计算化学公社

标题: 请问pis4运行时，报错内存不足该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-7 09:10
标题: 请问pis4运行时，报错内存不足该怎么解决？
所用计算级别是SAPT2+/aug-cc-pVDZ

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-7 11:51
（1）合理指定内存，机器剩余内存全用上；还不够就买内存条。
（2）换个能量分解方法（例如GKS-EDA）。
（3）降为sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-7 14:50
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-3-7 18:55 编辑

用sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）的话还是报错

请问指定内存是怎么操作的？是直接把psi4开头的内存改掉吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-7 15:00
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-3-7 15:05 编辑

wangxiaofeng 发表于 2022-3-7 14:50
用sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）的话还是报错

请问指定内存是怎么操作的？

这张图里的报错不是内存不足，是jun-cc-pVDZ基组对Ni元素没有定义。
是的。

作者
Author: snljty 时间: 2022-3-7 15:20
顺便你把软件名拼错了，是PSI4不是PIS4.

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-7 18:54

snljty 发表于 2022-3-7 15:20
顺便你把软件名拼错了，是PSI4不是PIS4.

好的，谢谢！已改正本来是报内存不足用了 sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）之后又报了对镍没有定义

但是我把内存改小了之后还是报错，不太明白是什么意思？请问这个该怎么解决？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-7 19:13

wangxiaofeng 发表于 2022-3-7 18:54
好的，谢谢！已改正本来是报内存不足用了 sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）之后又报了对镍没有定义

但 ...

SAPT2+/aug-cc-pVDZ 4GB内存不足的话，你应该增大输入文件里的内存，你把内存改小了做啥？

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-7 20:01
我以为是主机内存不足，所以把输入文件的内存改小了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-7 20:08

wangxiaofeng 发表于 2022-3-7 20:01
我以为是主机内存不足，所以把输入文件的内存改小了

机器内存有多少是可以查的，不要自己猜。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-8 09:05
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-3-14 10:36 编辑

您好！输入文件里面的内存增大后，还是显示内存不足。请问用sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）级别能不能另外对镍定义？该怎么定义？

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-14 10:44

zjxitcc 发表于 2022-3-7 20:08
机器内存有多少是可以查的，不要自己猜。

您好！我已经调用了机器的最大内存还是报内存不足，请问Pis4可以调用像b3lyp/6-311g**这样的基组吗？
还有您上次说可以做GKS-EDA，我没搜索到相关博文，请问这种能量分解方法也可以用PIS4做吗？可以麻烦您将相关博文的链接发给我吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-14 19:50
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-3 20:12 编辑

wangxiaofeng 发表于 2022-3-14 10:44
您好！我已经调用了机器的最大内存还是报内存不足，请问Pis4可以调用像b3lyp/6-311g**这样的基组吗？
还 ...

是PSI4，不是PIS4。PSI4程序里没有GKS-EDA方法。

目前做GKS-EDA的步骤（可能过几年会不一样，我不是GKS-EDA开发者，没法实时跟踪）：
Step 1. 发邮件向苏培峰老师（supi@xmu.edu.cn）索要程序。
Step 2. 写GKS-EDA输入文件，提交计算。GKS-EDA有几页的手册，按那个自学。如果你学不会，或学会了但计算中碰到SCF不收敛等问题，或者嫌GAMESS算得慢，可以用我开发的frag_guess_wfn小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）自动调用高斯做DFT计算且生成GKS-EDA输入文件。
Step 3. 分析结果（看苏培峰发过的文章怎么讨论的）。

2022年补：现在GKS-EDA步骤是先下载官方GAMESS，然后到XMVB官方注册、申请和下载xeda-patch，在本地运行xeda-patch（实际上应该就是修改GAMESS源码），然后编译GAMESS。不像以前是苏老师发给你一个压缩包解压即用了。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-14 21:21

zjxitcc 发表于 2022-3-14 19:50
是PSI4，不是PIS4。PSI4程序里没有GKS-EDA方法。

目前做GKS-EDA的步骤（可能过几年会不一样，我不是GK ...

好的，谢谢您！

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-15 15:11

zjxitcc 发表于 2022-3-14 19:50
是PSI4，不是PIS4。PSI4程序里没有GKS-EDA方法。

目前做GKS-EDA的步骤（可能过几年会不一样，我不是GK ...

老师，您好！最后请教您几个问题：
1、在算电子能时所用的方法基组是赝势基组镍用的是sdd 其他原子用的是6-311g**，如果在PSI4中用sSAPT0/jun-cc-pVDZ（铜）基组做能量分解，结果是否有意义？
2、我的体系有110个原子，分别为C，H，O，N，P，S，Ni，这个体系是不是需要100GB的内存，还是我调用内存没成功？
3、看到博文中能够调用def2-TZVPP基组，但没说具体怎么调用的，我是否可以调用赝势基组，这样所需要的内存是不是就不那么大？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-15 15:33

wangxiaofeng 发表于 2022-3-15 15:11
老师，您好！最后请教您几个问题：
1、在算电子能时所用的方法基组是赝势基组镍用的是sdd 其他原子用 ...

1. 有意义，但意义不大。铜级别是比较粗糙的，如果计算结果较为难看，不要去强行解释，也不要当成金标准让其他讨论都以sSAPT0/jun-cc-pVDZ为准。如果恰好结果不错，趋势符合预期，就说还行，不要说成非常好。
2. 不知道，我没有PSI4内存计算器，也不是PSI4开发者。但我猜内存>200G应该是比较合适的。
3. def2-TZVPP比jun-cc-pVDZ基函数多，二者对Ni都是全电子基组，没有赝势。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-16 09:15

zjxitcc 发表于 2022-3-15 15:33
1. 有意义，但意义不大。铜级别是比较粗糙的，如果计算结果较为难看，不要去强行解释，也不要当成金标准 ...

好的，明白了，谢谢老师答疑！

作者
Author: 天南海北 时间: 2022-4-2 22:06
我也是用的SAPT2+/aug-cc-pVDZ，内存不够，请问这个可以续算么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 02:14

天南海北发表于 2022-4-2 22:06
我也是用的SAPT2+/aug-cc-pVDZ，内存不够，请问这个可以续算么？

应该不能
这个级别搞不了的话可以尝试用DFT(SAPT)

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