计算化学公社

标题: 在跑高温分子动力学时杂原子的手性是否能够保持？ [打印本页]

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-3-1 02:06
标题: 在跑高温分子动力学时杂原子的手性是否能够保持？
尊敬的各位老师好:
我想用Molclus调用xTB去跑带有三级胺，三级膦，三级硫的分子动力学产生traj.xyz文件用于构象分析，三级胺的翻转能垒比较低，但是三级膦的翻转能垒比较高，室温下三级膦应该是可能出现手性的。而高温下，例如100摄氏度，手性膦将可以自由翻转，所以在跑MD取样的时候，我是不是不能把温度设的很高，不然三级膦就会翻转了，这个与实际室温下不符合？但是另一方面如果温度不设高，会不会采样不完全，导致不一定能找到最优的构象呢？
谢谢各位老师！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-1 03:08
如果你的AIMD不用特殊姿势(增强采样)，在你能跑得动的时间尺度内基本上看不到翻转

你可以先用常规静态计算看看翻转能垒的范围，在想象在你模拟的时间尺度内发生的概率

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-3-1 09:31

喵星大佬发表于 2022-3-1 03:08
如果你的AIMD不用特殊姿势(增强采样)，在你能跑得动的时间尺度内基本上看不到翻转

你可以先用常规静态计 ...

老师请问这样的效果是三级胺可以正常翻转，三级膦不会翻转吗？还是想要三级胺翻转的。。。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-1 10:07

WaterMirror 发表于 2022-3-1 09:31
老师请问这样的效果是三级胺可以正常翻转，三级膦不会翻转吗？还是想要三级胺翻转的。。。

如果你按照一般的温度正常的构型去用DFT跑MD，那你在你能跑得动的时间尺度内是看不到翻转的，无论是三级胺还是膦

你应该先用正常的量子化学找过渡态的方法先确认势垒的大致高度

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-3-1 10:38

喵星大佬发表于 2022-3-1 10:07
如果你按照一般的温度正常的构型去用DFT跑MD，那你在你能跑得动的时间尺度内是看不到翻转的，无论是三级 ...

哦哦，谢谢老师解答！
那就是应该要选是一个让胺可以翻转但是膦不能翻转的合适温度去跑MD是吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-1 16:55

WaterMirror 发表于 2022-3-1 03:38
哦哦，谢谢老师解答！
那就是应该要选是一个让胺可以翻转但是膦不能翻转的合适温度去跑MD是吗

理论上是的，但是需要注意一点，你跑动力学是ps量级的时间尺度，所以应该选择一个胺用1ps能翻转、膦用1ps不能翻转的温度。所以不能简单查实验文献来用，因为实验一般是测的一个温度下能不能用毫秒、秒甚至分钟量级的时间翻转。

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-3-1 22:21

wzkchem5 发表于 2022-3-1 16:55
理论上是的，但是需要注意一点，你跑动力学是ps量级的时间尺度，所以应该选择一个胺用1ps能翻转、膦用1ps ...

谢谢老师

那这要自己摸索了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 03:39
很多程序可以外加限制势，对锥形部分加上二面角限制势就可以避免出现动力学过程中的翻转

作者
Author: ddh2617 时间: 2022-4-18 18:09
你好，请问如何计算手性分子的能垒差？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)