公社群聊Q&A整理（补遗）：2016.02.09 17 ~ 2.10 12 & 2.20 12 ~ 2.22 10 - 计算化学公社

2016.02.09 17:32:48
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
有意思，文章都有视频摘要了
http://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/18/2/023029/meta
[图片]
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2016.02.09 17:37:56
Q:
mopac2016出来了.
A:
nice
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2016.02.09 21:18:49
Q:
“曾经的校花，现在的老师，离婚之后，一直没有找到另一半。。哎。。”是指谁？
能变成母猪，其实是女人最好的归宿了。有多少女人想变成母猪而不可得。
母猪？不说公猪么
额，用词是有点粗俗。
A:
发现好粗鄙的用词
[图片]
Q:
很奇怪，群主信手拈来这个图片，是从哪里找来？
速度如此之快，令人诧异
A:
常去B站鬼畜区的人都知道
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2016.02.09 21:27:55
Q:
老师你在干什么呀
A:
写博文
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2016.02.09 21:34:01
Q:
大年初一看美人鱼是什么预兆
A:
说来，前些天在A站看到此文
http://www.acfun.tv/a/ac2506837
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2016.02.09 21:58:57
Q:
话说小分子体系，内存会不会影响计算速度，为什么我这边内存看起来都没怎么用呢
我这边服务器显示CPU是满的，但内存基本没显示……是因为我的方法不需要很多内存么，那我是不是可以不在开头写内存么
A:
会。如果你的内存较大，体系不大基组也不大，能用incore方式做SCF，速度会比平时的direct方式做SCF快不少。
direct方式做SCF几乎不占什么内存。
即曰：要么占很多，速度更快；要么几乎不占
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2016.02.09 21:59:47
Q:
好好搞科研，那我来请教一个高斯计算锕系元素的问题吧
我整理一下思路
我要计算一个铀的配合物，想对铀考虑相对论，而其它原子不考虑相对论，该如何处理？
#p rohf/gen int=(grid=500590,dkh2) guess=alter可以吗？
另外，我再论坛上看过sob老师发的各种元素的计算程序，对锕系元素是这样的：
[图片]
为什么原子没有坐标？
A:
一个原子无所谓坐标
Q:
[图片]
并且最后的几个数字表示什么？计算其它元素没有
A:
int=dkh2没法只针对体系某一部分生效
这是guess=alter要读入的内容
不这么搞默认的电子组态不是实际基态的
Q:
那我该如何处理只对锕系元素考虑相对论？配体都是CHON，没有必要考虑相对论，考虑的话或许还会算的不好。我刚接触计算，不太懂一直是做锕系元素实验的，
A:
轻原子考虑相对论不会结果不好，只会耽误时间。你想只对镧系考虑相对论就只能靠使用赝势。
Q:
那最后这些数字意思是？
A:
手册有说明
对初猜轨道进行交换
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2016.02.10 11:24:35
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
ps一下就完了
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2016.02.10 11:29:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
昨天写了个帖子
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2676
过程相当容易。如果图快速可以用liyuanhe的python程序，如果要求更多可定制选项可以用文中的做法
Q:
/鼓掌
很实用
/强
话说sob老师用的是什么系统……感觉是2000的画风……
A:
win7+classic shell
不是win2000的开始菜单我就不会用
Q:
classic shell是第三方程序？
A:
原版的开始菜单一代比一代恶心
是的
Q:
很实用啊，谢谢sob老师
哈
win8的时候因为那开始菜单开始习惯了用搜索
A:
磁贴傻得不行，win10还预装一堆垃圾程序
Q:
嗯预装的这一堆是没啥用…
A:
有的还是删不掉的那种
classic shell真乃吾等windows经典用户的救星
Q:
倒是没用过这个，原来用win7的时候只改了经典界面
竟然有classic shell能改成2000风格= =
A:
好用得很
[图片]
而且可以定制，把不要的移走，可以把有用的诸如关闭屏幕什么的也加进去
Q:
cool/鼓掌
sweet
A:
磁帖什么的弱爆了
Q:
看到秋山澪了/鼓掌/鼓掌/鼓掌
A:
同行
分类很清楚
[图片]
