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标题: 关于使用mdp中deform参数进行聚合物盒子压缩的问题 [打印本页]

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光荣道彭于晏    时间: 2022-3-4 21:35
标题: 关于使用mdp中deform参数进行聚合物盒子压缩的问题
本帖最后由 光荣道彭于晏 于 2022-3-4 21:37 编辑

我尝试通过mdp中的deform参数模拟盒子在常温常压下的压缩/拉伸过程,但是对具体如何设置参数并不清楚。通过谷歌找到了有人在GROMACS论坛发的帖子,帖子里面应该是官方人员的回复。帖子内容如下:(Uniaxial deformation of polymer and stress calculation
alevilla:If you want to deform in x axis, you can use the option “deform” in combination with pressure coupling semiisotropic in place of anisotropic and compressibility 0. in x and y direction.
D_C:2. If you want to perform uniaxial extension (or compression), you will only want deformation in the direction of strain, thus only the x component should be defined, and all others zero. I’d implore you to play around with changing a(x) … c(y) to see what they do to your system. Should only take a few minutes and will give you a strong understanding of what’s actually happening.
3. If you are performing uniaxial extension in the x-direction, then you should be looking into the Pxx component of your stress tensor. The stress in the x-direction, Sx, would be calculated as Sx=-Pxx, per Lyulin, et al. 11 It is worth noting there are other ways to calculate this.
4. If you consider what 1E-2 nm/ps would look like in a real world experiment, you’ll quickly realize that this is a ludicrous speed 6 value. Given many tensile tests are performed at cm/min, a more appropriate value may be ~1E-7 nm/ps. This would clearly require quite long simulation times.
根据以上内容,将参数设置为:Pcoupl= parrinello-rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5
deform = -0.04 0 0 0 0 0
并进行100ps的模拟,发现盒子在x轴方向被压缩,同时y轴的宽度不变,z轴被“拉长”,如图1.
而对于单纯在x轴方向的压缩,上述这种设置方式显然是不符合要求的,y轴方向和z轴方向应该同时有变化,同时希望保持矩形盒子形状。根据帖子内容,将参数设置为:
Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = anisotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 0 0 0 0 0
deform = -0.04 0 0 0 0 0
但是,grompp会报错:“All off-diagonal reference pressures are non-zero. Are you sure you want to apply a threefold shear stress?”和“A box element has deform set and compressibility > 0”,无法生成tpr文件。
我的问题是,对于一个单纯的x轴压缩过程(常温常压),应该如何设置控压参数和deform参数?
谢谢各位老师!!


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光荣道彭于晏    时间: 2022-3-5 10:23
本帖最后由 光荣道彭于晏 于 2022-3-5 10:26 编辑

我改了一下参数,重新模拟了一下,应该是解决了这个问题。Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = anisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5
deform       = -0.04 0 0 0 0 0

grompp会提醒“All off-diagonal reference pressures are non-zero. Are you sure you want to apply a threefold shear stress?”,使用-maxwarn 1忽略该warning。



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chema    时间: 2022-7-12 20:56
本帖最后由 chema 于 2022-7-12 21:03 编辑
光荣道彭于晏 发表于 2022-3-5 10:23
我改了一下参数,重新模拟了一下,应该是解决了这个问题。Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = anisotrop ...

老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您一样在X方向进行单轴拉伸)


作者
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光荣道彭于晏    时间: 2022-7-19 19:31
chema 发表于 2022-7-12 20:56
老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您 ...

pres应该是体系的压力
作者
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搬砖小青年    时间: 2023-10-18 20:13
chema 发表于 2022-7-12 20:56
老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您 ...

大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢
作者
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webridging    时间: 2023-12-2 17:24
搬砖小青年 发表于 2023-10-18 20:13
大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢

有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧
作者
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搬砖小青年    时间: 2023-12-16 12:15
webridging 发表于 2023-12-2 17:24
有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧

谢谢您,再请教您一下,导出的数据,在应变为0时,应力有很大的数值,处理数据时,应该将此处的值给减去。
作者
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herbrex    时间: 2024-3-4 15:37
webridging 发表于 2023-12-2 17:24
有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧

您好 请问如何分析这种方法的受力?您说的文章能分享一下吗?
作者
Author:
herbrex    时间: 2024-3-4 15:38
搬砖小青年 发表于 2023-10-18 20:13
大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢

您好 请问您解决了吗?如何分析这种拉伸过程中体系的受力呢?
作者
Author:
webridging    时间: 2024-5-1 18:05
herbrex 发表于 2024-3-4 15:37
您好 请问如何分析这种方法的受力?您说的文章能分享一下吗?

比如这个DOI: 10.1021/acsapm.2c01681
有用第二强度理论的,上面的
有用冯米塞斯的,也就是第四强度理论的
还有用偏移应力的,刨除静水压,目前见过这几种算法。这个可能要看编辑喜欢哪款吧,投其所好?根据经验几百兆帕以上的东西,直接简单粗暴σzz=-Pzz也是有人用的,比如https://doi.org/10.3390/ nano12193379。这玩意就好比虎克说他的公式算弹簧拉力好,那你用就是了。只要说的自己信就行了
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巴普洛夫的狗    时间: 2024-9-19 17:11
你好,请问我可以看一下您的mdp文件如何设置的么
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Author:
tangwenke    时间: 6 day ago
你好  我根据你的也是用deform做的拉伸能帮我看下  为什么我算的应力是负值吗  谢谢




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