计算化学公社

标题: orca SCF迷一样的感受 [打印本页]

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 00:35
标题: orca SCF迷一样的感受
各位大家好我最近优化了一个结构，跑了一天，然后拿优化好的结构重新做个单点算点性质
奇怪的地方是未优化的结构SCF很快就收敛了
orca自己优化好的结构，SCF竟然报错
我也是也将之前的gbw文件拷贝成新文件名的gbw，但是仍未解决问题
请问大家有这种体验吗？怎么解决这种问题吗？或者我哪里做的不对才会出现这种情况？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-10 00:53
看看TRAH启动了没，试试吧这玩意先关了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 00:59
报的是什么错？SCF报错不一定是不收敛，也有可能是其他原因，只有看具体报错原因才能知道是怎么回事

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 01:01

喵星大佬发表于 2022-3-9 17:53
看看TRAH启动了没，试试吧这玩意先关了

TRAH虽然有时会增加迭代步数，但是几乎从不会使一个本来能收敛的计算变成不能收敛。
当然某些泛函缺少kernel导致TRAH报错之类的情况除外，但是那也是看了输出文件知道是这个原因以后才关TRAH，不建议不分析输出文件就关TRAH来解决SCF报错问题

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-3-10 08:36

wzkchem5 发表于 2022-3-10 01:01
TRAH虽然有时会增加迭代步数，但是几乎从不会使一个本来能收敛的计算变成不能收敛。
当然某些泛函缺少ke ...

下一个版本能否让不支持的泛函自动关闭TRAH，不然用起来不太人性化啊。。

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 09:33

喵星大佬发表于 2022-3-10 00:53
看看TRAH启动了没，试试吧这玩意先关了

请问怎么检查这个TRAH启动了没？

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 09:35
标题: orca SCF迷一样的感受›
本帖最后由 413 于 2022-3-10 09:39 编辑

倒没报错我用了跟优化一样的输入文件，只是去掉了opt关键词
SCF的能量就不太对，我就给停掉了，试了多次，也跑过更多的圈数，也还是一样的结果。
还试过把opt的gbw文件拷过来，也一样，现在再试高斯的chk转化过来

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-10 09:43
建议在1L中多展示一些信息，例如ORCA版本，你的体系是否含过渡金属，你用的什么基组

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 09:48
本帖最后由 413 于 2022-3-10 09:54 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-10 00:59
报的是什么错？SCF报错不一定是不收敛，也有可能是其他原因，只有看具体报错原因才能知道是怎么回事

体系为碳氢吸附在金银合金团簇上

------------------------------
INITIAL GUESS: MODEL POTENTIAL
------------------------------
Loading Hartree-Fock densities                   ... done
  calling /public/home/users/orca_4.2.1/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca atom47.inp > atom47.out in order to generate an atomic fitting density for atom 0 (Ag with ECP) on-the-fly...
atom 0 (Ag), assumed electronic state with S=2: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d10 4p6 5s2 4d9          ... done
  calling /public/home/users/orca_4.2.1/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca atom79.inp > atom79.out in order to generate an atomic fitting density for atom 12 (Au with ECP) on-the-fly...
atom 12 (Au), assumed electronic state with S=2: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d10 4p6 5s2 4d10 5p6 6s1 4f14 5d10          ... done
Calculating cut-offs                            ... done
Setting up the integral package                   ... done
Initializing the effective Hamiltonian          ... done
Starting the Coulomb interaction                ... done ( 1.4 sec)
Reading the grid                                  ... done
Mapping shells                                  ... done
Starting the XC term evaluation                   ... done ( 0.7 sec)
  promolecular density results
   # of electrons  = 3246.018386740
   EX             = -12947.568549971
   EC             = -185.685677767
   EX+EC          = -13133.254227738
Transforming the Hamiltonian                      ... done ( 4.8 sec)
Diagonalizing the Hamiltonian                   ... done ( 7.0 sec)
Back transforming the eigenvectors                ... done ( 0.2 sec)
Now organizing SCF variables                      ... done
                  ------------------
                  INITIAL GUESS DONE (  23.6 sec)
                  ------------------
--------------
SCF ITERATIONS
--------------
ITER    Energy       Delta-E       Max-DP    RMS-DP    [F,P]    Damp
            ***  Starting incremental Fock matrix formation  ***
  0  -7600.7457555027 0.0000000000004856.57061663 20.53065389  0.3333300 0.7000
  1  -7556.3272119007  44.4185436019625453.90642201 20.34005235  0.3486989 0.7000
  2  -7361.3936161631 194.93359573764610059.00072807 36.13300185  0.5636771 0.7000

