计算化学公社

标题: 求助：[file orca_main/run.cpp, line 11467]: Cannot open input file: orcaSP.inp [打印本页]

作者
Author: smk 时间: 2022-3-7 20:21
标题: 求助：[file orca_main/run.cpp, line 11467]: Cannot open input file: orcaSP.inp
本帖最后由 smk 于 2022-3-7 20:19 编辑

参考《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》，用molclus在超算上调用orca计算单点能，没有生成orcaSP.inp文件，有两个报错：（1）orcaSP.out文件末尾写到 [file orca_main/run.cpp, line 11467]: Cannot open input file: orcaSP.inp。（2) orcaSP00001.out文件：ORCA finished by error termination in GTOIntCalling Command: mpirun -np 36 /es01/paratera/sce2999/Software/orca_5_0_3/orca_gtoint_mpi orcaSP.int.tmp orcaSP
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run
检索（2）发现是 root下不能用OpenMPI的问题，咨询超算的工程师，他们说我的运算没有root权限。所以，想请教各位大神，这个问题怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-7 22:13
1 完全不知道你在第一个截图里第10行写那行是要干嘛
当前目录下如果没有orcaSP.inp文件当然ORCA没法通过那条命令运行，这也根本不牵扯到molclus

2 自己装个OpenMPI就完了

作者
Author: smk 时间: 2022-3-8 09:14
谢谢老师的解答。您在构象搜索的博文中提到：在Molclus每次调用Gaussian做完优化和振动分析任务后，当程序发现当前目录下有template_SP.inp文件时，就会自动调用ORCA做单点计算。我在目录里放了template_SP.inp，可没有生成输入文件orcaSP.inp，想知道orcaSP.inp的【GEOMETRY】是基于哪个结构文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 06:37

smk 发表于 2022-3-8 09:14
谢谢老师的解答。您在构象搜索的博文中提到：在Molclus每次调用Gaussian做完优化和振动分析任务后，当程序 ...

优化完的结构会自动套进去
仔细看运行过程molclus屏幕上的提示，在做什么、用什么命令在调用其它程序计算都提示得明明白白。如果没有自动调用ORCA做单点，说明template_SP.inp并没有放在当前目录下

作者
Author: smk 时间: 2022-3-12 15:15

sobereva 发表于 2022-3-12 06:37
优化完的结构会自动套进去
仔细看运行过程molclus屏幕上的提示，在做什么、用什么命令在调用其它程序计 ...

谢谢老师的解答，使用下来，发现molclus真的很好用。这个问题其实是因为超算上的openmpi没有设置OMP_NUM_THREADS，且template_SP.inp中%pal nprocs的数值和计算用的核数不一致。调整一致后，molclus运行就很流畅了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)