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标题: 全网首发！如何在 M1 chip 的 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6 [打印本页]

作者
Author: johnshall 时间: 2022-3-8 19:38
标题: 全网首发！如何在 M1 chip 的 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6
本帖最后由 johnshall 于 2023-1-29 11:23 编辑

故事起源于早上的物理化学课，老师要求安装 Gaussian 09 来预测结构数据。当然 Mac 用户是永远得不到关爱的，老师不会给我提供安装包，于是我就在网上探寻一番，发现 Gaussian 09 真的已经太古老了：官方仅仅发行了适用于 MacOS 的 32 位版本。而激进的苹果从 macOS Catalina 开始不再兼容 32 位 App。且网上相关资料较少，我看到了大量求助帖却得不到有效的回复。经过一上午的摸索我终于实现了在 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6，在这里记录一下踩坑的路，希望可以帮上各位科研工作者。

首先聊一聊 Gaussian 套件的结构，简单的说是在 GaussView 上作图，然后通过 Gaussian 进行分析运算。最直接粗暴的方法是用 Wine 容器直接安装 Windows 版本的 Gaussian 与 GaussView（我没试过，盲猜性能极低且兼容性很差）。且我这里的结构是：利用 Crossover 容器运行 GaussView 6，导出草图后放入运行在原生 macOS 上的 Gaussian 09 进行运算，实现性能最大化。

先回答几个问题：

为什么我要用 GaussView 6 的 Windows 版本？
- 答：我能找到的 GaussView 5 的 Mac 版本是 32 位的，并且找不到 GaussView 6 的 Mac 版本；
我可以在 Crossover 中运行 GaussView 5 吗？
- 答：经过各种参数的枚举，所有我能找到的 GaussView 5 版本均无法成功的在 Crossover 中安装，当然这个结论不一定对，您可以自行安装测试；
Gaussian 09 需要破解吗？
- 答：不需要，但是 GaussView 需要提供一个序列号。

那么，背景铺设完毕，跟着我一起来吧！

1. 材料准备

macOS Catalina 以上版本（如果是 Inter 芯片将获得更佳性能，Apple 芯片则需要 Rosetta 2 转译）
Gaussian 09M 下载 Mac 文件夹下的 G09M.zip
GaussView 6 下载 Windows 文件夹下的 [url=]GV6.0.16_win64.exe，记住文件夹下文本文件提供的序列号[/url]
需要一些命令基础和反复阅读的双眼

2. 安装 Gaussian 09

解压 G09M.zip 将获得的 gaussian09 文件夹拖入“应用程序”文件夹下（/Users/你的用户名/Applications）;
按住 command + 空格输入 terminal 打开终端（# 后内容为注释，不用输入）；
设定权限
- 输入命令 chmod 750 ~/Applications/gaussian09
设定环境变量
- 输入命令 vim ~/.zshrc # macOS Catalina 及以上版本默认终端应该都是 zsh
- 确保在英文输入模式下，
  - 按 G # 跳转到末尾
  - 按 shift + 4 # 跳转到行尾
  - 按 a # 进入编辑模式
  - 按回车
  - 输入 export g09root=/Applications/gaussian09/ # 然后按回车
  - 输入 export GAUSS_SCRDIR=/Applications/gaussian09/Scratch # 这句命令是配置临时文件夹，然后按回车
  - 输入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile
  - 按 esc 键
  - 按 : 键
  - 输入 wq
  - 按回车
- 关闭终端，在 dock 栏右击 terminal 图标，点退出，确认下方圆点消失
至此，Gaussian 09 安装完毕

2. 安装 GaussView 6

安装 Crossover（这个就各显神通了，我个人安装的是 Crossover 21.2 ，打开需要魔法）；
打开 Crossover，选择安装 Windows 程序；
点击左下角，查看所有应用程序；
选择科学，技术与数学 --> 生物与化学 --> Palynodata （没有为什么，因为这是试出来的，可以完美运行），点击继续；
选择安装包 --> 下载安装程序 --> 选择之前下载的 [url=]GV6.0.16_win64.exe，点击继续；[/url]
容器使用“新 Windows 10 64-bit 容器”，右边取个名字，然后按继续，就像 Windows 那样安装，记得设桌面图标与文件后缀关联；
安装需要序列号，可以在之前百度云中文本文件找到；
打开运行吧！

3. 协同 Gaussian 09 与 GaussView 6

在 GaussView 6 中绘图，保存到 C 盘下；
打开 Crossover 主程序，选择右边的容器，右击，“打开 C: 盘”，
把文件拷贝到任意文件夹下，例如“文档”文件夹（这里按照“文档”文件夹做演示，其他文件夹改目录即可）；
右击文件，用任意文本编辑器打开，将第一行的 %chk=C:\你的文件名.chk 改为 %chk=你的文件名.chk ，或者直接留空
打开终端，输入 cd ~/Documents/
按照需要的方法在终端运行

常见有以下几种，test.gjf是输入文件
g09 < test.gjf > test.out （信息都输出到test.out里。末尾可以再加上&令任务在后台运行）
g09 < test.gjf |tee test.out （信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上）
g09 test.gjf （输出文件将默认为当前目录下的test.log）

