计算化学公社

标题: 求助：NVT平衡相模拟最后输出.gro文件与轨迹文件最后一帧不符 [打印本页]

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-7 11:13
标题: 求助：NVT平衡相模拟最后输出.gro文件与轨迹文件最后一帧不符
本帖最后由 Rosefinch 于 2022-3-7 11:20 编辑

我进行的石墨基底上的分子自组装，我将石墨基底冻结住去进行的模拟，最后生成的.gro文件里面的整个石墨基底完全平移出了盒子（如下图）
(, 下载次数 Times of downloads: 8)
但是查看模拟过程的轨迹文件里面并没有出现石墨基底的移动，下图是我的初始.gro文件以及.mdp文件
(, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-7 18:55
你没上传最后的gro文件没法说
这种带大量真空区的体系明显不该用EnerPres
另外，盒子尺寸太小，导致分子和镜像相互作用严重

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-8 14:01

sobereva 发表于 2022-3-7 18:55
你没上传最后的gro文件没法说
这种带大量真空区的体系明显不该用EnerPres
另外，盒子尺寸太小，导致分子 ...

谢谢sob老师的回复，我上传了最后的gro文件，而且之后模拟时确实和镜像发生了明显的相互作用，那请问对于这种非均相有着大量真空区的体系，我想计算吸附能以及分子间的相互作用能，DispCorr是设置no嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-9 05:03

Rosefinch 发表于 2022-3-8 14:01
谢谢sob老师的回复，我上传了最后的gro文件，而且之后模拟时确实和镜像发生了明显的相互作用，那请问对于 ...

设no

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)