公社群聊Q&A整理：2016.03.04 21 ~ 2016.03.09 17 - 计算化学公社

2016.03.04 21:58:41
Q:
l9999一般不算是错误?
[表情]
嗯
辅酶A可以活化分子，我发现，并不是CoA-S- 中的S硫原子能够单独活化分子的。
还需要别的原子的配合。
pm6算原子电荷准不准？
[图片]
已知，羰基C带正电，请问，在红色括号内，添加什么样的小分子，可以使羰基C更正（电）一些？
[图片]
已知，羰基C带正电，请问，在红色括号内，添加什么样的小分子，可以使羰基C更正（电）一些？
A:
没法这么说。原子电荷本身不是可观测量，不同原子电荷计算方法擅长的地方也不同。没法说PM6电荷，只能说PM6级别下的某种电荷是否适合某些问题的讨论。
Q:
[图片]
[图片]
我需要计算电荷分布第一张是方法第二张图片是我要的ESP电荷吗
A:
是
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2016.03.04 22:05:32
Q:
老师：我在用multiwfn画密度差分图时我的分子怎么变成这样了[图片]
0.005
刚才设了1
还是这样
哦
我选了0.005，1, 0.05
那我看看我的有没有问题
A:
8成是你激发态计算时候和基态计算时候用的坐标不一样。必须一样才有意义
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2016.03.04 22:05:32
Q:
请问老师，这个spike能表示有弱相互作用吗[图片]
如果有弱相互作用，他的强度是由它延伸下来的坐标决定的吗
A:
延伸下来才能说有弱相互作用，强度由spike偏离横坐标0点的程度来决定（偏离越大，电子密度越大，作用越强）
Q:
谢谢老师，也就是说没有延伸下来就没有弱相互作用吗
那弱相互作用强度与形成的截面大小有关吗，还是只跟颜色有关
A:
不一定必须延伸到底，但必须与底部接近
Q:
嗯嗯
[图片]
老师，我还想问颜色代表弱相互作用类型，强弱与形成的这个截面大小有关，对吗
A:
颜色和截面大小都考察。
颜色同样的情况下，截面越大作用越强
Q:
那优先考虑哪一个呢
A:
具体问题具体分析
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2016.03.04 22:07:33
Q:
请问sob老师，利用Multiwfn画DOS图的时候，界面里面最多分成2个片段，请问能多分几个吗?
A:
用Multiwfn最新版本，早就能定义N多个片段了
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2016.03.04 22:08:35
Q:
[图片]
请问有没有哪位用过这个基组，能否告知基组特点以及在高斯里的使用方法
A:
B97D是泛函，带D2色散校正。不过如今没什么人用了，因为D3早火了。SDD+f(Au)是给Au用SDD赝势基组，但增加了额外的f极化函数。
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2016.03.04 22:09:44
Q:
分子轨道轮廓图的isovalue的单位是什么？
一般isovalue选5×10-4
一般分子轨道的isovalue选0.02就差不多了，而电子密度差的必然更小
A:
轨道波函数isovalue不用写单位
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2016.03.04 23:28:47
Q:
树老师头像是ELF么？
A:
这是苯的第7、14号MO对应的ELF
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2016.03.04 23:43:49
Q:
sob老师，这次5月基础量子化学培训班和去年8月的培训内容是差不多的吗，gromacs也改到七月的呀，时间有没有可能挨着呢？@Sobereva
A:
时间上，去年8月是3天，这次是5天，显然讲得东西多得多。
幻灯片上，第一届是800多页，去年8月是1200多页（有不少内容学员自己看，没时间讲），这次是1600页左右，扩充了不少（细讲得讲一个礼拜，所以不是重点、小众向的还是一带而过，自己看讲义就行）
不打算和gromacs版挨着了，原因有：
1 为保证最高质量，需要有更多时间准备得更充分
2 基础量化5天，再加上中间隔一天，再加上gmx的4天，全参加需要10天，估计很少有人能有时间连着上
3 内容不是一类的，连着也没必要
Q:
sob老师，请问gromacs是啥时候啊？
A:
预计7月
Q:
请尽量安排在上旬，中下旬有其他安排
A:
科音官网上有预告
[图片]
每个人各自有时间安排，没法照顾所有参加者的时间
一次赶不上可以等下次
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2016.03.04 23:48:27
Q:
在你的论文“分子轨道成分的计算”中有如下一段[图片]，我现在通过NBO6获得其密度矩阵了，但如何进行[图片]？
A:
这根NBO没关系。
这里说的P是量化程序直接给出来的密度矩阵
Q:
那怎么通过密度矩阵计算旋转后的密度矩阵呢？是否有相应的程序？
A:
没有现成的程序。X需要根据旋转的角度来确定，更多的讨论参看
International Journal of Quantum Chemistry, Vol 106, 2065–2072 (2006)
Chemical Physics Letters 393 (2004) 209–212
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2016.03.05 08:45:21
Q:
sob老师，去年参加过培训班的，今年因为时间的原因不能参加了，能不能买本新讲义
A:
私聊
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2016.03.05 09:10:20
Q:
[图片][图片]
跟大神们请教一下，审稿人是让给这个图做什么
A:
你得把轨道等值面数值标上。坐标轴没意义。横杠位置、以及箭头代表什么意思要说清楚
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2016.03.05 09:35:26
Q:
问题求教：在Gview里输入chkpoint:[图片],文件名之后，优化完后在Gaussian里调用输入%chk=同名文件，可以吗？以下是报错信息，Structure from the checkpoint file: "sideroidide_CS_1_opt.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20997 Len= 10 IPos= 0 Q= 53997532
dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 14 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 622080 FType=2 FMxFil=10000
Number 0 501 502 598 989 991
Base 96256 23552 41472 44032 24576 37888
End 622080 24552 43525 44033 37076 41169
End1 622080 24576 44032 44544 37376 41472
Wr Pntr 96256 23552 41524 44032 24576 37888
Rd Pntr 96256 23552 41472 44032 24576 41169
Length 525824 1000 2053 1 12500 3281
Number 992 993 994 995 996 997
Base 37376 23040 20480 22528 21504 22016
End 37381 23140 20510 22538 21604 22072
End1 37888 23552 20992 23040 22016 22528
Wr Pntr 37376 23040 20480 22528 21504 22016
Rd Pntr 37381 23140 20510 22538 21604 22072
Length 5 100 30 10 100 56
Number 998 999
Base 20992 44544
End 21192 95796
End1 21504 96256
Wr Pntr 20992 44544
Rd Pntr 21192 45796
Length 200 51252
dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 1 SizExt = 0 WInBlk = 512
defal = F LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
A:
字号最大不得超过12号，群规写明了
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2016.03.05 09:53:05
Q:
以阳离子和阴离子为标准面做电子密度差图，有具体的指导步骤吗，用的是什么软件啊
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
我按照【5 绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图】的流程走了一遍，得到的是一个密度差图，而文献上说有以阴离子、阳离子为标准平面做图，得俩图，我的困惑在这
A:
怎么可能得俩图，要先搞清楚原理
密度差就一个，即整体密度减片段的密度，顶多是作图时候作不同的平面的
Q:
对，就是这个意思，我描述的不太清楚，请指教下怎么得到的啊
A:
就是按博文里的做法得到
Q:
谢谢指教，还想请教下整体减片段的静电势图在Gaussview中如何得到啊
A:
gview没法得到，同样是用Multiwfn
Multiwfn可以对任何实空间函数绘制差值图。
gview仅仅是个显示工具，没有求差的功能
Q:
明白了
博文中哪处有这方面的具体描述吗
A:
绘图过程和作密度差图一模一样，只不过选择绘图函数的时候不选择电子密度，而选择静电势
Q:
懂了，大神啊
我还有个问题，利用Multiwfn做AIM拓扑分析时我做出了键临界点图，电子密度差与拉普拉斯的数值我从哪处获取啊
A:
如果就想知道BCP位置上密度差数值，把相应BCP的坐标记录下来，对整体和每个片段，在主功能1里面输入那个坐标，得到各自的密度，手动求差就完了
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
[图片]
密度差跟AIM分析没直接关系
Q:
明白，非常感谢
电子密度的梯度矢量指的是RDG值吗
A:
不是。RDG是约化电子密度梯度矢量的模
Multiwfn直接输出了密度的梯度矢量，在靠后的位置
Q:
老师，请问一下Multiwfn程序做弱相互作用分析时用的fchk文件中的哪部分数据生成3D图和散点图的？
A:
用fch里基组定义以及轨道系数，来求电子密度和导数，从而产生RDG分析需要的格点数据
Q:
请问老师，这两个图能说明对应的弱相互作用的强弱吗 [图片][图片]
A:
结合填色等值面图看，别光看散点图
Q:
请问老师，RDG图散点图最左边的竖条越长颜色越深说明相互作用越强吗？还是从竖条到最右边之间的分支越多，作用力越强？
