计算化学公社

标题: 求助：gromacs-2019正式模拟时报错 [打印本页]

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-2-27 16:05
标题: 求助：gromacs-2019正式模拟时报错
我在服务器上利用gromacs做体系能量最小化以及nvt平衡时，均运行正常，然后再进行正式nvt模拟时却一直出现如下的报错
(, 下载次数 Times of downloads: 39)
gmx的安装我是按照sob老师发在论坛里的方法安装的，这是我提交任务的脚本文件
(, 下载次数 Times of downloads: 38)
我附上报错的out文件、.mdp文件、log文件，想请问大家这个问题怎么解决呀。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-27 16:58
模拟崩溃了
一般是拓扑文件有问题，仔细反复检查，并且仔细看grompp时屏幕上的提示

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-2-27 21:14

sobereva 发表于 2022-2-27 16:58
模拟崩溃了
一般是拓扑文件有问题，仔细反复检查，并且仔细看grompp时屏幕上的提示

老师，我发现我把nose-hoover热浴下的 tc-grps 改成一个控温组之后，模拟就能正常运行了，请问这是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-28 13:50

Rosefinch 发表于 2022-2-27 21:14
老师，我发现我把nose-hoover热浴下的 tc-grps 改成一个控温组之后，模拟就能正常运行了，请问这是什么原 ...

没法判断。连你跑的是什么体系都不知道

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-1 21:33

sobereva 发表于 2022-2-28 13:50
没法判断。连你跑的是什么体系都不知道

不好意思老师，我做的是2维石墨表面有机小分子自组装的模拟，两层石墨烯总共8400个原子，石墨表面有机分子8个总共1144个原子。之前把石墨基底部分和组装的有机分子部分分成了两个控温组，用nose-hoover就会出现报错，但是随着调大 tau_t 参数的值，报错会出现的更晚一些（它会先跑几步再报错）。现在我只设置整个系统为一个控温组，模拟1ns就能完成模拟，但是不清楚为什么会这样。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 02:52

Rosefinch 发表于 2022-3-1 21:33
不好意思老师，我做的是2维石墨表面有机小分子自组装的模拟，两层石墨烯总共8400个原子，石墨表面有机分 ...

可能tau_t本身用的就不合理。另外也可能体系还没平衡，Nose-Hoover热浴不要用在体系还没平衡的状态。若无特殊情况，建议始终用V-rescale热浴。

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-2 08:55

sobereva 发表于 2022-3-2 02:52
可能tau_t本身用的就不合理。另外也可能体系还没平衡，Nose-Hoover热浴不要用在体系还没平衡的状态。若无 ...

好的谢谢sob老师

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