ORCA finished by error termination in SCF

作者
Author: renzhogn424 时间: 2022-3-10 10:51
4.2.1，那没有TRAH的，好像是能量变化过大造成报错

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 11:48

renzhogn424 发表于 2022-3-10 10:51
4.2.1，那没有TRAH的，好像是能量变化过大造成报错

想请教下基组这么指定对吗，这样跑倒是没报错。
! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J
%maxcore 5000
%scf MaxIter 512 Thresh 1e-6 end
%pal nprocs 28 end
%basis
NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end #
DelECP Au
NewGTO Ag "SARC-ZORA-TZVP" end #
DelECP Ag
NewGTO C "ZORA-def2-SVP" end #
DelECP C
NewGTO H "ZORA-def2-SVP" end #
DelECP H
end

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-10 12:00

413 发表于 2022-3-10 11:48
想请教下基组这么指定对吗，这样跑倒是没报错。
! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J
%maxcore 5000 ...

你没开启相对论哈密顿，却使用了相对论全电子基组。你检查过输出文件里有开启ZORA哈密顿么？

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 12:27

zjxitcc 发表于 2022-3-10 12:00
你没开启相对论哈密顿，却使用了相对论全电子基组。你检查过输出文件里有开启ZORA哈密顿么？

请问正确的格式是再加个ZORA吗？

! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J ZORA
%maxcore 5000
%scf MaxIter 512 Thresh 1e-6 end
%pal nprocs 28 end
%basis
NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end #
DelECP Au
NewGTO Ag "SARC-ZORA-TZVP" end #
DelECP Ag
NewGTO C "ZORA-def2-SVP" end #
DelECP C
NewGTO H "ZORA-def2-SVP" end #
DelECP H
end

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-3-10 14:09
在结构优化过程中，后一步会读前一步的波函数，因此收敛比较容易。而取出收敛的结构单独做SCF的话，就没有这一步，是从头生成初猜的，所以不收敛也是可以理解的。

还试过把opt的gbw文件拷过来，也一样，

这不太可能，应该立即收敛才对。检查你的输出文件中有没有显示读入波函数成功，或者有没有拷错文件。

作者
Author: renzhogn424 时间: 2022-3-10 15:25

413 发表于 2022-3-10 11:48
想请教下基组这么指定对吗，这样跑倒是没报错。
! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J
%maxcore 5000 ...

这个相对论基组我倒是没有用过，不大清楚

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 15:32

冰释之川发表于 2022-3-10 01:36
下一个版本能否让不支持的泛函自动关闭TRAH，不然用起来不太人性化啊。。

下一个版本应该会让几乎所有泛函都支持TRAH，所以估计不会做自动关闭功能

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 15:34

413 发表于 2022-3-10 02:48
体系为碳氢吸附在金银合金团簇上

这个是orca初猜的一个bug，已经在orca 5.0.3修复了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 15:40

413 发表于 2022-3-10 05:27
请问正确的格式是再加个ZORA吗？

! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J ZORA

应该没问题，不过更方便的写法是先在第一行给所有元素都指定ZORA-def2-SVP，再用NewGTO把Au和Ag的基组改成SARC-ZORA-TZVP，这样也能把DelECP省了

作者
Author: 413 时间: 2022-3-10 18:03

wzkchem5 发表于 2022-3-10 15:40
应该没问题，不过更方便的写法是先在第一行给所有元素都指定ZORA-def2-SVP，再用NewGTO把Au和Ag的基组改 ...