A:
跟spike长短没关系
结合等值面图考察，别光看散点图
Q:
老师，0.5的等值面是[图片]，相对应的散点图是[图片]，请问老师，这该如何分析？从哪里入手，并且将两个图结合说明弱相互作用的强弱呢？
A:
直接看手册4.100.1节的例子，作填色等值面图。
Q:
请问老师，我作的[图片]图，是这样的[图片]，和博文里提到的很不一样，请问是什么问题呢
A:
你作的是散点图，不是填色等值面图
Q:
对应的是这个[图片]
博文里的是类似这样的散点图[图片]，我的问题是，为什么我画的不一样，是我的有错误吗
A:
settings.ini里RDG_maxrho还原成默认值重算
Q:
好的我试试谢谢老师
请问老师，改了时候是这样的[图片]，如何分析呢
A:
我总是强调结合等值面图看，别光看散点图
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2016.03.05 09:53:15
Q:
老师非均相催化反应可以用高斯进行量化计算吗？
A:
可
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2016.03.05 15:47:39
Q:
我的情况Norm of gradient is: 0.1685884264E-16这个数值是吗
A:
这是电子密度的梯度矢量的模
[图片]
上头有提示是对电子密度的，
[图片]
显然下面输出的梯度就是电子密度的梯度
Q:
我这给的参考值有▽ρ(r)/a.u.=0.0187和 0.0139，他们是Norm of gradient的值换算得来的吗
A:
换算什么？
应当搞懂原理，手册2.6节有公式
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2016.03.05 17:27:56
Q:
sob老师，如果实验中得到了红外光谱，理论中有什么方法能够快速的确定这个光谱所对应的构型呢？
A:
各种构型都理论计算红外光谱，看哪种构型的结果和实验谱最接近。
Q:
请问老师，multiwfn做红外光谱，查看波峰输入16的时候出来极大点，极小点，那个极小点有什么用嘛？@Sobereva
A:
极小点没什么用
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2016.03.06 09:31:03
Q:
[图片]老师我IRC跑25个点，结果才跑了3个点就显示正常结束了
A:
[图片]
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2016.03.06 10:46:48
Q:
代问：请问Gaussian计算的时候，能够让它保持input file的coordinates, 而不转到principal axes么？因为需要对称性，所以除了nosymm。谢谢!
A:
必须用nosymm。调整到标准朝向后程序才能利用对称性，所以并不是无故地调整朝向
Q:
没有iop做这个的? 要不能不能先把分子摆好了?
A:
可以先摆到标准朝向下，这样计算过程中就不会旋转了
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Q:
蓝线是单重态红线是三重态，那个三重态应该是振动分辨吧
A:
[图片]
文章要看完整
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2016.03.06 12:43:32
Q:
各位，DFT计算量子化学反应机理，属于动力学计算吗？主要计算反应的过渡态等
A:
不算
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2016.03.07 02:13:16
Q:
#p td=(singlets,root=1) rcam-b3lyp/6-311+g(d,p)
scrf=(cpcm,solvent=methanol) guess=(mix,save) geom=connectivity out=wfn
打扰了，我想做激发态和基态的密度差分图，可以高斯总是报错，请问是什么原因呢
我是用自己电脑算的，没有用服务器，也没有提示是哪一种错误就中断了。
嗯嗯，谢谢，我刚才着急没查，好像有说是内存不足，我换大内存试试
A:
你就写cam-b3lyp/6-311G* td scrf=solvent=methanol看能否算完
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2016.03.07 02:13:40
Q:
求指教，CH4 6-31(d,p)
[图片]
后面这个cartesian basis functions怎么算的[表情]
cartesian basis functions与basis function有时等有时不等
怎么回事
譬如CH4 6-311++(d,p)
[图片]
A:
看此文
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
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2016.03.07 02:28:53
Q:
对于同一个分子 HOMO_LUMO gap 和 E（opt）有必然大小关系吗？比如gap一定比光学带隙要大？
A:
不考虑激子结合能时，激发能就是HOMO-LUMO gap。一般激子结合能为负，相应地E(opt)比HOMO-LUMO gap要小
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2016.03.07 02:28:53
Q:
老师，如果Multiwfn不能画一个log文件的拉曼光谱，就说明计算的不对是吗？
老师，可以在log文件里找到拉曼活性，用文本文件画吗
