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标题: 想要研究有机分子晶体中金属原子确切的插入位置，想用蒙特卡洛模拟，该用什么软件？ [打印本页]

作者
Author: liuzl 时间: 2022-3-3 10:50
标题: 想要研究有机分子晶体中金属原子确切的插入位置，想用蒙特卡洛模拟，该用什么软件？
要研究有机分子晶体中金属原子确切的插入位置，想用蒙特卡洛模拟，该用什么软件？新手希望各位老师推荐个较为简便的软件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-3 22:41
这跟蒙特卡罗模拟不见得有什么直接关系
应当说明是什么金属，以什么机制插入分子晶体、预期插入到什么地方

作者
Author: liuzl 时间: 2022-3-5 10:35

sobereva 发表于 2022-3-3 22:41
这跟蒙特卡罗模拟不见得有什么直接关系
应当说明是什么金属，以什么机制插入分子晶体、预期插入到什么地方

老师你好，我想研究有机电极材料充放电过程的结构变化，向有机分子晶胞中插入锂离子，机制是插层机制，我现在没办法确定锂离子的具体位置，因此想用GCMC确定锂的具体位置。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-5 21:25

liuzl 发表于 2022-3-5 10:35
老师你好，我想研究有机电极材料充放电过程的结构变化，向有机分子晶胞中插入锂离子，机制是插层机制，我 ...

现成的能干这个的程序我不知道。但原理上，可以先找出分子晶体的孔洞，看下文，手动把锂离子放到一些可能的位置，然后跑动力学，看看锂离子自发会跑到什么地方
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617（http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html）

作者
Author: liuzl 时间: 2022-3-7 15:22

sobereva 发表于 2022-3-5 21:25
现成的能干这个的程序我不知道。但原理上，可以先找出分子晶体的孔洞，看下文，手动把锂离子放到一些可能 ...

好的，谢谢老师指导。

作者
Author: pikapikachu 时间: 2023-5-9 06:06
社长的建议很有道理. 另外, 手动放置Li到一些位置,这一步可以自己写程序脚本实现自动化. 例如, 通过对空间位置按一定的概率分布采样(以1维x轴举例, 可以选坐标范围例如-1.0到+1.0, 通过程序生成-1.0到1.0的随机数,得到结果比如0.73,就生成了一个随机位置在0.73的点), 将Li放置在三维空间中的一个位置范围内, 生成大量的位置点,然后分别去做动力学,看Li倾向于待在什么地方.

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