请问是这样指定吗？

! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J ZORA ZORA-def2-SVP
%maxcore 5000
%scf MaxIter 512 Thresh 1e-6 end
%pal nprocs 28 end
%basis
NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end #
NewGTO Ag "SARC-ZORA-TZVP" end #
end

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 19:50

413 发表于 2022-3-10 11:03
请问是这样指定吗？

! pbe angs PRINTBASIS PRINTMOS SARC/J ZORA ZORA-def2-SVP

对

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 21:49
本帖最后由 413 于 2022-3-11 22:00 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-10 19:50
对

搭车请教下，我要算Au、Ag、Pt等过渡元素，想给LANL2DZ指定auxiliary basis set，一直是用autoaux来让orca自动指定。

手册有段话是写了def2/J。但是只能到Kr，不能算Au、Ag、Pt等
The RI-J approximation requires an \auxiliary basis set" in addition to a normal orbital basis set. For
the Karlsruhe basis sets there is the universal auxiliary basis set of Weigend that is called with the
name def2/J (all-electron up to Kr). When scalar relativistic Hamiltonians are used (DKH or ZORA)
along with all-electron basis sets, then a general-purpose auxiliary basis set is the SARC/J that covers
most of the periodic table. Other choices are documented in sections 6.3 and 9.5.

文献里也有，可是手册已经说了def2/J只能用到Kr，还可以给I元素用吗？
“the LANL2DZ pseudopotential and basis set was employed for Cu and I atoms. The def2/J auxiliary basis set was implemented for the resolution-of-identity procedure in the ORCA program”

还想请教下，lanl2dz和zora的全电子基组ZORA-def2-TZVP算Au、Ag、Cu的速度相当吗？我在https://sites.google.com/site/or ... stic-approximations这里还是哪里好像瞟见过速度相当，但是回头找那个网页怎么都找不到了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-11 22:00

413 发表于 2022-3-11 14:49
搭车请教下，我想给LANL2DZ指定auxiliary basis set，一直是用autoaux来让orca自动指定。

查了文献也 ...

我觉得问题不大，原则上讲一个辅助基组X如果可以用于比较大的基组A，另有一个基组B在所有方面（极化函数，弥散函数，价层基函数，内层基函数）普遍小于等于A，那么X也可以用于B。比如适合6-311+G(2df,2pd)的辅助基组（如果有的话）一定可以适用于6-31G(d,p)。LANL2DZ应该是在这些方面普遍小于def2-TZVP的，而def2-TZVP可以结合def2/J，所以我觉得LANL2DZ也可以结合def2/J。但是毕竟LANL2DZ和def2-TZVP不是一个系列的，不排除会被人质疑，所以最好还是能找到文献能证明这样用的精度足够。也就是光查到这么用的文献还不够，还得查查看有没有人用LANL2DZ+def2/J做RI（或RIJCOSX）和不用RI的结果对比，证明两个结果的差别可以忽略。

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 22:03

wzkchem5 发表于 2022-3-11 22:00
我觉得问题不大，原则上讲一个辅助基组X如果可以用于比较大的基组A，另有一个基组B在所有方面（极化函数 ...

还想请教下，lanl2dz和zora的全电子基组ZORA-def2-TZVP算Au、Ag、Cu的速度相当吗？我在https://sites.google.com/site/or ... stic-approximations这里还是哪里好像瞟见过速度相当，但是回头找那个网页怎么都找不到了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-11 22:10

413 发表于 2022-3-11 15:03
还想请教下，lanl2dz和zora的全电子基组ZORA-def2-TZVP算Au、Ag、Cu的速度相当吗？我在https://sites.goo ...

