观嘛傲娇脸
而且一般这种雷达图表示不相干变量比较好。。。这种相干的变量用雷达图真的是。。。
A:
第一张图用sigmaplot比较好
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2015.09.21 14:54:48
Q:
[图片]请问怎么绘制出此图，老师@Sobereva
不是吧，要拓扑分析找出BCP再做电子云密度图吧
A:
Multiwfn手册4.4.6节
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2015.09.21 14:54:48
Q:
请问，charmm跟gromacs的力场文件格式是相同的吗？
我刚才没表达号，gromacs可以选择charmm力场，我想把charmm力场文件直接给gromacs不知道行不行
A:
力场形式一样，但格式显然不一样，得自行转换
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2015.09.21 14:54:48
Q:
各位老师好，请教个问题，gamess中lmoeda计算得到的能量分解是不是只包含HF部分？我做的ccsd(t)，发现输出只有HF部分的能量
A:
否。你做CCSD(T)还会输出色散对相互作用能的贡献，就是ΔE(CCSD(T))-ΔE(HF)的能量
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2015.09.21 14:54:48
Q:
[图片]高斯输出文件中的homo和lumo轨道数值单位是什么呢？我对比了下文献，应该是au,然后乘以27,212ev换算成ev，不过是我个人的理解，群里有清楚的老师或者同学帮我解答一下吗
单位是au，通过说明书确定了其单位，不清楚的小伙伴记得记住哦
我觉得应该看体系吧，我算的一些多酸体系，数值在0.05A左右都认为是没有问题的，我老师是这么说的
http://sobereva.com/134是这个吗
恩，我后来找到了，对于这些基本概念可能是基础不好，急功近利所导致的[Emoticon]
[图片]这是一个人吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2015.09.21 14:54:48
Q:
请问大家在VMD中锂元素用什么命令指定？谢谢大家
Li lithium都不对啊
A:
name Li或name LI，看具体情况而定。
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2015.09.21 14:54:48
Q:
sob老师使用KiSTheiP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数的帖子找不到，大家有收藏的分享一下，谢谢了！
A:
这样的问题，你到sobereva.com的搜索框里一搜就能找到
Q:
[图片]
真的感觉搜索很鸡肋
A:
搜那么完整干嘛？
怎么鸡肋了？
你都没把KisthelP拼对，把l写成i了
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2015.09.21 14:54:48
Q:
对一二面角柔性扫描，输入文件# b3lyp/genecp opt=modredundant nosymm 分子坐标1 58 57 78 -124.69 S 30 10.0
C O H 0
sto-3g**
****
Ti 0
lanl2dz
****
Ti 0
lanl2dz
输出文件 New curvilinear step not converged.
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /home/dell/soft/g09/l103.exe at Mon Sep 21 03:47:25 2015.
Job cpu time: 2 days 2 hours 12 minutes 47.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 105 Int= 0 D2E= 0 Chk= 66 Scr= 1
请问老师不能正常终止的原因，应该如何处理@Sobereva
A:
具体看看已经走了多少步了，结构如何变化的等等，光从这没法判断。
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2015.09.21 14:54:48
Q:
[图片]为啥右边PDOS都比TDOS高了？
谢谢那原始数据应该没问题吧
A:
Mulliken划分的问题。空轨道可能造成贡献大于100%而导致你的情况。你切换成SCPA可以避免。
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2015.09.21 14:54:48
Q:
有基组，溶剂对物质电子结构的经典文献吗？
我是想问问有没有经典的文献
A:
Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3093
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2015.09.21 15:01:04
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.197305641/pdf求助一篇文献谢谢
A:
[图片]
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2015.09.21 15:01:12
Q:
http://www.jstage.jst.go.jp.secure.sci-hub.org/article/bcsj/76/8/76_8_1493/_article 求文献，谢谢啦
A:
违规一次，已记录
[图片]
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2015.09.21 15:05:43
Q:
老师，multiwfn能算NBO电荷吗，应该看哪一块内容。
A:
不能算
2015-09-21 15:06:27
[图片] 删除群动态15:06:28
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2015.09.21 15:16:07
Q:
sob老师明年的培训会讲到lammps吗
A:
不会
越来越多程序的培训以后早晚会有的
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2015.09.21 15:21:08
Q:
有人用过构象聚类的软件吗？
有构象聚类的软件吗？
A:
一些构象搜索程序本身就有这样的功能
也可以把构象每个结构都作为一帧写成一个轨迹，利用一些动力学程序如amber、gmx自带的一些分析工具聚类
要么自己写个小程序根据几何偏差聚类，molclus里的isostat就是那么做的，根据距离矩阵的差异来聚类
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2015.09.21 15:21:50
Q:
[图片]老师拓扑分析图中的黄点、红点各代表什么意思啊
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
[图片]
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2015.09.21 15:36:43
Q:
请问老师：[图片]这个图上的临界点的颜色太浅了，有什么方法能把颜色弄深一点吗？谢谢老师
A:
settings.ini里有这样的参数调临界点颜色