大功告成

参考资料：

欢迎转载，转载请注明来源：

https://metaphorme.github.io/post/setup-gaussian09-and-gaussview6-on-macos/

本作品采用知识共享署名 4.0 国际许可协议进行许可

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-8 19:50
给这排版点赞

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 20:02
里面有些东西有些敏感，我设了阅读权限

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 20:06
最后博客链接有误，打不开

作者
Author: johnshall 时间: 2022-3-8 20:15
本帖最后由 johnshall 于 2022-3-13 01:20 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-8 20:06
最后博客链接有误，打不开

https://blog.metaphorme.net/index.php/archives/全网首发-如何在-M1-chip-的-macOS-上优雅的使用-Gaussian-09-与-GaussView-6.html

您好！正确的地址见上！我是本文的作者，拥有转载的权利，还请放心观看

作者
Author: 红米饭1234 时间: 2022-3-8 20:32
测试一下G09的效率

作者
Author: 妙角不脆 时间: 2022-3-8 20:42
”优雅“这个词的使用有社长的风范。

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-3-8 20:58

红米饭1234 发表于 2022-3-8 20:32
测试一下G09的效率

我测过G16M A03, M1 上跑（8核心，4大4小）大概相当于6核心10代intel CPU在linux上跑。0397 700秒左右

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-3-10 08:03
老师在课上提供安装包，说明你们还是管得很宽松的嘛！我记得我本科时物化实验课上有一节是用Gaussian 09算东西（当时Gaussian 16还没出来），当时是在一个房间里放了几台台式机，Windows操作系统，已经装好了Gaussian 09，老师教本科生用。老师当时直接说明了，学校买了site license，如果我们想在自己的笔记本电脑上安装的话，需要签署一个书面的协议交给化院的院长，然后才可以得到安装包与序列号。

当时大家想自己玩Gaussian 09的话，基本都是从网上找的安装包与序列号，没有谁愿意去找院长（这么做，也就与学校买的site license没什么关系了）。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-3-10 08:16
crossover是商业软件，近60美元。小心一点。

作者
Author: wangzhe 时间: 2022-3-11 13:32
测试了一下，用mac版的G16 C.01在M1 Pro (10核心，8大2小）跑了test0397，耗时305秒。

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-3-11 14:40

wangzhe 发表于 2022-3-11 13:32
测试了一下，用mac版的G16 C.01在M1 Pro (10核心，8大2小）跑了test0397，耗时305秒。

那看来基本上就是比M1翻倍的速度。那按比例算下来 M1 ultra 2分多钟三分钟应该是得要了。

作者
Author: wangzhe 时间: 2022-3-12 21:42

paramecium86 发表于 2022-3-11 15:40
那看来基本上就是比M1翻倍的速度。那按比例算下来 M1 ultra 2分多钟三分钟应该是得要了。

嗯嗯。M1 pro和M1 max应该没差多少

作者
Author: Hostiphre 时间: 2022-8-19 18:52
感谢大神提供软件包，本人比较懒，直接装了Mac版的gview5。发现运行出现找不到/private/var/.../data这个文件夹，但是sudo执行gview.app/.../MacOS/gview就可以顺利运行。所以就把/etc/sudoers改成免密然后把那个gview的binary改了个名字然后原地写个叫gview的bash加sudo执行这个binary……然后就可以点击app图标正常打开了。其实sudo不免密理论上用echo的命令也可以自动输入密码，嗯我就是懒。总之谢谢大神的软件包，之前真没见过Mac版的。

作者
Author: 寒心望明月 时间: 2022-9-28 16:09
大佬，我按照您的教程安装的过程中，到安装Gaussivew的第六步，Crossover报错，无法正常安装，使用的资源都是您教程中提供的，机器是macbookproM1，请问是什么问题呢

作者
Author: johnshall 时间: 2022-12-1 20:34

寒心望明月发表于 2022-9-28 16:09
大佬，我按照您的教程安装的过程中，到安装Gaussivew的第六步，Crossover报错，无法正常安装，使用的资源都 ...

抱歉一直没有登录，刚看到。也许你需要更高版本的crossover？

作者
Author: wzd915043973 时间: 2023-1-29 12:20
请问安装下来，在终端运行提示“zsh: command not found: g09”是哪里出错了吗？

作者
Author: wzd915043973 时间: 2023-1-29 14:02
已经成功运行，特来感谢，谢谢大佬！
不知道是不是您写错了
“输入 export g09root=/Applications/gaussian09/ # 然后按回车
输入 export GAUSS_SCRDIR=/Applications/gaussian09/Scratch # 这句命令是配置临时文件夹，然后按回车
输入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile”
是否应该把路径改成
“输入 export g09root=~/Applications/gaussian09 # 然后按回车（最后的斜杠删除）
输入 export GAUSS_SCRDIR=~/Applications/gaussian09/Scratch # 这句命令是配置临时文件夹，然后按回车
输入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile”

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