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标题: VMD选择语言作图的成键问题 [打印本页]

作者
Author: mcruijff 时间: 2022-3-2 05:27
标题: VMD选择语言作图的成键问题
各位老师好！本人是VMD新手，正在学习PDB文件的VMD可视化，我尝试使用 VMD选择语言可视化氧化石墨烯的结构。遇到了以下问题：
我想将碳骨架上的碳原子（CX）与羟基（H1A）上的氧原子（OL）相连（距离限制为1.5A），
但是每次CX与OL相连时，相邻两个羟基上的OL也会相连（我认为原因是OL与OL，和 OL与CX 具有相同的距离，因为一旦我提高距离限制，两种键都会消失）
请教：有没有语句可以只保留OL与CX的键。谢谢！

问题如图中情况（青绿色：碳原子；红色：氧原子；白色：氢原子）

作者
Author: ggdh 时间: 2022-3-2 11:43
本帖最后由 ggdh 于 2022-3-2 11:46 编辑

1 弄清楚原子编号
2 topo addbond 1 2 给1 2 原子之间添加键
3 topo delbond 1 2 删除 12 原子之间的键
另外
"如果两个原子间没有被判断为成键，但你希望让它们之间显示键，就选择Mouse - Add/Remove Bonds，然后点击这两个原子的正中心，它们就连上了。如果你点击两个已经成键的原子，它们之间的键就会被去掉。" from谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题l

作者
Author: mcruijff 时间: 2022-3-2 13:23
谢谢老师的建议！我同时也参考了这篇文章。现在纠结于批量添加类似的键，并排除相近氧原子之间成键。
我的PDB文件是自己写代码生成的，里面有用的信息有resname, type的信息。
结构比较大，类似的成键问题很多，手动估计不太行

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 16:39
自己写个VMD tcl脚本，循环碳和氧，二者距离小于某个值就用topo addbond加上键就完了，这样不会牵扯到O-O

Tcl迅速入门教程 http://bbs.keinsci.com/thread-157-1-1.html

作者
Author: mcruijff 时间: 2022-3-2 23:38

sobereva 发表于 2022-3-2 16:39
自己写个VMD tcl脚本，循环碳和氧，二者距离小于某个值就用topo addbond加上键就完了，这样不会牵扯到O-O
...

谢谢老师的建议和帖子！我仔细研究下。

作者
Author: mcruijff 时间: 2022-3-20 10:34
回来update一下自己的帖子，在老师的建议和帮助下，我已经成功用tcl脚本解决了atom自连问题
方法是通过每次只考虑两种类型的原子是否成键，并设定成键的阈值（上限和下限），效果对比如图，部分代码如下：

topo clearbonds

set carbon [atomselect top "resname GGG"]
set cdx [$carbon get index]
set oxygen_ol [atomselect top "name OL"]
set ol_idx [$oxygen_ol get index]

foreach co $cdx {foreach olt $ol_idx {
set dist [measure bond "$co $olt"]
if {($dist>1.4187) && ($dist <= 1.492)} {topo addbond $co $olt}
}}

puts {CX-OL finished}

现在我遇到了一个新问题：由于我有一个结构特别大，大约包括250,000个atom，用上述方法 vmd会out of memory.
请问VMD有没有分区域画图（判断成键的方法），或者我的代码还可以修改？谢谢！

作者
Author: Jerry_Fan 时间: 2025-3-25 16:18

mcruijff 发表于 2022-3-20 10:34
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多帧的应该怎么办呢？每一帧也不会自动更新

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