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2016.02.10 12:43:21
Q:
老师好，我用QMMM模型，扫描势能面，然后用势能面上的高点做为过渡态初猜。请问，扫描势能面时，QM区用PM3这样的方法可以吗？
A:
跟具体反应有关，有时候可以，有时候半经验找出来的初猜和实际差异很大
Q:
就是一个典型的酶促亲核取代反应，SN2历程。
最低要用PM6吗？
A:
能用PM6自然更好
但也没法保证一定能给出定性正确的结果
Q:
嗯
怎么样才能得到一个正确的初猜呢？
A:
经验、直觉
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复制代码

2016.02.20 12:32:17
Q:
请问老师 Hirshfeld-E电荷可以用什么计算？multiwfn支持吗？
-E
extended 不知道有多大区别……
A:
没听说过。
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2016.02.20 15:33:54
Q:
origin8.0中如何插入特殊字符ћ? 谢谢
A:
[图片]
[图片]
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2016.02.20 15:38:54
Q:
请问您的版本是8.0 还是9.0
8.0 中[图片]
没有找到
A:
9.0
点unicode才有
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2016.02.20 15:51:17
Q:
[图片]请问一下这个MECP是什么意思
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
字号不得超过12号，群共享群规里有明示
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2016.02.20 18:45:55
Q:
请问Multiwfn可否计算包含上万原子团簇的偶极矩？
A:
看具体情况。
基于原子电荷是可以的，基于波函数没戏
Q:
如果基于波函数，原子最多可以达到多少呢？麻烦老师了
A:
波函数层面，从头算量化程序尚且算不动，更牵扯不到Multiwfn。
偶极矩在量化程序算完单点的时候直接就给你了，能否算得动看量化程序，取决于机子、体系、计算级别，而不是Multiwfn
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2016.02.20 19:57:19
Q:
请教各位老师我在构型优化带电体系的时候 out文件开始的时候为什么读不出电荷呢，[图片]我也到能顺利优化完但是用gview打开out文件出现以下提示：[图片]这是怎么回事呢
A:
检查输入文件电荷设定
Q:
[图片]
老师你看我这个设置应该没问题吧
A:
负电荷数值太大，高斯没考虑会有这种情况。虽然或许程序能计算，但gview解析不了。
应当确认电荷设定无误，有物理意义。
Q:
那我用优化出的构型计算所得频率是不是也是有问题的？虽然高斯能够计算
A:
没法简单判断，在不知道其余情况的前提下
Q:
好的可能是我的体系太大了谢谢老师！另外高斯考虑的负电荷数值最大是多少呢？
A:
没有限制
虽然不知道具体情况，但9.9成计算体系构建得不合理
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2016.02.20 20:19:36
Q:
[图片]
sob老师，在看第一性原理计算的书，说平面波没有能量的二阶解析导数，是平面波框架下能量没有二阶导数的解析表达式，还是有解析表达式，但因为平面波解析求解hessian矩阵的编程太复杂而采用数值求解？@Sobereva
A:
有是肯定有的
Q:
那这是不是说明VASP、castep算出的频率和找到的过渡态不如高斯精确啊（如果不考虑模型带来的差异）
A:
没必然性
Q:
数值导数不是不如解析导数准吗
但是数值精度如果已经很高了呢。。
A:
做一阶有限差分体现不出来那么大差异，从两阶开始差异才越来越大
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2016.02.20 20:54:16
Q:
高斯基函数求数值导数计算量高达单点计算6N倍的关系是否也同样适用于平面波的情况呢？@Sobereva
A:
是
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2016.02.20 22:27:43
Q:
请问，我进行gaussian的D版本测试时，测试Test里的28，94，296等都出现Test job not achieved ,最后又出现normal termination of gaussian 09，这个gaussian可以算是安装正常嘛？
请问，我进行gaussian的D版本测试时，测试Test里的28，94，296等都出现Test job not achieved ,最后又出现normal termination of gaussian 09，这个gaussian可以算是安装正常嘛？
A:
看报错提示。
没必要做那些test job，能跑一个就算正常
Q:
可以跑出结果，也没有报错提示，就是会在结果文件里看到test job not achieved的字样，算正常安装吗？
可以跑出结果，也没有报错提示，就是会在结果文件里看到test job not achieved的字样，算正常安装吗？
A:
算
Q:
sob老师，我写的一个U和DPA配合物的输入文件，怎么调都出错。