如果非金属原子远多于金属原子，那么速度相当；如果金属原子占总原子数比较大的比例，那么ZORA-def2-TZVP会明显更慢。原因有三个：（1）ZORA本身会占一点时间；（2）LANL2DZ是double zeta基组，ZORA-def2-TZVP是triple zeta基组；（3）LANL2DZ把一部分内层电子赝化掉了。

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 22:24
本帖最后由 413 于 2022-3-11 22:25 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-11 22:10
如果非金属原子远多于金属原子，那么速度相当；如果金属原子占总原子数比较大的比例，那么ZORA-def2-TZVP ...

还想请教下，这个报错是不是只能用def2/J了？报错信息好像是指定auxiliary basis时的错误"At the moment, SHARK is not equipped to deal with this"
orca版本5.0.3
输入文件：
! pbe lanl2dz angs PRINTBASIS PRINTMOS autoaux
%maxcore 5000
%scf MaxIter 512 end
%pal nprocs 28 end
%basis
NewGTO C "6-31G(d)" end #
DelECP C
NewGTO H "6-31G(d)" end #
DelECP H
end

Calculating one electron integrals       ... done (  1.5 sec)
Calculating ECP integrals                ... done (132.9 sec)
Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp.... [file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 31]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 1]:  ... sorry, have to bail out
......
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 28]:  ... sorry, have to bail out

WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis
===>> At the moment, SHARK is not equipped to deal with this
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 0]:  ... sorry, have to bail out

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-11 23:22

413 发表于 2022-3-11 15:24
还想请教下，这个报错是不是只能用def2/J了？报错信息好像是指定auxiliary basis时的错误"At the moment, ...

这个说明autoaux的辅助基组太大了，出现线性相关问题。一般出现这个的话，尽量选取别的辅助基组

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 23:25

wzkchem5 发表于 2022-3-11 23:22
这个说明autoaux的辅助基组太大了，出现线性相关问题。一般出现这个的话，尽量选取别的辅助基组

哦哦，我试了def2/J，很快就算完了，就是可能需要benchmark下

作者
Author: 413 时间: 2022-3-12 12:47

wzkchem5 发表于 2022-3-11 23:22
这个说明autoaux的辅助基组太大了，出现线性相关问题。一般出现这个的话，尽量选取别的辅助基组

想请教下，这种的是不是就不太可能收敛了？需要调下结构重新交作业吗？
看起来TRAH有点重复
5.0.3的版本。输入：
! angs PRINTBASIS PRINTMOS BP86 ZORA/RI ZORA-def2-TZVP SARC/J  SlowConv
%scf
Shift Shift 0.1 ErrOff 0.1 end
end
%maxcore 7000
%scf MaxIter 512  end
%pal nprocs 28 end
%basis
NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end
NewGTO Ag "SARC-ZORA-TZVP" end
end

