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标题: 动力学模拟中的几个半径弄不清楚，请大侠解答。 [打印本页]

作者
Author: xiayu1985 时间: 2022-3-1 15:27
标题: 动力学模拟中的几个半径弄不清楚，请大侠解答。
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-3-1 19:22 编辑

最近学习过程中被rlist、rcoulomb和rvmd弄得一头雾水。本人简单的理解gromacs的non-bonded的相互作用计算方法，认为就是先由rlist生成邻居列表，列表内的按照pairwise（原子对）的模式计算vdm和coulomb相互作用，rlist以外的作用，vdm是忽略的，coulomb是按照PME(或者ewald，P3ME等)计算的，但是越看感觉越乱。
具体问题大概如下，不知道有没有说清楚。
一、rlist是邻居列表的半径，好多资料里面说要计算原子对的nonbonded的相互作用力，但是当rcoulomb＜rlist或者（rvdm＜rlist）时，是rcoulomb（或者rlist）内的按照原子对计算nonbonded作用还是继续按rlist内的原子对计算nonbonded相互作用？如果是前者，是不是意味着只从邻居列表中找符合条件(即＜rcoulomb或者＜rvmd)的原子对计算短程作用。rlist的设置有什么依据没有，还是只是靠经验？二、有了rlist为什么又出现了rcoulomb、rvdm？只利用rlist的截断半径计算vmd和rcoulomb的短程和长程作用不行吗？邻居列表是怎么节省计算能力的？
三、关于PME方法下计算coulomb的相互作用，有些人说rlist以内的是短程方式计算，以外的是长程方式计算。个人理解是短程的electrostatic作用就是按照经典的库伦作用按照邻居列表的原子对求和，长程就是按照PME方法的求和计算，只不过这里面有实空间和倒易空间两部分（两项）。但是我看手册上说是实空间计算的是短程，倒易空间用FFT计算的是长程，这样一来好像和rlist没有关系，rcoulomb的半径对短程和长程的计算划分起到作用。个人理解是coulomb的相互作用无论短程还是长程都是按PME方法的公式计算，这个公式有两项，一项是计算短程的实空间，另一项是计算长程的倒易空间，至于那个范围内按短程计算，剩下的按长程计算，是由rcoulomb决定。按照后一个理解，好像在coulomb的计算中，邻居列表就不起什么作用了。这两种理解到底哪个是正解？
四、有资料说PME的方法有益于计算长程的coulomb作用，是不是长程部分的coulomb作用不是按原子对计算的？还是，PME对短程和长程都能计算，实空间是短程，倒易空间计算长程？它的原理是什么，是计算了所有rcoulomb以外的微粒(原子)对中心原子的coulomb作用，也就是只计算一次，不需要计算rcoulomb以外的原子对的coulomb。不知道说明白了吗？
五、如果短程和长程计算都可以将rvdm和rcoulomb设置成大于、小于等于rlist，那么rlist的邻居列表又有什么作用。rvdm（rcoulomb）小于等于的时候，计算vdm或者coulomb可以从邻居列表中找符合条件的原子对，但是当rvdm（rcoulomb）大于rlist时，邻居列表有什么用（短程计算的范围比rlist还大）？
问题之间可能有点交叉，不过就是因为理不清楚才问的，可能问题本身就有问题，先谢谢各位解答的大佬！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 04:09
没有vdm只有vdw，该配眼镜了

rlist、截断半径对cutoff方式和Ewald/PME方式计算的情况截然不同。GROMACS不同版本对于rlist/rcoulomb/rvdw之间的规则、要求也有所不同，有些老版本支持的设置在新版本不再支持，还有些情况的设定属于程序specific的设置，去从原理上较真没意义。rlist没必要自己设，当前版本GROMACS会自动设置。

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4 去看Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)里Ewald方法介绍自然就明白了。你的很多问题都是缺乏基本知识，应当找本书系统性学学原理。我的北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里对这些基本原理性知识都有很系统、详细的讲授。

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