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标题: Molclus 1.9.9.9发布，支持了更精细的被计算结构筛选控制 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-6 01:03
标题: Molclus 1.9.9.9发布，支持了更精细的被计算结构筛选控制
分子构象和团簇构型搜索程序Molclus 1.9.9.9版发布。为满足用户的需求，做了以下更新：

Molclus判断traj.xyz中要忽略的结构时支持了对原子间距离更精细的控制。在settings.ini里若将distmax设为0，molclus启动后就会从当前目录下的distrange.txt里读取设置，其中每一行的格式为：原子组1序号原子组2序号最近距离最远距离，距离单位为埃，写的时候注意格式，四个部分间要有空格。例如，若此文件内容为1,3-5 2,8 2.5 10.2，就代表1,3,4,5和2,8这两批原子间最小距离必须大于2.5埃，最大距离不能超过10.2埃，如果traj.xyz里某结构违背了这个条件，则这个结构就会被跳过而不计算。distrange.txt里可以设多行，同时满足所有条件的结构才被计算。

新版本现已可以在molclus主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html下载

作者
Author: philartist 时间: 2022-3-19 13:15
请问卢老师是否会在未来支持设置元素间距离的功能？
比如，假设我希望搜索C20团簇，这里面只有C元素，如果能让C元素之间键长最小不小于1.0埃，最大不大于10.0埃，这样就只需要设置一个变量就可以了
对于一些二元的体系，如果能支持对通过元素来设定键长的最大值和最小值，也只需要设定少数几个变量就可以了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-20 14:19

philartist 发表于 2022-3-19 13:15
请问卢老师是否会在未来支持设置元素间距离的功能？
比如，假设我希望搜索C20团簇，这里面只有C元素，如果 ...

C20这种情况没必要设最小距离，genmer产生的结构不可能有小于1埃的，而且光靠distmax就足矣控制最大原子对距离

通过distrange.txt可以直接实现自由地定义原子间最小和最大距离矩阵，根据实际情况定义就完了

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 22:02
Sober老师，我可以不管distmax这一项吗？我看您的settings.ini中distmax的默认值是999，我可以不去改动它吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-6 05:13

ReviewReview 发表于 2022-6-5 22:02
Sober老师，我可以不管distmax这一项吗？我看您的settings.ini中distmax的默认值是999，我可以不去改动它吗 ...

理解了选项的含义自然就知道怎么用、怎么改
没有特殊需要就不用改它

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-6 09:12

sobereva 发表于 2022-6-6 05:13
理解了选项的含义自然就知道怎么用、怎么改
没有特殊需要就不用改它

嗯嗯，谢谢老师。

作者
Author: PESPES 时间: 2022-6-7 22:27
老师，对于HO-+CH3CH2Cl 使用b3lyp/aug-cc-pVDZ em=gd3做构型搜索，用genmer生成初始构型10个，优化结束时，有一个构型变成CH3CH2OH+Cl-，类似发生了反应，这个构型不是我想要的，可以不考虑么，另外如果有的构型优化不成功，这样的该如何解决？可以不考虑这些失败的和不符合要求的构型，只对优化出来的构型用iso stat归簇可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-9 07:30

PESPES 发表于 2022-6-7 22:27
老师，对于HO-+CH3CH2Cl 使用b3lyp/aug-cc-pVDZ em=gd3做构型搜索，用genmer生成初始构型10个，优化结束时 ...

可以

直接跳过去。或者结合template2.gjf，此贴说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

可以

作者
Author: zdworld 时间: 2024-6-26 23:11
molclus主页无法登录了？显示Not Found
The requested URL /research/molclus.html was not found on this server.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-27 02:53

zdworld 发表于 2024-6-26 23:11
molclus主页无法登录了？显示Not Found
The requested URL /research/molclus.html was not found on this ...

怀疑是你的网址输错了
http://www.keinsci.com/research/molclus.html访问没有任何问题

作者
Author: zdworld 时间: 2024-6-27 11:37

sobereva 发表于 2024-6-27 02:53
怀疑是你的网址输错了
http://www.keinsci.com/research/molclus.html访问没有任何问题

感谢回复，发现是移动端edge的跟踪防护断开了连接，并不是站点问题，pc端没有问题。

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