      TRAH Step control
---------------------------------
  predicted energy change = -0.000001
  actual energy  change = 0.000007
  energy change ratio    = -9.270889
  old trust radius       = 0.000268
  new trust radius       = 0.000188
  reject step?          =  1
44 -659738.354670954286    1.480198e-01                   0.000 (TRAH MAcro)  Yes
45 -659738.354670953588    5.078232e-03                   0.000 (TRAH MAcro) No
45    dE -4.537582e-10    1.316559e-02 -3.5420e-09    0.000 (TRAH MIcro)
45    dE -4.963770e-07    7.225652e-03 -8.1193e-01    0.000 (TRAH MIcro)
45    dE -7.055799e-07    2.936996e-03 -1.0849e+00    0.001 (TRAH MIcro)
45    dE -7.420193e-07    8.787871e-04 -1.1572e+00    0.001 (TRAH MIcro)
45    dE -7.341458e-07    2.456786e-04 -1.1709e+00    0.001 (TRAH MIcro)
---------------------------------
      TRAH Step control
---------------------------------
  predicted energy change = -0.000001
  actual energy  change = 0.000006
  energy change ratio    = -8.674073
  old trust radius       = 0.000188
  new trust radius       = 0.000131
  reject step?          =  1
46 -659738.354670953588    1.480198e-01                   0.000 (TRAH MAcro)  Yes
47 -659738.354670953820    5.078230e-03                   0.000 (TRAH MAcro) No
47    dE -4.537574e-10    1.316558e-02 -5.5070e-09    0.000 (TRAH MIcro)
47    dE -4.963647e-07    7.225543e-03 -8.1191e-01    0.000 (TRAH MIcro)
47    dE -7.055467e-07    2.937039e-03 -1.0849e+00    0.001 (TRAH MIcro)
47    dE -7.419772e-07    8.789702e-04 -1.1572e+00    0.001 (TRAH MIcro)
47    dE -7.341059e-07    2.457316e-04 -1.1708e+00    0.001 (TRAH MIcro)
---------------------------------
      TRAH Step control
---------------------------------
  predicted energy change = -0.000001
  actual energy  change = 0.000007
  energy change ratio    = -9.113339
  old trust radius       = 0.000131
  new trust radius       = 0.000092
  reject step?          =  1
48 -659738.354670953820    1.480198e-01                   0.000 (TRAH MAcro)  Yes
49 -659738.354670953820    5.078226e-03                   0.000 (TRAH MAcro) No
49    dE -4.537831e-10    1.316568e-02 -2.0089e-09    0.000 (TRAH MIcro)
49    dE -4.963777e-07    7.225663e-03 -8.1193e-01    0.000 (TRAH MIcro)
49    dE -7.055724e-07    2.937045e-03 -1.0849e+00    0.001 (TRAH MIcro)
49    dE -7.420100e-07    8.788316e-04 -1.1572e+00    0.001 (TRAH MIcro)
49    dE -7.341362e-07    2.457352e-04 -1.1709e+00    0.001 (TRAH MIcro)
---------------------------------
      TRAH Step control
---------------------------------
  predicted energy change = -0.000001
  actual energy  change = 0.000007
  energy change ratio    = -9.062694
  old trust radius       = 0.000092
  new trust radius       = 0.000064
  reject step?          =  1
50 -659738.354670953820    1.480198e-01                   0.000 (TRAH MAcro)  Yes
51 -659738.354670955450    5.078229e-03                   0.000 (TRAH MAcro) No
51    dE -4.537694e-10    1.316567e-02 -3.3268e-09    0.000 (TRAH MIcro)
51    dE -4.963800e-07    7.225714e-03 -8.1193e-01    0.000 (TRAH MIcro)
51    dE -7.055883e-07    2.937027e-03 -1.0849e+00    0.001 (TRAH MIcro)
51    dE -7.420348e-07    8.787032e-04 -1.1573e+00    0.001 (TRAH MIcro)
51    dE -7.341602e-07    2.456871e-04 -1.1709e+00    0.001 (TRAH MIcro)
---------------------------------
      TRAH Step control
---------------------------------
  predicted energy change = -0.000001
  actual energy  change = 0.000007
  energy change ratio    = -9.130583
  old trust radius       = 0.000064
  new trust radius       = 0.000045
  reject step?          =  1
52 -659738.354670955450    1.480198e-01                   0.000 (TRAH MAcro)  Yes
53 -659738.354670953122    5.078204e-03                   0.000 (TRAH MAcro) No
53    dE -4.537601e-10    1.316538e-02 -1.4042e-09    0.000 (TRAH MIcro)
53    dE -4.963827e-07    7.225588e-03 -8.1193e-01    0.000 (TRAH MIcro)
53    dE -7.055955e-07    2.936940e-03 -1.0850e+00    0.001 (TRAH MIcro)
53    dE -7.420383e-07    8.787173e-04 -1.1573e+00    0.001 (TRAH MIcro)
53    dE -7.341627e-07    2.457356e-04 -1.1709e+00    0.001 (TRAH MIcro)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-12 16:03

413 发表于 2022-3-12 05:47
想请教下，这种的是不是就不太可能收敛了？需要调下结构重新交作业吗？
看起来TRAH有点重复
5.0.3的版 ...

