计算化学公社

标题: CP2K几何优化的监控/诊断小脚本-cp2kmonitor [打印本页]

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-3-4 16:06
标题: CP2K几何优化的监控/诊断小脚本-cp2kmonitor
本帖最后由冰释之川于 2023-3-11 22:00 编辑

cp2kmonitor是monitor系列工具的第三弹，在此依旧感谢钟叔的tsmonitor中的高大上代码，魔改一下使之适用于CP2K几何优化输出文件

第一弹：tsmonitor （《Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html）【钟叔操刀】
第二弹：orcamonitor （《ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-21335-1-1.html）【本人山寨】

(, 下载次数 Times of downloads: 20) (, 下载次数 Times of downloads: 22)

注：scf一列中的“NC”是指SCF run NOT converged，即该步的SCF没达到收敛限

(, 下载次数 Times of downloads: 322)

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-4 17:15
冰冰老师也进军第一性原理了么

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-3-4 18:02

丁越发表于 2022-3-4 17:15
冰冰老师也进军第一性原理了么

要做一些表面吸附类的计算，所以就搞了个监控脚本了

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-3-6 18:34
2022/03/06：更新至1.1版本，支持CP2K打印级别为LOW和MEDIUM级别的输出文件

作者
Author: renzhogn424 时间: 2022-3-31 15:00
这个表的形式不错，我自己写了个简单命令画趋势图，不知道能不能结合起来，画多条线，像Gview那样
cat *.out|grep "ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy"|sed 's/ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy \[a.u.]: //g' >data.txt
gnuplot -persist <<EOF
plot "data.txt" with linespoints
EOF

作者
Author: PESPES 时间: 2023-2-26 11:07
请问bbj，我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步，但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-2-26 11:14

PESPES 发表于 2023-2-26 11:07
请问bbj，我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步，但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢？

因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向

作者
Author: PESPES 时间: 2023-2-26 11:23

冰释之川发表于 2023-2-26 11:14
因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向

嗯嗯，再请教一个问题，RE代表啥呢，每步优化后的能量？我这个咋显示的这么小呢？ dE是两步之间的能量差，MF,RF,MD,RD分别代表最大受力，平均受力，最大位移，平均位移？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-2-26 13:32

PESPES 发表于 2023-2-26 11:23
嗯嗯，再请教一个问题，RE代表啥呢，每步优化后的能量？我这个咋显示的这么小呢？ dE是两步之间的能量差 ...

RE代表相对于第一帧结构的能量， dE是后一帧相比前一帧能量的变化量，单位应该是kcal/mol。变化小不是很正常的么，你经过了3轮优化，结构收敛了

作者
Author: PESPES 时间: 2023-2-26 15:01

冰释之川发表于 2023-2-26 13:32
RE代表相对于第一帧结构的能量， dE是后一帧相比前一帧能量的变化量，单位应该是kcal/mol。变化小不是很 ...

懂了，谢谢回复

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2024-10-24 13:46
老师您好，cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step       RE       dE SCF cycle  time (min)    MF    RF    MD    RD
1       0.000    0.000

PROGRAM STARTED AT    2024-10-22 17:27:58.246
PROGRAM ENDED AT    2024-10-22 22:55:25.841
TOTAL RUNNING TIME: 5 hours 27 minutes 27 seconds

The number of warnings for this run is : 0

作者
Author: 模拟小菜 时间: 2024-10-24 16:26

yaoyuan0711 发表于 2024-10-24 13:46
老师您好，cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step RE dE SCF cycle time (min) MF ...

我使用的也是cp2k2024.2也遇到了同样的问题，请问该如何解决

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