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标题: 求助如何建立含有聚合物与小分子体系的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-8 21:21
标题: 求助如何建立含有聚合物与小分子体系的拓扑文件
本帖最后由高处裹棉被于 2022-3-8 21:45 编辑

各位老师好，我之前采用MS的Amorphous Cell Calculation功能在COMPASS力场下构建了含线性聚合物与小分子的体系，将其输出mol2文件后想用sobtop重新在GAFF力场下获得其拓扑文件，但是得到的itp文件中键参数部分出现大量missing，请问该如何解决，或者是否有其它更快捷的方法？
谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 21:36
上传具体结构文件、你得到的拓扑文件，具体看看才能回答

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-8 21:46

sobereva 发表于 2022-3-8 21:36
上传具体结构文件、你得到的拓扑文件，具体看看才能回答

老师，我上传完毕了，这个体系包含了重复单元为10的PET，100个水分子和400个CO2分子

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-8 22:07
build建立一条聚合物链，存为mol2，然后sobtop去产生itp。用ac建立水溶液盒子后再用sobtop是不可取的。

但我只会用最原始的方法，手动去复制resp电荷到itp里面，正在考虑有啥办法可以快速去替换。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 22:13
你的用法完全不对，感觉你太缺乏GROMACS基本常识

体系存在一个以上分子的时候，必须每种分子单独产生拓扑文件，然后都include到主top文件里去，并且在[molecules]里按照结构文件里分子出现顺序恰当填入各种分子名及其数目。绝对不能把整个体系的结构直接用于产生拓扑文件。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-8 22:36

sobereva 发表于 2022-3-8 22:13
你的用法完全不对，感觉你太缺乏GROMACS基本常识

体系存在一个以上分子的时候，必须每种分子单独产生拓 ...

谢谢老师，我初学一周，我再去试一试

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