U的基组是参考您发到论坛里的。我用同样的方法算UF4是可以的
请问这是为什么？
A:
你写了guess=alter又不定义alter什么，显然出错
Q:
但我之前算UF4，也是只写了guess=alter，却可以计算
A:
不知道干什么的关键词一律不要写
要写必须知道干什么
没报错不代表结果合理
Q:
好的，谢谢老师
不过去了这句话也还是报错啊
只写guess=alter，最后又多了几个空行的话似乎会被程序理解为交换片段为空，写了也没用
报错贴出来
报错贴出来
A:
6-31G*也不适合DKH计算，应当用诸如cc-pVDZ-DK等专门给DKH计算用的基组
不要光说报错没报错，要搞清楚因什么报错，仔细看输出文件分析，提问时也应当贴出错误提示
DKH计算不支持解析梯度，此时必须把要优化的变量用变量形式表示
如果你不知道什么叫标量相对论、全电子基组，就别用DKH计算，对U用SDD赝势去
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2016.02.21 10:16:04
Q:
各位老师，我做一个单分子异构的反应过渡态，试了很多次，调整分子键长键角二面角，都会跑到结构的稳态或者H原子的转动过渡态上，
#p opt=(calcfc,ts,gdiis,loose,cartesian) freq=noraman upbepbe/gen guess=(mix,always) int=ultrafine iop(1/11=1) pseudo=read scf=(xqc,conver=6,novaracc,noincfock) scfcyc=200
这是我的题头参数，我怀疑是我为了收敛参数设的不对才总是跑偏，各位大神能不能帮我看看
A:
先把垃圾关键词全都去了再说
Q:
……
#p opt=(calcfc,ts,loose,cartesian) freq=noraman upbepbe/gen guess=(mix,always) int=ultrafine iop(1/11=1) pseudo=read scf=(xqc,conver=6)
这样可不可以？本来没想加那么多，老是报错，结果就加成那样了……/衰
惨了，不是把sob神惹火了吧？不要踢我出去呀
A:
几何优化/过渡态搜索/freq之类涉及计算导数的任务不要设conver=6
scfcyc=200毫无意义
除非碰到SCF不收敛否则对于当前级别甭写ultrafine、novaracc、noincfock
Q:
想过过程的合理性，另一个类似的过渡态也找到了，就是这个稍稍改动一点就出错
A:
如果不是要得到对称破缺态甭写guess=(mix,always)
=noraman对DFT毫无意义，完全多余
Q:
嗯，之前就是L502.L508，L103都报过才加的，
谢谢sob神
scf不收敛，我的是87个原子的分子，基本上不会超出循环就已经跑偏了……
嗯，不骂我更啥都做不出来
A:
跑偏这种事没个具体结构和结果谁也没法说
不是光靠摆弄关键词就能解决的
Q:
嗯
我还在试
我可以传个结构上来吗？能不能帮我看下？
[图片]
我在找一个Fe复合物的闭环到开环的过渡态，所以所需的过渡态应该是图示的C42，C55号原子的开环的震动，但是多次尝试，都会直接跑到稳态或者甲基的转动态上去
嗯
最开始不懂事，用了3-21g计算的结果，
这个是个光催化的反应
所以看起来势垒好高
/衰
您说的交叉点怎么讲？
A:
光是断这种C-C键本来就极可能没有过渡态
牵扯到光化学计算事情就复杂了
Q:
好，我先自己Google去
我不能跟老板这么说啊，他会掐死我的&
可是已经做过一学期了，我不想放弃……
A:
有些人强行做自己不适合的东西，或者有限时间内搞不定的东西，最后文章没有，只能被迫延期
Q:
我们组延期的确实不少，6年毕业是常态
/流泪
好的，我好好想想怎么跟老师讲
A:
光化学经常跟CASSCF打交道，本来就比DFT黑箱计算复杂不少，体系又这么大，很难搞，还得再学其它程序
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2016.02.21 12:53:34
Q:
请问sob老师，请问可以用Multiwfn处理cube文件，来做分子轨道的平面等值线图吗？
那我试试/发呆，谢谢您
A:
是分子轨道的cube文件就成。
把settings.ini里iuserfunc设为-1，然后作图时选择实空间函数时选100 user defined function即可。此时这个函数对应于cube文件进行插值的函数
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2016.02.21 19:41:26
Q:
[图片]求助：怎样把连接虚线起始位置设置在短线的末端，而不是中间？
用的origin
高！谢谢
A:
这里专门说了
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2016.02.21 19:41:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
把轨迹rerun一下。如果是单个结构，作为优化任务，取第一个步的输出。
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2016.02.21 19:42:54
Q:
求篇文献http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/cphc.201000513/full
谢谢
请教一下：如何获取oxalic acid (HOOCCOOH)的oplsaa力场参数呢?
