计算化学公社

标题: 计算IRC后，与初猜结构不符合，应该如何处理呢？ [打印本页]

作者
Author: long1999 时间: 2022-3-2 14:13
标题: 计算IRC后，与初猜结构不符合，应该如何处理呢？
初猜Ag与靛蓝中的N成键
在计算过渡态后，只有一个虚频。IRC计算后，Ag距离N越来越远，与O的距离更接近。在gview中也没有成键

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 16:44
语义不明
先把过渡态的结构，以及虚频的振动矢量图贴出来

如果过渡态对应于Ag位置的迁移，这再正常不过

作者
Author: long1999 时间: 2022-3-2 17:43
关键词
# opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp scrf=(smd,solvent=water)
geom=connectivity def2svp

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-2 18:57

long1999 发表于 2022-3-2 10:43
关键词
# opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp scrf=(smd,solvent=water)
geom=connectivity def2svp

你的初猜指的是过渡态的初猜、反应物的初猜还是产物的初猜？
IRC的最终结构应该趋近于反应物和产物之一，并且肯定不趋近于过渡态，你检查一下你的体系是不是这样的，如果是，那就是正常现象，不需要任何处理

作者
Author: long1999 时间: 2022-3-3 10:22

wzkchem5 发表于 2022-3-2 18:57
你的初猜指的是过渡态的初猜、反应物的初猜还是产物的初猜？
IRC的最终结构应该趋近于反应物和产物之一 ...

是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-3 16:50

long1999 发表于 2022-3-3 03:22
是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

和产物的初猜不符合也是正常的，关键在于和产物的优化收敛的结构是否符合，只要这个符合就行。
B3LYP永远要加D3，即使不是写在文章里的也要加。只有两个例外：（1）极其小的分子，比如水分子这么大的分子；（2）研究的过程不涉及结构变化，比如算垂直激发能。

作者
Author: Elatesan 时间: 2022-3-3 21:47

long1999 发表于 2022-3-3 10:22
是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

按照sob老师的说法

如果缺乏化学直觉和理论知识，不知道什么时候加DFT-D3校正是必须的，索性能加的时候都加，反正通常没害处，还往往能顺便改进热力学数据计算精度

作者
Author: long1999 时间: 2022-3-5 13:44

Elatesan 发表于 2022-3-3 21:47
按照sob老师的说法

谢谢您了

作者
Author: long1999 时间: 2022-3-5 13:45

wzkchem5 发表于 2022-3-3 16:50
和产物的初猜不符合也是正常的，关键在于和产物的优化收敛的结构是否符合，只要这个符合就行。
B3LYP永 ...

谢谢wzkchem5老师

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