计算化学公社

标题: 请问Molclus最后输出的玻尔兹曼分布和利用Shermo算出的有什么区别？ [打印本页]

作者
Author: Labber 时间: 2022-2-28 10:58
标题: 请问Molclus最后输出的玻尔兹曼分布和利用Shermo算出的有什么区别？
如题，有几个疑问：1、高斯opt+freq之后的多个out文件放进去Molclus之中isostat抽取的能量是哪一个呢？指的是电子能量吗？

2、isostat最后输入温度得到的玻尔兹曼分布数据是怎么推算的呢？不是需要得到自由能才行吗（因为即使不做freq放进去也可以得到玻尔兹曼分布？）

3、使用Shermo结合freq和单点计算的数据才可以得到准确的分布？这样的话isostat里面的得到的数据还能放进文章里面对比吗？因为动力学模拟之后结构太多，我想100个结构初步PM7优化后放在isostat先得到一个分布，然后挑选能量最低的几个做高精度单点计算方进入Shermo做分布，最后对比一下两组分布数据是否可行？想说明挑选的几个结构具有代表性？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-28 13:14
1 把问题交代清楚详细，不要有任何歧义
多个out文件指什么？
isostat从isomers.xyz提取能量，和out文件哪有直接联系？
molclus自动调用Gaussian提取什么数据作为能量是自己在settings.ini里指定的，此文明确说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

2 原理此文明确说了
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
不让molclus自动计算自由能的时候相当于用电子能量差近似作为自由能差算Boltzmann分布

3 从来没这么说。显然如果opt freq的级别已经非常高了，一个任务就完了，但显然实际中没人这么干。

搞清楚isostat处理的isomers.xyz文件里的能量是molclus产生的，别盯着isostat问。
molclus怎么算能量是settings.ini中的参数你自己设的，molclus明确支持直接自动用与opt freq不同的级别算单点，此文明确说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

PM7顶多作为初筛，结构优化的精度都完全不够，我的诸多molclus相关帖子里的例子都体现了。这是为什么例子里最后优化用的是DFT
认真阅读各种相关教程，搞清楚里面的例子的计算流程和设计思想
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: 小鱼要加游 时间: 2025-4-15 10:29
我把shermo算好的能量放进xyz文件让isostat归簇且算boltzmann分布，得到的比例不一样。
感觉是哪里参数没调或者是我对isostat在归簇基础上算boltzmann分布的原理有误。

作者
Author: snljty2 时间: 2025-4-15 14:48

小鱼要加游发表于 2025-4-15 10:29
我把shermo算好的能量放进xyz文件让isostat归簇且算boltzmann分布，得到的比例不一样。
感觉是哪里参数没 ...

Molclus 每个簇的能量和结构用其中能量最低的结构的。

作者
Author: 小鱼要加游 时间: 2025-4-15 15:21

snljty2 发表于 2025-4-15 14:48
Molclus 每个簇的能量和结构用其中能量最低的结构的。

也就是用molclus归簇后的boltzmann分布是按照每簇最低能量计算的！
我刚刚试了一下，对上了！
果然是我对isostat在归簇基础上算boltzmann分布的原理理解有误（苦笑
非常感谢解答！

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