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标题: 求助Materials studio中ONETEP模块计算团簇run那里显示灰色 [打印本页]

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-4 16:22
标题: 求助Materials studio中ONETEP模块计算团簇run那里显示灰色
本帖最后由南晓于 2022-6-9 16:04 编辑

请问大家关于Materials studio中ONETEP模块了解吗，我建立了一个200多个原子的金属硫化物团簇，想用ONETEP模块进行计算，已经打开了团簇文件。可是run这里是灰色的请问大家知道这是怎么回事吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 66)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-4 17:07
没装当然run不了

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-4 17:39

喵星大佬发表于 2022-3-4 17:07
没装当然run不了

我当时安装的时候是完整安装的，这是咋回事

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-4 17:42

南晓发表于 2022-3-4 17:39
我当时安装的时候是完整安装的，这是咋回事

而且我建的晶体模型是可以点击run的，那个run就不是灰色的，计算团簇模型时就是灰色的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-4 17:47

南晓发表于 2022-3-4 17:42
而且我建的晶体模型是可以点击run的，那个run就不是灰色的，计算团簇模型时就是灰色的。

周期性体系才能算

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-4 19:21

sobereva 发表于 2022-3-4 17:47
周期性体系才能算

您好我之前看到ONETEP可以计算大型催化剂团簇来着，它不可以算非周期性结构吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-4 19:22
本帖最后由卡开发发于 2022-3-4 19:24 编辑

南晓发表于 2022-3-4 19:21
您好我之前看到ONETEP可以计算大型催化剂团簇来着，它不可以算非周期性结构吗

需要加周期性边界，要取足够大的晶格参数来模拟非周期边界。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-4 20:51

卡开发发发表于 2022-3-4 19:22
需要加周期性边界，要取足够大的晶格参数来模拟非周期边界。

您好因为我以前只建立过团簇，您说的需要加周期性边界，要取足够大的晶格参数来模拟非周期边界。是说要给我建立的团簇加上周期性边界吗，后面取足够大的晶格参数来模拟非周期边界这个是为了什么，想请教请教，十分感谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-4 22:38

南晓发表于 2022-3-4 20:51
您好因为我以前只建立过团簇，您说的需要加周期性边界，要取足够大的晶格参数来模拟非周期边界。是说要给 ...

这个是基组和算法决定的，实际用的还是平面波基组（MS的help有ONETEP的background可以看看），周期性边界就被强制隐含于其中。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-5 09:11

卡开发发发表于 2022-3-4 22:38
这个是基组和算法决定的，实际用的还是平面波基组（MS的help有ONETEP的background可以看看），周期性边界 ...

好的感谢我去看看

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-5 16:35

卡开发发发表于 2022-3-4 22:38
这个是基组和算法决定的，实际用的还是平面波基组（MS的help有ONETEP的background可以看看），周期性边界 ...

您好我想到一个问题想再请教一下，我想探究的是催化剂团簇尺寸的敏感性，所以要建立不同尺寸的团簇来考察，由于每个团簇所含原子数较多，所以想在ONETEP这个模块里进行计算，您之前说要对团簇加周期性边界条件才能在ONETEP模块里来计算，请问如果我加上周期性边界条件以后，所建立几个模型还与尺寸有关吗，这个是不是就变成周期性结构了还能考察尺寸敏感性吗？我不太懂，想请教一下，多谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-5 18:05

南晓发表于 2022-3-5 16:35
您好我想到一个问题想再请教一下，我想探究的是催化剂团簇尺寸的敏感性，所以要建立不同尺寸的团簇来考察 ...

当周期边界趋近无穷大就退化到非周期边界了，所以上面强调是模拟非周期边界。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-5 20:07

卡开发发发表于 2022-3-5 18:05
当周期边界趋近无穷大就退化到非周期边界了，所以上面强调是模拟非周期边界。

请问这个意思是说我先建立周期性结构然后对这个周期性结构模拟非周期边界，请问是这样吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-5 21:59

南晓发表于 2022-3-5 20:07
请问这个意思是说我先建立周期性结构然后对这个周期性结构模拟非周期边界，请问是这样吗

建模的时候就要考虑周期性边界，但是当周期性边界的晶格参数足够大的时候可以近似认为结果与非周期性的边界差异不大。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-6 15:24

卡开发发发表于 2022-3-5 21:59
建模的时候就要考虑周期性边界，但是当周期性边界的晶格参数足够大的时候可以近似认为结果与非周期性的边 ...

好的谢谢请问我可以用这种方法建立不同尺寸的团簇吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-6 21:51

南晓发表于 2022-3-6 15:24
好的谢谢请问我可以用这种方法建立不同尺寸的团簇吗

可以，给足够大的晶格就行，但多大算足够就得测试一下才行。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-7 10:22

卡开发发发表于 2022-3-6 21:51
可以，给足够大的晶格就行，但多大算足够就得测试一下才行。

好的感谢我再去研究研究

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-9 19:05

卡开发发发表于 2022-3-6 21:51
可以，给足够大的晶格就行，但多大算足够就得测试一下才行。

您好我还是不太懂，我导入的金属硫化物晶体的晶格常数是确定的，可以大幅度修改晶格吗，如果我通过修改晶格常数来去建立不同尺寸的团簇的话，那么不同尺寸的团簇还是同一种物质吗，我太菜了，还请您多指教，感谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-9 19:49

南晓发表于 2022-3-9 19:05
您好我还是不太懂，我导入的金属硫化物晶体的晶格常数是确定的，可以大幅度修改晶格吗，如果我通过修改晶 ...

那换个可以理解操作的方式做说明好了。你先把团簇当做没有周期性的情况进行建模，然后最终给这个团簇加一个足够大的盒子就行了。团簇的尺寸决定了盒子大小（因为要保证盒子足够大），而不是反过来。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-9 20:17

卡开发发发表于 2022-3-9 19:49
那换个可以理解操作的方式做说明好了。你先把团簇当做没有周期性的情况进行建模，然后最终给这个团簇加一 ...

我明白了！感谢！

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-28 15:56

卡开发发发表于 2022-3-9 19:49
那换个可以理解操作的方式做说明好了。你先把团簇当做没有周期性的情况进行建模，然后最终给这个团簇加一 ...

您好老师，
1.给团簇加一个足够大的盒子，这个盒子的尺寸是不是只要比团簇大就可以，盒子的尺寸还需要做测试吗，
2.给团簇加完盒子成为周期性结构后还要加真空层吗
谢谢老师指导

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-4-28 16:48

南晓发表于 2022-4-28 15:56
您好老师，
1.给团簇加一个足够大的盒子，这个盒子的尺寸是不是只要比团簇大就可以，盒子的尺寸还需要做 ...

1、盒子尺寸尽可能做测试。
2、盒子周围空的部分本来就可以认为是真空区域，真空层的层指的是表面体系的情况。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-28 16:54

卡开发发发表于 2022-4-28 16:48
1、盒子尺寸尽可能做测试。
2、盒子周围空的部分本来就可以认为是真空区域，真空层的层指的是表面体系的 ...

谢谢老师

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