可能格点不够，数值噪音导致一直不收敛。不太可能是调结构就能解决的问题，但是值得检查一下结构是否合理。

作者
Author: 413 时间: 2022-3-12 21:48

wzkchem5 发表于 2022-3-12 16:03
可能格点不够，数值噪音导致一直不收敛。不太可能是调结构就能解决的问题，但是值得检查一下结构是否合理 ...

想请教下，对于过渡金属的相对论效应计算，第一圈的自洽场迭代基本徘徊在10^-4左右。我用了较高密度的grid。也试了soscf，还是会徘徊在10^-4左右，手册上有这么一段说明，说是可以进一步调节these parameters，请问有哪些parameters可以调节呢？
orca5.0.3
|  1> ! angs PRINTBASIS PRINTMOS BP86 ZORA/RI ZORA-def2-TZVP SARC/J  SlowConv  defgrid3
|  2> %scf
|  3> AutoTRAH true
|  4> AutoTRAHTOl 1.125 #Threshold to determine when TRAH should be activated. Default value 1.125
|  5> AutoTRAHIter 20 #Number of iterations before interpolation is used
|  6> AutoTRAHNInter 10 #Number of iterations used in interpolation. Default 20.
|  7> Shift Shift 0.1 ErrOff 0.1 end
|  8> end
|  9> %maxcore 7000
| 10> %scf MaxIter 512  end
| 11> %pal nprocs 28 end
| 12> %basis
| 13> NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end
| 14> NewGTO Ag "SARC-ZORA-TZVP" end
| 15> end

The integration grids used in DFT should be viewed together with the basis set. If large basis set
calculations are converged to high accuracy it is advisable to also use large DFT integration grids
(like ! DEFGRID3). For \unlimited" accuracy (i.e. benchmark calculations) it is probably best to use
product grids (Grid=0) with a large value for IntAcc (perhaps around 6.0). The default grids have
been chosen such that they provide adequate accuracy at the lowest possible computational cost, but
for all-electron calculations on heavy elements in conjunction with scalar relativistic Hamiltonians
you should examine the grid dependency very carefully and adjust these parameters accordingly to
minimize errors.

SCF ITERATIONS
--------------
ITER    Energy       Delta-E       Max-DP    RMS-DP    [F,P]    Damp
            ***  Starting incremental Fock matrix formation  ***
  0 -659738.3540527759 0.000000000000 0.21391546  0.00019557  0.0017077 0.8500
  1 -659738.3540408637 0.000011912198 0.20527759  0.00018164  0.0016423 0.8500
                           ***Turning on DIIS***
  2 -659738.3540321524 0.000008711242 1.23562683  0.00107020  0.0013794 0.0000
  3 -659738.3543270219  -0.000294869416 0.11405034  0.00015842  0.0000800 0.0000
  4 -659738.3542744694 0.000052552437 0.05903348  0.00004354  0.0004660 0.0000
  5 -659738.3544131238  -0.000138654374 0.02848066  0.00004887  0.0004301 0.0000
  6 -659738.3544615146  -0.000048390822 0.01669514  0.00001511  0.0001651 0.0000
  7 -659738.3544918646  -0.000030349940 0.00674935  0.00001112  0.0003387 0.0000
  8 -659738.3545418921  -0.000050027505 0.12783734  0.00013369  0.0003635 0.0000
  9 -659738.3547533691  -0.000211477047 0.04098745  0.00003925  0.0007819 0.0000
10 -659738.3546819927 0.000071376446 0.04363270  0.00007961  0.0006423 0.0000
11 -659738.3548215146  -0.000139521901 0.18179230  0.00013426  0.0009463 0.0000
12 -659738.3548966042  -0.000075089629 0.22489512  0.00022523  0.0010666 0.0000
13 -659738.3548787254 0.000017878832 0.21901004  0.00022447  0.0008757 0.0000
14 -659738.3548678381 0.000010887277 0.22634525  0.00017091  0.0007922 0.0000
15 -659738.3548004244 0.000067413668 0.50208747  0.00035035  0.0008152 0.0000
16 -659738.3546156262 0.000184798264 0.08646566  0.00011077  0.0010997 0.0000
17 -659738.3545748875 0.000040738611 0.19839879  0.00022266  0.0003713 0.0000
18 -659738.3548108202  -0.000235932646 0.11255784  0.00011107  0.0011895 0.0000
19 -659738.3547273217 0.000083498540 0.13255248  0.00007975  0.0011443 0.0000
            *** Restarting incremental Fock matrix formation ***
                                 *** Resetting DIIS ***