CP_RGB= 0.72,0,0.72, 1,0.5,0, 1,1,0, 0,1,0 // RGB color for (3,-3), (3,-1), (3,+1) and (3,+3) type critical points; [0,1] float; 0.72,0,0.72, 1,0.5,0, 1,1,0, 0,1,0
或者你把原子、键的尺寸设小点，临界点也会显得更明显
Q:
要想颜色变深一点怎么调上面的参数呢？
A:
设的是三个颜色的分量，都是1.0就是白的，都是0.0就是黑的。
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2015.09.21 15:42:31
Q:
求文献：http://www.nature.com/ncomms/2014/140625/ncomms5260/full/ncomms5260.html?WT.ec_id=NCOMMS-20140702
A:
[图片]
[图片]
违规记录一次，两次就踢
全都记着呢
[图片]
所以不要蔑视群规
尤其是群很快就满了，不到50人了，所以现在在T方面不会像以前那么留情了
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2015.09.21 15:48:10
Q:
那个正好您在我想问怎么搞定Material studio 算的差分密度数据用您做的那个软件处理作图？有您相应的博客链接吗
A:
如果是dmol3，你可以算出来.grd文件，Multiwfn是可以识别的，载入后可以用Multiwfn主功能13的选项11来求差
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2015.09.21 15:59:20
Q:
Sob老师，我把.chk转化成.fch之后，在multiwfn中老是打不开，自动关闭。我确认书写格式是正确的，还可能是什么原因呢？
A:
fch压缩后发给我
Q:
SOB威武！
嗯，好。
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2015.09.21 15:59:20
老师，对于A+B=C的反应是放热还是吸热的计算，是不是把A、B和C分别优化，然后对HF作差呢？
A:
严格来计算，做差应该是对焓做差。所以你还得再优化后做freq，用焓来做差
Q:
谢谢Sob老师
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2015.09.21 15:59:20
[图片] 老师，有什么方法能得到这个高斯输出内容的态密度图吗
A:
看Multiwfn手册4.10节的例子
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2015.09.21 15:59:20
Q:
[图片]请问老师，我用freqchk的时候，不管温度设的是多少，出来的的频率总是一成不变？有哪个地方不对吗？谢谢
非常谢谢@Sobereva
A:
本来就不影响频率
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2015.09.21 16:30:51
Q:
老师，我要在石墨烯表面（边界用H饱和形成零价的C42H16团簇）上考虑官能团，有些电荷和多重度的问题要请教您一下：如果在表面上加OH官能团（C42H16OH），电荷和多重度是设置成-1，1还是0，2？如果在表面加个环氧基（构成C42H16O），电荷和多重度是设成0，1还是-2，1更合理呢？
A:
1,2
0,1
Q:
老师，加OH官能团对于的电荷为什么是+1呢？多重度为2相当于OH是表面自由基了？那是不很不稳定啊
A:
写错了，是0,2
Q:
恩，好的，也就是处理成表面OH自由基的单电子体系，而不要人为的加个电子让其处于所谓的更稳定状态？
A:
对
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2015.09.21 16:52:54
Q:
[图片]最后一列Fundamentals (F)这个是什么啊？查了一下，是基础知识，求解
A:
基频校正因子
Q:
老师能简单说下什么是基频吗？
A:
每个振动模式的最低的振动频率
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2015.09.21 16:57:46
Q:
老师：我做AIM电子密度拓扑分析时，把收敛限降低以及将Set scale factor for stepsize一项设低，建议设为0.5 还是没有把临界点找全，丢的临界点是笼临界点，怎么做能找全呢？谢谢老师
A:
用选项3、4、5都进行搜索，还没找出来就用选项6来暴力搜索
Q:
谢谢老师
谢谢老师搜索出来了，我平时[图片]都是按照这个步骤就全了，那种情况下是不是不用再按345搜索了呢？
A:
对
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2015.09.21 16:58:15
Q:
考虑分子的旋轨耦合我应该怎么办？在高斯输入文件使用什么关键词，或者用什么软件去操作呢？
求帮助
A:
看你具体是什么情况，怎么个考虑法。是单个态还是态态之间的
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2015.09.21 18:25:03
Q:
今天有人问我，这个东西与细胞膜的作用能不能模拟
估计要是能做个量化计算，都能发篇Nat Chem了
[图片]
这个估计只有线性标度量子力学可以做
普通量化计算不好做
minima就无数，global minima可能就要哭了
A:
看什么层次
MOPAC2012用MOZYME+PM6-D3H4计算妥妥的
Q:
你需要找global minima么？不找，数据如何采信
要是把分子抻长了估计可以
揉成一团就会慢一些
势能面扫描[图片]能判断几个稳定体，几个过渡态吗老师
用PM6，能在i3处理器的本子上找有机反应过渡态。而且结果不赖
先处理好氢键再说
貌似半经验有点扯
A:
太低估半经验了
半经验PM6-D3H4、PM6-DH+处理氢键都不错
Q:
半经验处理氢键更多靠的是误差相抵吧，少数一两个氢键可以比较准确，但数目多了我就不敢认同了
A:
半经验早就开始考虑对氢键等弱相互作用的校正了，原本PM6算氢键就基本没问题，考虑色散校正、氢键校正项后，大体系弱相互作用定性正确描述完全没问题。
Q:
有氢键、配位键，过渡金属参与，我也不用半经验了。
最基本的那些有机反应，pm6做出来的结构，是比较合理的。
听说Macromodule可以搜初始态，不知道这个软件怎么样？
这个分子要找GM，这一大堆二面角就很麻烦，比如中间一个二面角一转，两头会扭曲的很远
A:
这种体系非要找GM其实意义也不太大，因为可能很多LM结构都比GM高得很少，实际发生相互作用的时候GM出现的比重还未必有多大。
Q:
PM6，PM7很不错了，一些情况下可以把不考虑色散的B3LYP比下去
关键是你可能会发现n多个minima处在同一能量上，PM6精度几个Kcal根本不够用
那找一个LM就更加不好说明问题了
A:
半经验作为初筛正合适，去除明显高能的结构，当然肯定不会拿它的能量作为最终的比较，最终单点还是要用DFT-D算的
而且此分子和比如一块磷脂膜的相互作用，那只能MOZYME+半经验，DFT-D也搞不动
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2015.09.21 18:28:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
如果是柔性扫描，可以判断
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