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标题: 求助：用TI算绝对结合自由能时，怎么优化lambda附近的窗口设置 [打印本页]

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Author: 王家小姐 时间: 2022-2-28 21:45
标题: 求助：用TI算绝对结合自由能时，怎么优化lambda附近的窗口设置
本帖最后由王家小姐于 2022-2-28 22:01 编辑

各位老师同学，我通过gromacs软件计算小分子药物溶剂化自由能时，得到了如下3张图：重叠分布图、重叠矩阵和〈∂U/∂λ〉-λ图，从重叠矩阵可以看出窗口2（λ=0.1）和8（λ=0.8）与其相邻窗口重叠度不够。在这里想向各位大神请教两个问题：第一个问题，第2个窗口（λ=0.1）如果增加窗口的话，是增加λ=0.05，还是增加λ=0.15，还是λ=0.05；λ=0.15同时加呢？
第二个问题，对于第8个窗口（λ=0.8），它前一个（λ=0.7）和后一个（λ=0.9）重叠度都较高，这种情况下lambda值是应该取的更密一些还是把λ=0.8去掉呢？
第三个问题，改变窗口设置后是重新跑一次，还是基于以前的tpr文件用rerun算能量呢？
请各位老师同学指教，不胜欣喜

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