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标题: 求助cof建模问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-3-2 15:04
标题: 求助cof建模问题
各位大佬，我想使用gromacs建立一个周期性的cof体系，为此我单独建立了一个菱形的单晶胞，然后通过gromacs本身周期性的展示，最终形成一种周期性cof体系。如下图所示：

但是由于我将单晶胞当做是单独的分子建立的，因此它不可避免的会和旁边的单晶胞非常紧密的接触，也就是相当于这种分子会和自己的虚影有着很近的接触，这样好像又不合理了。
各位大佬帮忙看看，我目前建立的模型是不是不合理的，要是不合理的话，又有什么办法达成我的建模目标呢？多谢各位大佬了！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 20:31
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子，使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合理的。在VMD里可以直接根据盒子信息显示出相邻镜像

作者
Author: wwl 时间: 2022-3-3 16:19

sobereva 发表于 2022-3-2 20:31
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子，使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合 ...

嗯嗯，多谢sob老师

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