计算化学公社

标题: VASP算dimer得到的过渡态结构有俩虚频 [打印本页]

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Author: Jiongci-21 时间: 2022-3-8 14:34
标题: VASP算dimer得到的过渡态结构有俩虚频
我首先用CINEB进行了粗收敛计算(EDIFF=1E-6, EDIFFG=-0.2)。反应路径以及能垒都比较正常。然后用了neb2dim.pl 生成了dimer的计算文件，把CINEB得到的能量最高的image的CONTCAR复制进去当POSCAR计算。MODECAR就用了脚本自动生成的。然后按标准设置了dimer计算的参数进行计算。很多反应的确得到了合理解决。就是现在有个N-N键解离的过程，我dimer算出来做频率校正发现了俩虚频。其中一个虚频是同断键的方向的（下图虚频379 cm-1)。那我接下来要怎么操作可以继续往一阶鞍点收敛呢？用原先dimer得到的CONTCAR以及MODECAR继续进行dimer计算可以吗？还是说需要根据频率校正得到的俩虚频重新制作一个MODECAR，然后用CONTCAR结构跑dimer呢？

下为虚频情况

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作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-3-9 12:37
用CONTCAR和旧的MODECAR继续算dimer，只进行了一步离子步就收敛结束了。感觉不太行呀。要怎么可以降虚频呢

作者
Author: 易水曦 时间: 2022-4-19 09:37
请问楼主解决了嘛想知道你怎么处理的

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-4-19 21:05
本帖最后由 Jiongci-21 于 2022-4-19 21:07 编辑

易水曦发表于 2022-4-19 09:37
请问楼主解决了嘛想知道你怎么处理的

没有找到很好的方案，就是重新调了下结构和收敛标准跑NEB，再同样跑dimer找到了正确的过渡态。
至于怎么在上述dimer跑出来的具有俩虚频的结构实现去虚频找到过渡态希望可以得到高人指点。

作者
Author: 小雨呢喃 时间: 2022-6-5 15:59
请问NEB后如何跑dimer---有教程吗

作者
Author: ahxb 时间: 2022-6-6 09:10

小雨呢喃发表于 2022-6-5 15:59
请问NEB后如何跑dimer---有教程吗

去看VTST官网上对Dimer算法的介绍。

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-6-6 10:48

小雨呢喃发表于 2022-6-5 15:59
请问NEB后如何跑dimer---有教程吗

去官网看，然后公社里也有个挺好的帖子
VTST官网：
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/dimer.html

计算化学公社帖子：
vasp做过渡态经验<二>：Dimer
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=19287

作者
Author: 小雨呢喃 时间: 2022-6-14 13:30

Jiongci-21 发表于 2022-6-6 10:48
去官网看，然后公社里也有个挺好的帖子
VTST官网：
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/dimer.html ...

第二个链接里边的image.py没有呢能发一下吗谢谢

作者
Author: 小雨呢喃 时间: 2022-6-14 13:30

ahxb 发表于 2022-6-6 09:10
去看VTST官网上对Dimer算法的介绍。

谢谢

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-6-14 21:27

小雨呢喃发表于 2022-6-14 13:30
第二个链接里边的image.py没有呢能发一下吗谢谢

是的，我也没找到，所以只是学习一下方法，没用他的脚本。我直接用的官方neb2dim.pl 脚本生成的dimer计算文件

作者
Author: 小雨呢喃 时间: 2022-6-15 16:00

Jiongci-21 发表于 2022-6-14 21:27
是的，我也没找到，所以只是学习一下方法，没用他的脚本。我直接用的官方neb2dim.pl 脚本生成的dimer计算 ...

我也是这么做的

作者
Author: CHLllooll 时间: 2023-11-25 20:22

Jiongci-21 发表于 2022-6-14 21:27
是的，我也没找到，所以只是学习一下方法，没用他的脚本。我直接用的官方neb2dim.pl 脚本生成的dimer计算 ...

您好，我想请教一下在作过渡态搜索的时候粗收敛用-0.5精度够吗，我看刘老师之前发的说是粗收敛可以用-0.5，但我在-0.5精度下收敛时的eps看着很正常并且结构也正常；同样的过渡态搜索如果缩小精度到-0.05的时候一直不收敛并且eps的弹簧力图很不平滑还有谷那种的，到那时一直是不收敛的，并且还有可能中间的几个结构跑乱导致中间的能量会有一个下降的值。

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2023-12-10 12:59
本帖最后由 Jiongci-21 于 2023-12-10 13:03 编辑

CHLllooll 发表于 2023-11-25 20:22
您好，我想请教一下在作过渡态搜索的时候粗收敛用-0.5精度够吗，我看刘老师之前发的说是粗收敛可以用-0.5 ...

这个怎么说呢，我觉得这是一种不错的尝试吧。如果你先用0.5粗收敛一个路径，化学上看着也合理，可以把收敛参数调高一点看看能不能收敛得到准确的结构和能量。成功的话事半功倍。
直接用精确的电子收敛和力收敛参数去跑初猜的过渡态路径和结构肯定是不太可能一次性就拿到结果的，程序很容易就把结构跑崩了。
我之前比较喜欢用0.1-0.2的力收敛参数用NI-NEB去优化我的初猜，然后拿到合理的过渡态结构直接跑Dimer，计算成本小，成功率还高，主要是优化几轮后你可以检查下任务，如果结构出问题了可以及时kill了再调整。

作者
Author: 郑明 时间: 2023-12-11 09:08
频率做MODECAR，重新计算就行了

作者
Author: CHLllooll 时间: 2023-12-11 09:10

Jiongci-21 发表于 2023-12-10 12:59
这个怎么说呢，我觉得这是一种不错的尝试吧。如果你先用0.5粗收敛一个路径，化学上看着也合理，可以把收 ...

收到，非常感谢

作者
Author: billcsu 时间: 2024-9-20 09:12

小雨呢喃发表于 2022-6-14 13:30
第二个链接里边的image.py没有呢能发一下吗谢谢

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