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标题: 求助：锂电解液径向分布函数的问题 [打印本页]

作者
Author: 志涛666 时间: 2022-3-2 13:44
标题: 求助：锂电解液径向分布函数的问题
各位专家好：
如题，我算出来的径向分布函数有问题，还请各位专家看看。
电解液体系：碳酸甲乙酯（EMC--附件代码B02 原子1-5），碳酸乙烯酯（EC--附件代码B03 原子 6-10 ），碳酸二乙酯（DEC--附件代码B15 原子11-15），Li+ (原子16)和PF6-（原子17-18）
盒子中塞了72个EMC，120个 EC，204个 DEC 及其Li+ 和 PF6各40个。
建模： moltemplate+packmol ; 力场：OPLS-AA (其中前三用Ligpargen直接导的，后二根据文献找的)；分子动力学软件：Lammps。

NPT-NVT弛豫总共60000，然后在NVT下计算RDF(锂离子与羰基氧，即16-5 16-10 16-15对应关系)。计算in文件即输出如下附件如下

RDF结果如图所示。

普遍认为（文献及DFT计算）Li+应该要与EC结合紧密，与EC有配位关系（即红色线），为何我的计算中几乎没有配位关系呢？有相关专家了解的话烦请解释一下

作者
Author: 志涛666 时间: 2022-3-2 13:47
忘了提了计算的密度跟实际密度差值在0.01以内

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-2 13:51
应该是和你的实际体系相关，我估计你说的DFT计算应该是算了结合能之类的东西。这显然是无法直接用与凝胶态中的。所以，和DFT不匹配不打紧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 16:34

志涛666 发表于 2022-3-2 13:47
忘了提了计算的密度跟实际密度差值在0.01以内

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 16:50
单独拿EC和Li+跑模拟看rdf和配位数情况什么样
也许当前DEC和EMC与Li+结合能力更强，导致和EC的氧结合的相对较少
孤立体系DFT计算不能说明什么。如果文献里有靠谱的动力学模拟结果可以证明EC和Li+结合才更紧密，那你应当先用文献里的计算方式重复一下文中的模拟。

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