计算化学公社

标题: gaff力场中的离子 [打印本页]
作者
Author: diaok    时间: 2016-3-7 17:18
标题: gaff力场中的离子
本帖最后由 diaok 于 2016-3-7 17:21 编辑

求教
在gaff力场中哪些离子的参数较为准确？

用antechamber获得一些较大的离子参数可信吗？
比如这些
Hofmeister series：



SCN-好像是因为极化的影响才排到末位的吧？（所以这个估计不可行？）

作者
Author: sobereva    时间: 2016-3-8 09:47
antechamber获得那些大离子参数也就是能凑合用，如果离子参数精度是关键的话，那直接靠antechamber搞出来的应该会比较差。
amber力场的离子参数未必理想，记得以前用Amber的Na、Cl参数模拟NaCl溶液，居然300K下都结晶了。
作者
Author: diaok    时间: 2016-3-8 10:53
本帖最后由 diaok 于 2016-3-8 11:29 编辑
sobereva 发表于 2016-3-8 09:47
antechamber获得那些大离子参数也就是能凑合用，如果离子参数精度是关键的话，那直接靠antechamber搞出来的 ...

之前也尝试过，的确不行

amber里面的卤素只有一种，离子好像就是给卤代烷里的卤素带上了电荷，看起来就不行


kbff的离子能和amber力场混用吗？
它用了opls的组合规律，和amber不同

不过正好看到这篇文献把opls的类型也拿进来用了
http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct800409d

然后amber的database里面别人提交的离子也就看到这些               
       
                                                               
Mg(2+)PREPFRCMODSorensen
cobalt hexaammineOFFFRCMODCheatham
hydronium ion, H3O(+)PREPFRCMODBaaden
nitrate/nitric acid, NO3(-)/HNO3PREPFRCMODBaaden
triflate, CF3SO3(-)PREPFRCMODBaaden
perchlorate, ClO4(-)PREPFRCMODBaaden
lanthanides, Eu(3+), La(3+), Yb(3+)PREPFRCMODBaaden
Mn(2+)PREPFRCMODBradbrook
Ca(2+)PREPFRCMODBradbrook

http://sites.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/
自带了卤素估计就没人管了
作者
Author: fhh2626    时间: 2016-3-8 15:43
对离子参数要求高的话用12-6-4参数，更高的话就用amoeba ff，amber都支持

不过你列出来的离子中有部分没有参数
作者
Author: diaok    时间: 2016-3-8 17:46
fhh2626 发表于 2016-3-8 15:43
对离子参数要求高的话用12-6-4参数，更高的话就用amoeba ff，amber都支持

不过你列出来的离子中有部分没 ...

主要用Gromacs

不过后来找到了一篇能用的离子参数
http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jp902584c
针对不同的水模型，还有不同的lj参数
作者
Author: fhh2626    时间: 2016-3-9 17:21
diaok 发表于 2016-3-8 17:46
主要用Gromacs

不过后来找到了一篇能用的离子参数

你要用这个的话，还不如用amber自带的参数了，都是13年以后的新参数，拟合也比较严谨
作者
Author: diaok    时间: 2016-3-9 22:33
fhh2626 发表于 2016-3-9 17:21
你要用这个的话，还不如用amber自带的参数了，都是13年以后的新参数，拟合也比较严谨

多谢指点

找了半天，原来参数就在
AmberTools15\amber14\dat\leap\parm\frcmod.ions1lsm_1264_spce 这一批文件里面

后来的参数大都是一种水模型一个参数


gromacs没有12-6-4和amoeba ff这两种吧？
12-6的也分了两套
hydration free energies (the HFE set)
和
ion–oxygen distance (the IOD set)
这两套适用范围如何， 要怎么选择？
作者
Author: fhh2626    时间: 2016-3-14 11:41
diaok 发表于 2016-3-9 22:33
多谢指点

找了半天，原来参数就在

一定要用gromacs吗？那好像的确不支持12-6-4和amoeba ff
两套的使用范围就和名字一样，分别拟合自最优的水合自由能和配位键长度
还有一套CM set，是取了个折中的结果。



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