您好，这是软件吗
我没用过
A:
用tppmktop
http://erg.biophys.msu.ru/tpp/
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2016.02.21 22:38:43
Q:
请教一下，在算单点能的时候出现了[图片]，该怎么解决呀
A:
不冻芯可解决，在后HF关键词里面写full
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2016.02.21 22:43:33
Q:
，我看文献上是 H2COO (12,9)
可不可以选取 H2COO（16,12）？
A:
可大可小，你先看MO，应当把O-O部分的MO纳入
Q:
弄不太清楚，您能不能说得详细些？
A:
最稳妥也最耗时的就是把所有价电子、价轨道全纳入活性空间。如果要活性空间小点来省时，就根据MO考察，把最值得纳入的纳入
Q:
H2COO把所有的价电子和价轨道都纳入活性空间就是16个电子，12个轨道，对吗？
我没有做过CASSCF计算，不知道这个体系这样选是否现实？写基金的时候提到想用casscf计算CH2OO相关反应体系，评审专家提出要写上活性空间的选取
A:
H2也得算上，都得加2
自己不清楚就直接效仿文献
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2016.02.22 01:17:45
Q:
建议群主建一个微信群
现在微信交流更加便捷
请sob老师考虑啊
A:
鄙视微信
不会建的
不认为讨论科学问题需要过多的“移动”和“微”化
Q:
好吧~
A:
[图片]
Q:
有道理~
A:
这次就算了
Q:
谢谢sob老师不杀之恩~
国外貌似更加喜欢用邮件，订阅一个邮件list所有问题和回答都会发送到订阅者的邮箱，这个模式也挺好~
是的~
A:
邮件效率低，检索、讨论也不是很方便
群+论坛我看是最好的互补
邮件列表传图传附件往往还很困难
邮件列表的模式有些过时了
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2016.02.22 01:21:06
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
小本本。。
A:
这次就算了
Q:
[表情]感觉现在提问过于便捷
A:
有时候有人问问题，回复了还无视，继续问同一个问题
微信那种东西可以用于科研人员之间的社交，但社交并不是思想家公社、计算化学公社的目的
PS：有时候有人问问题，都不知道屏幕截图，直接拿手机拍照屏幕就发，拍得又模糊，尺寸又不合适，图像有时候还是翻转的，真是汗
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2016.02.22 09:47:19
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
计算三重态与基态的电子密度差，发现是MC特征就是3MC，是MLCT特征就是3MLCT。不同几何结构下电荷转移特征会不同
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2016.02.22 10:01:49
Q:
有人了解汉斯出版社么？
谢谢大家告知！
A:
[图片]
Q:
就是不知道这个期刊投稿真不真，我看思想家公社论坛里有帖子也给了汉斯出版社了
A:
真
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2016.02.22 10:01:56
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没关键词没法说
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2016.02.22 10:09:51
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
去掉calcfc、SCF=(Maxconventionalcycles=120,XQC, maxcyc=300)
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