A:
看具体情况，可能输出文件有特殊性，或者有其它乱七八糟关键词影响Multiwfn解析。当然你自己从输出文件里提取振动频率和拉曼活性写成Multiwfn支持的文本格式作为输入文件也可以画。
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2016.03.07 02:28:53
Q:
请问，DFT是算size consistentency还是size extendency ? 这两个有什么区别吗？
GGA是size consistent的
GGA泛函
Ref Levine, P571
Size extensive 就是你在体系里放两个（n个）无穷远的“分子”A和B，分别算A和B，和把A-B放在一个文件里算，最后E(A+B) = E(A) + E(B)
Size consistent 不止要求其在无穷远成立，对某个由两部分A+B组成的分子AB，在任何的geometry都要成立。
[size extensive] ⊆ [size consistent]
完美！谢谢解答
A:
一般不做区分。算
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2016.03.07 02:28:53
Q:
请问现在NBO 到了6.0了吗？
请问Gen NBO中的Gen是什么意思呢？
A:
gen=general。gennbo可以独立运行
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2016.03.07 02:28:53
Q:
在看书，问个量化的基本问题，请老师们指教~
对于闭壳层有机分子的两个简并轨道或接近简并的轨道，不涉及断键的情况下，静态相关重要吗？
谢谢，具体的我还真不清楚，刚看到这个问题。看Lewars的书，只讲静态相关[图片]，类似于断键的情况，HF方法描述不了HOMO和LUMO的差异。
假如有两个占据轨道的能量简并，那静态相关如何呢？
A:
键的断裂用UHF就能定性描述，没必要拘泥于描述不了它的RHF
占据轨道简并不简并和静态相关没有直接联系，看的是HOMO与LUMO间gap的大小
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2016.03.07 02:28:53
Q:
请问ORCA与高斯程序有什么区别
到了我都写的循环400
对于稳定都行，继续循环可以正常终止但是对于过渡态，有高斯优化后，过渡态的构型就变了
我用的高斯，只是我的体系是从文献上找的文献上说这个体系是用ORCA程序
我不用ORCA，所以不知道
A:
http://bbs.keinsci.com/thread-1558-1-1.html
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2016.03.07 02:29:46
Q:
[图片]
我现在生成整个MD的tpr文件时候就出现这个错
我记得rlist一般取1.0或者1.2
求解谢谢
[图片]有遇到过这个问题的吗
A:
初始结构不合理或计算设定不合理
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2016.03.07 15:21:28
Q:
先解决一个常识问题，先说F轨道
[图片]
与[图片]
中F轨道都是7个函数，是不是[表情]
A:
此时每个f基函数壳层包含7个基函数
Q:
这基组后面的括号是想说明轨道用了多少个函数，是不是[表情]
A:
这里说的是壳层，不是轨道
表述应严谨
Q:
不是说5d/7f 6d/10f吗，怎么6d又和7f配上了
[表情]
A:
对不同壳层，可以笛卡尔和球谐型混用
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2016.03.07 16:00:56
Q:
大家好我在计算IRC的时候得到这样的IRC曲线
[图片]
IRC右半部分不平滑，虽然最终走向了生成物。请问这种情况正常吗？
A:
看IRC轨迹，若正常就正常
Q:
谢谢老师是不是说如果IRC轨迹是按照虚频振动的方向移动并两端连接生成物反应物即可？那造成曲线不平滑的原因可能是什么呢？
A:
你这是平滑的
即可
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2016.03.07 20:38:49
Q:
sob老师，请教下高斯oniom计算qm/mm，mm的力场怎么调用gromacs的gromos力场？@Sobereva
A:
高斯MM没法调用gromos力场，除非自己补参数，会很麻烦
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2016.03.07 20:39:03
Q:
老师，请问整体扣除组分的静电势图在Multiwfn中制作时，选择ESP后的操作是选择什么图啊，谢谢！
A:
什么图都行
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2016.03.08 04:23:06
Q:
[图片] 请问老师这个刻度条是怎么画出来的呢
A:
从VMD程序里拷来色彩刻度条ps一下
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2016.03.08 08:24:06
Q:
[图片]请问老师，这个图在Multiwfn软件如何生成的，我大致按照自己理解的意思走了一遍，但最后软件自己无端关闭了，请详细指教下流程
A:
先说明是图是什么含义
如果是密度差图，按此文做法操作
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
自动关闭是因为你输入的命令不对无法识别
Q:
老师您好，我按照您之前提示的博文说明，将两个波函数从当前载入的波函数中减去后，选择了ESP，作图后还是不一样啊，
A:
你这是什么图？
Q:
参考的上届论文，说是电子云密度分布及阴阳离子组合前后的电子密度差图
A:
图中是密度差，你就做密度差，何故做ESP差
Q:
稍前群里的老师给建议的
A:
ESP差和密度差当然不一样
Q:
我明白，就是走到一半软件一直关闭实在弄得人心焦啊
A:
操作不对
Q:
拜托老师了
A:
你得把问题交代清楚
怎么操作的都贴出来
Q:
老师，请问一下，我用fch后缀的整体文件减去chk文件在减去一个fch文件，可以吗，不知道是不是出错在这
老师，我用的fch文件整体扣除阴阳离子的fch文件后，得到下面图，我之后还是选择电子密度函数吗
[图片]
老师，我做出是这样的图，他是不是稍前老师说的以不同平面做标准面得到的密度差图啊
A:
选电子密度
理解不了你第二条消息的意思。作哪个平面的图取决于作图平面你怎么设
Q:
sob老师，我做激发态计算，其中有一个跃迁振子强度f=0.0001，请问这个是不是应该极其弱，用光谱基本测不到呢？
A:
是
Q:
老师，往后的我还是选择2吗
[图片]
A:
是
怎么也得大于0.01
想作什么类型的图就选什么，手册4.4节一堆例子
Q:
手册中我比对后感觉没对应的例子
A:
如果你的目的是做密度差等值面图，看手册4.5.5节，写得很清楚
[图片]
----------------------------------------------------
2016.03.08 15:48:25
Q:
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.11983830D+02
Out-of-memory error in routine FoFDir-SEAll (IEnd= 1 MxCore= -1974194264)
Use %mem=1915MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l914.exe at Tue Mar 08 15:32:05 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 2 minutes 7.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 43 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 1
sob老师，我做激发态计算，出现这个报错，请问是为什么呢
啥？激发态计算要用opt？
不是优化，就是计算激发态
%chk=C:\Users\inet201\Desktop\PDLtd.chk
%nprocshared=4
# pop=full td=(50-50,nstates=15) b3lyp/gen scrf=(solvent=water)
pseudo=read
Title Card Required
2 1
分子笛卡尔坐标
C N H
6-31G*
****
N 0
SP 1 1.00
0.0639000 1.0000000 1.0000000
****
Pd
LanL2DZ
F 1 1.0
3.525D0 1.0D0
****
Pd
LanL2DZ
这是我的输入文件
A:
提示写得很清楚了
Use %mem=1915MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step
Q:
那我改了以后，刚运行到这就报错，是机器内存不够吧？
%mem=1915MW
%chk=C:\Users\inet201\Desktop\PDLtd.chk
%nprocshared=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
----------------------------------------------------------------------
# td=(50-50,nstates=10) b3lyp/gen scrf=(solvent=water) pop=full pseudo
=read
----------------------------------------------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,70=2201,72=1,74=-5/1,2,8,3;
4//1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
8/6=1,10=1,108=10/1;
9/41=10,42=1,48=2/14;
6/7=3/1;
99/5=1,9=1/99;
A:
windows 32bit版高斯没法调用这么大内存，至多能设1.5GB
----------------------------------------------------
----------------------------------------------------
2016.03.09 07:00:22
Q:
请问，Gaussian 的win版本如何进行多不计算？
A:
三种方式：
1 你写windows下的批处理文件，直接通过命令行调用g09，参考
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
2 用g09w界面里utilities-edit batch list设定要计算的列表
3 输入文件里把多个任务用--Link1--分隔
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2016.03.09 07:05:13
Q:
