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标题: amber跑MD时候的cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access... [打印本页]

作者
Author: 小李 时间: 2022-3-2 16:04
标题: amber跑MD时候的cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access...
本帖最后由小李于 2022-3-2 16:04 编辑

老师和各位大佬们好，想请教关于用amber跑的MD的cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access...报错问题。
加水箱子后VMD打开pdb文件截图如下： (, 下载次数 Times of downloads: 21)

经过第一步对水最小化后用VMD打开如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

Q:想请教一下第二张截图上的警告出现是什么原因的。

经过第二步最小化后用VMD打开如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

对水最小化脚本截图如下（第一步）：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

对整体最小化（第二步）：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

进行后续的第二步整体最小化也可以进行，但到加热的时候便会报错，如图：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

Q：想请教一下是否是因为第三张截图上还存在警告的不正常键连接的原因

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

对照参考出现错误的可能原因，对照检查了拓扑参数文件以及小分子的结构（提前高斯优化过，没有大的结构变化）确定没有问题，蛋白质是蛋白质数据库文件下载下来的pdb，怀疑是最小化能量不充分又进行了增加最小化步数增加，每步时间不变，处理还是报错结果如上面的截图，请大佬帮忙看一看。

Q:在有想请教一下17万个原子您建议能量最小化建议多少步的呀，后续加热密度平衡多长时间较为合适。是不是体系较大，最小化处理步数加倍也不够的呢，现在已经比正常的翻了4倍（最开始maxcyc = 50000，ncyc = 25000,现在增加到maxcyc = 200000, ncyc = 100000,）步数处理，还是会报错。

在进行增加4倍步数进行能量最小化前，进行了增加两倍步数进行能量最小化尝试（最开始maxcyc = 50000，ncyc = 25000,现在增加到maxcyc = 100000, ncyc = 50000,）
第二步对整体最小化截图：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

之后加热均衡都正常结束也检查rst转化为pdb文件在VMD打开上述截图显示的警告问题，后续进行短程MD时候开始不久报错：

log文件如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

加热脚本:nstlim=200000, dt=0.001,在最开始的基础上增加了一倍步数，减半了每一步时间
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

平衡脚本：nstlim=5000, dt=0.001,在最开始的基础上增加了一倍步数，减半了每一步时间
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

Q:关于加热和平衡时间想请教一下如何确定自己的体系加热升温的步数和时长呢，看相关资料如果加热时间过长也会不好，17万的原子系统产生上面报错是因为加热过快导致的体系变化过快产生的嘛，您推荐应该进行多长时间加热（每一步多长时间，多少步数），但学生进行数次试逐渐验叠加步数还是会出现报错的情况。对于密度平衡也是采取相类似试验方法还是会报相同的错误。

请各位老师，大佬不吝赐教，十分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-2 20:43
1 初始加水位置加得不太理想，和蛋白质有过近接触。通常做了能量极小化会自动消除，就算还有不合理接触也无所谓，动力学能跑就行。

至于MD没法跑起来可能原因很多。先尝试把步长改得很小，如果能跑，跑一阵弛豫开之后再切换到实际要用的步长。

问能量极小化跑多少步没什么意义，关键最后受力收敛到了什么情况。看输出文件判断

“加热时间过长也会不好”这只不过会浪费计算时间，并不会对原理有不良影响。升温越慢，在模拟初期出现动力学不稳定的可能性通常越低。

不要那么教条非要问跑多少步合适之类，结合实际体系实际情况实际现象反复多试试，自然就有感觉了。这种问题没有统一、适合所有情况的答案。

作者
Author: 小李 时间: 2022-3-2 22:36

sobereva 发表于 2022-3-2 20:43
1 初始加水位置加得不太理想，和蛋白质有过近接触。通常做了能量极小化会自动消除，就算还有不合理接触也无 ...

好的好的，感谢您的解答。
学生根据您的建议在进一步尝试实验的。稍后采用小的的步长跑MD，您好，弛豫一段时间应该是为了达到平衡状态系统的操作的操作吧，如果之后进行跑MD直接采取弛豫后的结构，想请教一下如何确定是否达到平衡状态的，判断能量还是其他的判据的，请您指教。
学生刚刚根据您给予的建议查看了输出文件，学生使用的是amber，网络搜索没有查询到能量最小化输出文件的收敛有关标准要求，一张输出文件部分截图如下： (, 下载次数 Times of downloads: 19) ，还请您指点一下，如何判断为收敛。

再次感谢，祝您一切顺利。

作者
Author: 阿志 时间: 2022-10-17 20:42
想问老师，您解决了cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered，这个报错问题了吗？

作者
Author: 小李 时间: 2022-11-21 21:54

阿志发表于 2022-10-17 20:42
想问老师，您解决了cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered，这 ...

不同的计算体系可能问题不一样。我的体系问题是由于体系的非标准小分子拓扑文件生成问题造成的，后续查找到有关生成参数文件的参考报错便过去了。

作者
Author: tomwong4253 时间: 2022-11-21 23:16
如社长所说，这种问题通常是比较奇葩的构象加水的时候水的位置比较蛋疼导致的。处理这个问题有一个方案是在升温的时候先升到10K或者50K，然后平衡一段时间看看，如果没有问题再升温到300K并往下跑。另外如果升温用了nmprot，我基本都不同时限制蛋白而直接让体系自由跑开的。

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