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标题: 请问运行gmx_mmpbsa脚本时报错：无法打开_pid.pdb文件应该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: Teemo 时间: 2022-3-9 15:38
标题: 请问运行gmx_mmpbsa脚本时报错：无法打开_pid.pdb文件应该如何解决？
(, 下载次数 Times of downloads: 66)
我想计算配体与蛋白的结合自由能，于是用github上的脚本gmx_mmpbsa.sh运行，gromacs版本为2021.1，APBS版本为3.4.0，按李老师博文的内容指定了xtc，tpr,index文件,APBS的路径也改成了自己本地APBS的所在路径，但结果还是出现了以下bug:

!!! WARNING !!! APBS NOT available !

>> 0. set up environmets and parameters: OK !

>> 1. pre-processe trajectory: OK !

>> 2. generate qrv file: OK !

>> 3. run MM-PBSA calculatons
awk: fatal: cannot open file `_pid.pdb' for reading (No such file or directory)
awk: cmd. line:56: fatal: cannot open file `_pid.pdb' for reading (No such file or directory)

求求各位大佬帮帮新手

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-9 19:51
强烈建议用这个gmx_mmpbsa，网站上有教程
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/
很可靠的程序，原文已经在https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00645发表

作者
Author: tongyu 时间: 2022-5-24 12:43
应该是你的inde.dex索引文件出问题了，你再重新用em.gro跑一下这个文件

作者
Author: winn 时间: 2023-4-20 20:36

sobereva 发表于 2022-3-9 19:51
强烈建议用这个gmx_mmpbsa，网站上有教程
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/
很可靠的程 ...

Sob老师，请问用Amber99SB ILDN力场模拟的轨迹能用gmx_mmpbsa这个工具分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-21 03:00

winn 发表于 2023-4-20 20:36
Sob老师，请问用Amber99SB ILDN力场模拟的轨迹能用gmx_mmpbsa这个工具分析吗？

非常可以

作者
Author: MOI_001 时间: 2024-1-31 16:49
请问你是如何解决的啊？我也遇到了同样的问题

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-6-12 09:04

MOI_001 发表于 2024-1-31 16:49
请问你是如何解决的啊？我也遇到了同样的问题

+1，想知道你解决了吗？

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