计算化学公社

标题: 关于sob老师‘使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布’一文的问题 [打印本页]

作者
Author: RickyE 时间: 2016-3-8 06:43
标题: 关于sob老师‘使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布’一文的问题
请问Sob老师，在题目中文章'6 其他1：分析范德华表面穿透程度‘ 一节中，两个水分子的范德华表面相互穿透的图是怎样做出来的呢？是两个水分子分别产生fch文件然后利用Multiwfn+vmd使之结合，还是通过对水分子二聚体的fch文件进行一系列操作计算得到的呢？’将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来‘又是怎么实现的呢？多谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-8 09:42
就是先优化水分子二聚体，取两个水分子的坐标，各自计算一次单点得到fch或wfn文件（记得用nosymm关键词避免自动调整朝向）。然后按照此文对第一个水分子绘制分子表面静电势图：
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
然后以相同步骤，计算并在VMD里绘制第二个分子。只要会绘制出第一个分子，再同时绘制另外一个分子自然而然就会了，VMD里可以同时显示无数个东西。

作者
Author: RickyE 时间: 2016-3-8 17:14

sobereva 发表于 2016-3-8 09:42
就是先优化水分子二聚体，取两个水分子的坐标，各自计算一次单点得到fch或wfn文件（记得用nosymm关键词避免 ...

多谢Sob老师，我这就去试试！

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2018-5-21 15:57
同样问一个Sob老师博文196的问题
如果我想表现周围环境与中心分子之间的相互作用，我定义了一个新的算符
(, 下载次数 Times of downloads: 72) （V表示表面静电势，+/-表示正ESP和负ESP，S表示表面积）

计算这个量，可以通过 " 9 Output surface area in specific value range of mapped function "功能
查看不同静电势区间内分子表面积，并将整个表面静电势范围划分为N个区间
这样只有静电势范围划分的足够细，越能得到比较精确的新算符值。

现在有个疑问，有什么办法计算 surfptpos.txt上的这些表面点对应的分子表面积，这样就可以得到最精确的新算符值了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-23 19:02

赵云跳槽发表于 2018-5-21 15:57
同样问一个Sob老师博文196的问题
如果我想表现周围环境与中心分子之间的相互作用，我定义了一个新的算符
...

表面顶点并没有对应的面积，表面三角才有。程序在做类似这种统计的时候，是先计算表面三角的顶点的数值，然后插值成为表面三角对应的函数值。

要输出这种信息，你得改源代码，surfana.f90文件里可以从这里入手
surfareapos=0D0
surfareaneg=0D0
do i=1,nsurtri
      if (elimtri(i)==1) cycle
      if (surtriang(i)%value>=0) then
            surfareapos=surfareapos+surtriang(i)%area
      else
            surfareaneg=surfareaneg+surtriang(i)%area
      end if
end do
write(*,"(' Overall surface area:    ',f12.5,' Bohr^2  (',f10.5,' Angstrom^2)')") surfareaall,surfareaall*b2a*b2a
write(*,"(' Positive surface area:    ',f12.5,' Bohr^2  (',f10.5,' Angstrom^2)')") surfareapos,surfareapos*b2a*b2a
write(*,"(' Negative surface area:    ',f12.5,' Bohr^2  (',f10.5,' Angstrom^2)')") surfareaneg,surfareaneg*b2a*b2a

其中surtriang(i)%area就是表面三角i的面积。

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2018-5-23 19:14

sobereva 发表于 2018-5-23 19:02
表面顶点并没有对应的面积，表面三角才有。程序在做类似这种统计的时候，是先计算表面三角的顶点的数值 ...

明白了，谢谢Sob老师的指点！

作者
Author: wanlichuan 时间: 2019-8-14 21:15
本帖最后由 wanlichuan 于 2019-8-14 21:19 编辑

我也想问sob老师这篇博文中的一个问题：
文中主要提到了三种计算穿透距离的方法，但都是针对两个原子之间的相互作用的，请问sob老师，如果是一个原子和一个平面（比如苯环、萘环这样的大平面结构）相互作用，如何计算二者的穿透距离呢？更进一步，如果计算两个平面之间的Π-Π作用，其穿透距离好不好计算呢？用博文中的三种方法都不好算。望不吝赐教。

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-15 08:29

wanlichuan 发表于 2019-8-14 21:15
我也想问sob老师这篇博文中的一个问题：
文中主要提到了三种计算穿透距离的方法，但都是针对两个原 ...

对于两个平面的情况：
先计算两个平面的垂直距离，见
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后通过Multiwfn+VMD，肉眼寻找平面上方的一个比较有代表性的表面顶点，用这个点的坐标计算与平面的距离（通过上文中的protoplane程序）

之后通过求差即可得到穿透距离

作者
Author: wanlichuan 时间: 2019-8-15 12:54
好的，我试试。谢谢sob老师。

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