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标题: 小分子在高分子中的均方位移曲线问题 [打印本页]

作者
Author: 风起于夏 时间: 2022-3-8 20:57
标题: 小分子在高分子中的均方位移曲线问题
各位前辈，我想要求解小分子在高分子中的扩散系数，在求解均方位移时我先弛豫一次再nvt得到了图一，再次弛豫后nvt得到了图二，命令直接用的gmx msd -f nvt.trr -s nvt.tpr -o msd.xvg(不太确定对不对，我见别人是gmx msd traj.gro -n)也得到了均方位移曲线图。然后发现两个图存在出入，想问一下原因是什么，弛豫几次得到的结果相对合理？非常感谢老师能百忙之中抽出时间解答问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 21:38
先说清楚弛豫具体是怎么做的
作图时把Y轴范围设成相同便于对比

gmx msd traj.gro -n肯定不行，这样只对一帧进行计算

作者
Author: 风起于夏 时间: 2022-3-9 20:40
我的弛豫是用的NVT和NPT。

作者
Author: 风起于夏 时间: 2022-3-9 20:47

sobereva 发表于 2022-3-8 21:38
先说清楚弛豫具体是怎么做的
作图时把Y轴范围设成相同便于对比

不好意思老师，我的弛豫是用的正则系综和等温等压系综，我在文献中有看到他在NVT+NPT+模拟退火后又进行了一遍NVT+NPT，而我只进行了nvt+npt+模拟退火，不太明白缺少这个操作对均方位移曲线的影响大不大？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-9 20:51

风起于夏发表于 2022-3-9 20:47
不好意思老师，我的弛豫是用的正则系综和等温等压系综，我在文献中有看到他在NVT+NPT+模拟退火后又进行了 ...

看不懂你提问的逻辑
前面都没提退火，怎么又冒出来退火了？

如果你做了退火，刚退火完体系是未平衡的，肯定得再跑一段NPT MD等平衡了再统计MSD

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