计算化学公社

标题: gmx模拟的mdp文件中关于QM/MM的相关设置 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-28 21:13
标题: gmx模拟的mdp文件中关于QM/MM的相关设置
老师们好，在之前做了酶蛋白——配体的分子动力学模拟后，打算用GMX与ORCA联用，将配体在关键位点部分区域设为QM。其余区域MM，进行QM/MM模拟。参考了公社帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-1371-1-1.html 部分，在Windows下，下载了相关的文件，配置了环境变量等操作。并查看了相关的手册中的QM/MM部分。也有一些相关的问题想请教一下社长和各位老师： 1：在手册中看到了这两个文件。但是手册中和Google中并未找到该文件的格式，想问一下这两个文件是怎么得到的，需不需要自己编写呢？

# file containing the Lennard Jones coefficients for the Lennard-Jones interaction
   %LJCoefficients "temp.LJ"
   # file containing the point charges for the electrostatic interaction
   %pointcharges "temp.pc"
   2：做QM/MM模拟，gmx的mdp文件中的QM/MM部分需要进行哪些设置，代表的意义是什么，请老师们指点一下，如果有相关的ppt的图片中介绍了这一点，还请老师指教！
   3：之前参加过gmx的培训班，社长提到高级班可能会有QM/MM的模拟，具体是gmx与什么软件的联用，未来有机会的话想学习一下。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-1 03:04
gmx的QM/MM接口在2019-2021版本被砍掉了，2022版会加入和cp2k的接口

高级班的QM/MM八成是Amber或者NAMD联用Gaussian

想做QM/MMMD在ORCA里应该可以直接实现，但MD部分控制包括力场应该没GMX/Amber等专业MD软件灵活

QM/MM在cp2k里也可以依靠联用QUIP(编译的时候编进去就行)来实现

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-3-1 09:00

喵星大佬发表于 2022-3-1 03:04
gmx的QM/MM接口在2019-2021版本被砍掉了，2022版会加入和cp2k的接口

高级班的QM/MM八成是Amber或者NAMD ...

十分感谢，我了解下。没这方面的基础着实很头疼

作者
Author: lonemen 时间: 2022-6-3 22:50

喵星大佬发表于 2022-3-1 03:04
gmx的QM/MM接口在2019-2021版本被砍掉了，2022版会加入和cp2k的接口

高级班的QM/MM八成是Amber或者NAMD ...

厉害啦，多谢科普

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