老师：您好！这对亲电袭击（亲核袭击）亲电试剂和亲核试剂的概念有如下理解，不知对否，还望老师指点，谢谢！“判断说这个位点容易发生亲电袭击，说明这个位点有丰富的电子，如果说这种试剂是亲核试剂，也说明这种物质中的某个位点具有丰富的电子，。同理亲电袭击和亲电试剂。”对吗？谢谢！[表情]
A:
吉布斯的矫正能指什么？
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2016.03.09 07:20:37
Q:
记得群里有人说过一个网站，上传分子结构就能给出opls force field的。这个网站地址是什么？多谢
A:
http://erg.biophys.msu.ru/tpp/
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2016.03.09 07:38:33
Q:
请问，激发态计算，homo→lumo跃迁，lumo和lumo+1简并的话，算是多参考态特征强吗？tddft还合适吗？
A:
不算，合适
多参考特征强不强看的是LUMO和HOMO之间的gap
Q:
谢谢~看书是像老师这么讲的。但看到一篇文献讲上述简并的情况”相关强，组态变得复杂”，就这么两句话，该怎样理解呢？还是说他理解错了？
A:
甭管它
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2016.03.09 08:53:59
Q:
老师好，我要计算氮自由基的能量，如何设定关键词才能保证氮自由基是[图片]还是[图片]？
A:
你先算算默认情况，如果和你预期的不符，调整初猜轨道占据方式
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2016.03.09 08:55:00
Q:
请问，为什么使用高斯09单机计算时，设置nproc=4就会算不下去[图片]，但是设置nproc=2,就可以正常计算，以前的时候还好好地
A:
这不是错误提示
对于大体系某些任务，若内存给的少，核数给的多，程序就会自动降低实际使用的核数。因为对很多任务核数越多内存需要量也越大。
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2016.03.09 09:59:56
Q:
[图片] 老师，这两个微扰和MP2有什么区别呢？
A:
就是MP2，区分冻不冻芯而已
Q:
冻芯又是什么意思呢？[表情]有什么区别呢？
没有，我找过了
A:
[图片]
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2016.03.09 10:20:48
Q:
请问各位老师~请问Molekel 4.3怎么导出图片？
A:
直接截图
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2016.03.09 10:44:18
Q:
我用CISD/sto-3g算了单重态的H2，让高斯输出行列式信息[图片]这里I J A B是什么意思呢？
A:
激发走的轨道和被激发到的轨道
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2016.03.09 10:55:22
Q:
sob老师~我发现Molekel 4.3不能读取M062x/aug-cc-pvdz的输出文件，而换成b3lyp/6-31G*就可以，是不是因为当时还软件没有把这个level的方法/基组纳入其中，请问泛函/基组对静电势图像的影响会很大吗？
如果单纯用out文件绘制，读取Mulliken电荷我知道肯定与基组相关性比较大，那么，请问如果通cube文件画的话，效果会不会好一点？
或者，是不是应该尽可能的加大基组，比如提升到6-311G**来更靠近我计算的方法来减少这种误差？
谢谢老师
A:
有一定影响B3LYP就够了，基组用TZVP也足够了，一般6-31G*就够给出定性合理的结果
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2016.03.09 11:14:24
Q:
老师，您好，我用gromacs+Plumed跑Targeted MD出现rmsd计算不出来的情况（输出为-nan ），请问怎么处理？@Sobereva
A:
没试过，先看看轨迹是否合理
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2016.03.09 11:14:24
Q:
[图片]Sob老师，请问这种结构用Gview构建gif文件时，正负离子的距离是如何设置的啊？
A:
无所谓，优化完了会自动调整，你就放到两个SOH3-之间就可以
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2016.03.09 11:14:24
Q:
各位老师能垒超过多少Kj/mol的反应是几乎不能发生的来着？这个数字给忘记了，记得的老师提醒下，这次记下来
A:
这要看温度。一般说室温下<21kcal/mol能反应，但实际上真有这么高势垒反应速率常数会很低
Q:
那么算出来能垒为300KJ/mol的反应还能发生吗
A:
没戏，这都相当于化学键键能了
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2016.03.09 11:16:30
Q:
请问老师一个问题~谢谢[图片]
A:
可以
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2016.03.09 11:37:57
Q:
"Even if we specify %nproc=6, Gaussian can use only 1 core for MM calculations." Is this true?
