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标题: 请问能不能通过聚合物的特定原子扩散来表征聚合物链的柔性？ [打印本页]

作者
Author: zhangguangxu 时间: 2022-2-27 21:33
标题: 请问能不能通过聚合物的特定原子扩散来表征聚合物链的柔性？
请问能不能通过聚合物的特定原子扩散来表征聚合物链的柔性？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-28 00:43
不够直接
用RMSF衡量合适得多

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-2-28 13:01
可以通过均方回转半径和均方末端距（线性链）来进行判断。
柔性好，均方回转半径和均方末端距就小

作者
Author: zhangguangxu 时间: 2022-3-1 21:09

sobereva 发表于 2022-2-28 00:43
不够直接
用RMSF衡量合适得多

sob老师，审稿人说的是通过特定原子的扩散计算聚合物柔性。我查了下您说的RMSF好像计算的是残基的波动，能够表征柔性，但不是特定原子的扩散，请问sob老师您说的RMSF是和审稿人提问的说法是一样的吗？

作者
Author: zhangguangxu 时间: 2022-3-1 21:17

Kangtor 发表于 2022-2-28 13:01
可以通过均方回转半径和均方末端距（线性链）来进行判断。
柔性好，均方回转半径和均方末端距就小

谢谢，这是审稿人提的计算方式

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 02:51

zhangguangxu 发表于 2022-3-1 21:09
sob老师，审稿人说的是通过特定原子的扩散计算聚合物柔性。我查了下您说的RMSF好像计算的是残基的波动， ...

不一样

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-2 10:30

zhangguangxu 发表于 2022-3-1 21:17
谢谢，这是审稿人提的计算方式

说明审稿人没学过高分子物理，你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变，可以通过分子链尺寸相关物理量（均方末端距和回转半径）来表征

或者空间位阻参数，高分子无扰尺寸和Flory特征比。

以上探讨的叫做静态柔顺性。

你需要区分一下动态柔顺性。

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2022-3-2 14:24

Kangtor 发表于 2022-3-2 10:30
说明审稿人没学过高分子物理，你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变，可以通过分子链尺 ...

请教一下，怎么在3维的PBC下计算Rg。

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-2 17:59

EdwardLimit 发表于 2022-3-2 14:24
请教一下，怎么在3维的PBC下计算Rg。

我记得VMD的tcl手册上有相关脚本编写的方法

作者
Author: zhangguangxu 时间: 2022-3-2 21:25

Kangtor 发表于 2022-3-2 10:30
说明审稿人没学过高分子物理，你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变，可以通过分子链尺 ...

好的，谢谢你

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