计算化学公社

标题: 结合gentor利用schrodinger python api进行快速二维二面角扫描 [打印本页]

作者
Author: wangzhehyd 时间: 2022-3-5 17:10
标题: 结合gentor利用schrodinger python api进行快速二维二面角扫描
本帖最后由 wangzhehyd 于 2022-3-5 19:50 编辑

演示分子为ACE-ALA-NME.xyz，结构如下图所示
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

ln -s ACE-ALA-NME.xyz mol.xyz

gentor.ini 设置如下
2-1
e5
2-3
e5

./gentor

5184 conformations were originally generated
89 conformations did not pass check
Successfully generated 5095 conformations have been exported to traj.xyz in current folder

在生成的traj.xyz文件中包含了5095个有效构象

用openbabel将xyz格式转为sdf格式，以便schrodinger能识别
obabel -ixyz traj.xyz -osdf -O traj.sdf

基于schrodinger python api进行目标二面角限制的分子力学结构优化后，并在OPLS4力场下计算构象能量
run opls_energy.py traj.sdf

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

生成traj_opls_energy.sdf文件，其中包含了优化后的构象结构，当前构象的能量以及对应的两个二面角值。
可从sdf中提取能量和二面角数据用于作图。也可以去掉opls_energy.py中第10和29两行的注释，在运行是直接打印能量和二面角数据，将其重定向到一个文件，比如run opls_energy.py traj.sdf > data.csv。

最后用plotly作图三维图
python plotly_surface.py data.csv
生成plotly_surface.html，用浏览器打开可以动态查看。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: greatzdk 时间: 2022-3-7 09:58
为什么3D图中有一片缺口？是没扫到吗？
为什么用schrodinger的opls4？gromacs可以用opls4嘛？

作者
Author: wangzhehyd 时间: 2022-3-7 14:00

greatzdk 发表于 2022-3-7 09:58
为什么3D图中有一片缺口？是没扫到吗？
为什么用schrodinger的opls4？gromacs可以用opls4嘛？

缺口是gentor生成初始构象的时候排除一部分不合理构象导致的
opls4加密的，其他程序应该用不了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)