计算化学公社

标题: 求助关于NEB功能使用前准备结构文件的问题 [打印本页]

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Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-7 22:36
标题: 求助关于NEB功能使用前准备结构文件的问题
各位老师好，我最近想使用orca的NEB功能进行路径探索，因此准备了反应物文件和底物文件，但是运行时出现报错提示原子顺序不一致，请问各位老师有没有办法快速对应两个文件的原子顺序呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-7 22:50
可以借用GaussView的Edit - Connection功能，以类似准备Gaussian的QST2任务输入文件的方式去匹配对应关系。匹配完了保存输入文件，再把里面的坐标拷到ORCA输入文件里

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作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-7 23:00

sobereva 发表于 2022-3-7 22:50
可以借用GaussView的Edit - Connection功能，以类似准备Gaussian的QST2任务输入文件的方式去匹配对应关系。 ...

谢谢sob老师，请问有没有别的办法，我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件，我想使用其他方法

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 00:31

溪临昭煌发表于 2022-3-7 16:00
谢谢sob老师，请问有没有别的办法，我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件，我想使用其他方法

你的反应物和产物结构是用什么软件画的？看看那个软件有没有类似功能

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 00:41

溪临昭煌发表于 2022-3-7 23:00
谢谢sob老师，请问有没有别的办法，我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件，我想使用其他方法

自己肉眼对照着看、手动修改

作者
Author: dnlx 时间: 2022-3-8 01:03

sobereva 发表于 2022-3-8 00:41
自己肉眼对照着看、手动修改

就是这样，我就是这么做的
xyz文件同时用记事本和 Avogadro打开，在记事本上改

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-8 10:02

wzkchem5 发表于 2022-3-8 00:31
你的反应物和产物结构是用什么软件画的？看看那个软件有没有类似功能

老师我是直接用chemspider找的小分子文件

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-8 10:03

sobereva 发表于 2022-3-8 00:41
自己肉眼对照着看、手动修改

明白了，谢谢sob老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 15:59

溪临昭煌发表于 2022-3-8 03:02
老师我是直接用chemspider找的小分子文件

还是装个图形化软件吧，不然你优化出来过渡态怎么作图？chemspider只能给你已知分子的结构（而且你还不知道构象对不对），你早晚是需要装一个图形化软件的。GaussView不是唯一能实现这种功能的软件，其他的诸如Avogadro、VMD等都可以用，尤其Avogadro是和orca很配套的软件，可以直接产生orca输入文件、读取orca输出文件，很适合和orca配合使用。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-8 16:45

wzkchem5 发表于 2022-3-8 15:59
还是装个图形化软件吧，不然你优化出来过渡态怎么作图？chemspider只能给你已知分子的结构（而且你还不知 ...

明白了，谢谢老师指点，请问老师以后会出Linux上匹配ORCA的avogadro软件吗？我在论坛上看匹配ORCA的avogadro只有windows版本

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 17:08

溪临昭煌发表于 2022-3-8 09:45
明白了，谢谢老师指点，请问老师以后会出Linux上匹配ORCA的avogadro软件吗？我在论坛上看匹配ORCA的avoga ...

linux版需要从源码自己编译，源码在https://github.com/lenkd/avogadro/tree/devAvogadroOrca4.1
我不知道有没有linux预编译版

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-8 23:05

wzkchem5 发表于 2022-3-8 17:08
linux版需要从源码自己编译，源码在https://github.com/lenkd/avogadro/tree/devAvogadroOrca4.1
我不知 ...

收到，谢谢老师！

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