A:
right
Q:
why？
A:
这部分代码没并行化
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2016.03.09 11:43:11
Q:
vasp 的输出文件可以用 Multiwfn做分子间的弱相互作用图吗
A:
不能
Q:
周期性模型也只能用gausssian 产生cube文件来做相互做图？？
作用图
A:
如果你是指的RDG分析，用promolecular近似的情况下，只要提供结构就能结合VMD绘图
Multiwfn不支持VASP的波函数，但可以用VASP优化的结构得到的pdb/xyz文件作为输入用promolecular近似做RDG分析
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2016.03.09 14:34:20
Q:
老师，请问我gaussian计算输出文件里给出的轨道类型都是A，这结果是不是错的啊？[图片]
闭壳层只写A的话，我该如何判断轨道对称性呢？
是不是还要加pop=full才会显示呀？
轨道对称性不是A1U,Eg,T2g这些么？
A:
没法说结果是错的
如果当前体系没有对称性，或者高斯没判断出来，显然所有轨道都是A不可约表示
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2016.03.09 14:39:03
Q:
[图片]这个系列怎么样
A:
安腾已经逐渐淡出人们视野了
曾经是高大上的东西
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2016.03.09 14:41:56
Q:
我总是觉得，一切人设计出来的东西都有缺陷，我们人类设计出来的CPU最后干掉设计他的大脑，这个实在是无法想像
A:
人脑和电脑各有所长，人脑弱的地方和电脑强的地方比拼没意思，就跟人和汽车比赛跑一样
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2016.03.09 16:18:11
Q:
老师您好，我想请问一下，如果几何结构采用开壳层UB3LYP的方法优化后，在计算激发态的时候这样写可以吗？[图片]是不是就不用考虑singlet和triplet了？
A:
你好是
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2016.03.09 16:26:43
Q:
gromacs在gromos力场下跑出来结果后，然后想在这个基础上进行qm/mm计算，sob老师有啥好的建议哈？@Sobereva看了下有gaussian，gamess，orca和gromacs的联用
A:
问题不够详细。没特别必要别用ONIOM
如果QM和MM区域之间没有键连，你就把MM区域的原子在高斯计算QM区域时用背景电荷表示就完了，很简单，原子电荷可以用CHELPG或ADCH电荷
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2016.03.09 17:02:45
Q:
老师：您好！在CDA计算过程中，在ECDA的输出那，计算结果出现如下情况，请问是怎么回事呢？[图片]
A:
用最新版Multiwfn，如果还这样，可能输入文件有问题
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2016.03.09 17:03:12
Q:
用Gamess-US能量分解用的是FMO的方法么？
A:
用的是morokuma和LMOEDA
Q:
收到，谢谢，SAPT gamess-US还不支持吧？
A:
不支持。GAMESS-US来做SAPT得结合第三方SAPT程序
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2016.03.09 17:03:50
Q:
各位好，请问gamess-us中做能量分解，MP2(full)关键词应该怎么写
A:
你是不会写MP2的LMOEDA输入文件还是不知道怎么不做冻芯？
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2016.03.09 17:03:58
Q:
那mm部分和跑动力学时候的gromos力场就没有关系了吗？
A:
对
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2016.03.09 17:22:39
Q:
[图片] 老师，请问一下做这个有教程吗多谢
A:
充分领会博文里作图过程，就自然知道怎么做了
举一反三
作图过程文字里也都简要描述了
Q:
嗯现在在摸索中
[图片] 数字键3 进入角度测量模式
在哪里键入啊？
A:
图形窗口
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2016.03.09 17:47:53
Q:
sob老师，我看了下很多计算qm/mm的时候都是在mm部分加了力场的，和您所建议的方法对结果影响大吗？@Sobereva
A:
你就算单个结构下的激发能，这根力场毫无关系，要从原理上分析
要做qmmm动力学、算化学反应等等才牵扯到力场的选择
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2016.03.09 17:53:39
Q:
我搜了下搜到了您的文章：原子电荷计算方法的对比，但是我没找到怎么具体计算ADCH电荷
A:
Multiwfn手册4.7.2节有例子
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