WARNING: the maximum gradient error descreased on average only by a factor 1.0
      during the last 20 iterations

                  *** Initiating the TRAH-SCF procedure ***

TRAH GRID
---------

General Integration Accuracy    IntAcc    ... 3.467
Radial Grid Type                RadialGrid  ... OptM3 with GC (2021)
Angular Grid (max. ang.)       AngularGrid ... 3 (Lebedev-194)
Angular grid pruning method    GridPruning ... 4 (adaptive)
Weight generation scheme       WeightScheme... Becke
Basis function cutoff          BFCut    ... 1.0000e-10
Integration weight cutoff       WCut       ... 1.0000e-14
Angular grids for H and He will be reduced by one unit
Partially contracted basis set             ... off
Rotationally invariant grid construction    ... off

Total number of grid points                ... 540385
Total number of batches                   ...    8498
Average number of points per batch          ...    63
Average number of grid points per atom    ...    4740

--------------------------------------------------------------------------------------------
Iter.       energy          ||Error||_2       Shift    TRadius  Mac/Mic       Rej.
--------------------------------------------------------------------------------------------
0 -659738.354224959272    5.584408e-02                   0.400 (TRAH MAcro) No
0    dE -7.843961e-06    3.634366e-01 -1.5688e-05    0.000 (TRAH MIcro)
0    dE -1.029186e-04    8.373204e-02 -2.0583e-04    0.007 (TRAH MIcro)
0    dE -1.246020e-04    1.508290e-02 -2.4919e-04    0.007 (TRAH MIcro)
0    dE -1.279635e-04    2.716917e-03 -2.5591e-04    0.008 (TRAH MIcro)
1 -659738.354418403003    1.257599e-02                   0.480 (TRAH MAcro) No
1    dE -1.440615e-07    2.239469e-01 -2.8977e-07    0.000 (TRAH MIcro)
1    dE -5.015682e-06    5.965489e-02 -1.0031e-05    0.002 (TRAH MIcro)
1    dE -6.553713e-06    6.244602e-03 -1.3107e-05    0.002 (TRAH MIcro)
1    dE -6.727213e-06    7.022422e-04 -1.3454e-05    0.002 (TRAH MIcro)
2 -659738.354433833621    2.481142e-03                   0.576 (TRAH MAcro) No
2    dE -1.036866e-08    5.408486e-02 -2.3343e-08    0.000 (TRAH MIcro)
2    dE -1.591271e-07    2.159381e-02 -3.1826e-07    0.000 (TRAH MIcro)
2    dE -2.254930e-07    4.984132e-03 -4.5099e-07    0.000 (TRAH MIcro)
2    dE -2.396939e-07    9.108237e-04 -4.7939e-07    0.000 (TRAH MIcro)
2    dE -2.425997e-07    7.104017e-05 -4.8520e-07    0.000 (TRAH MIcro)
3 -659738.354435423738    1.449313e-03                   0.691 (TRAH MAcro) No
3    dE -4.618169e-09    3.007258e-02 -1.1313e-08    0.000 (TRAH MIcro)
3    dE -7.989533e-08    2.966794e-04 -1.5979e-07    0.000 (TRAH MIcro)
3    dE -8.060404e-08    4.900243e-05 -1.6121e-07    0.000 (TRAH MIcro)
4 -659738.354438695707    1.972488e-03                   0.829 (TRAH MAcro) No
4    dE -1.318298e-08    2.573613e-02 -2.7176e-08    0.000 (TRAH MIcro)
4    dE -1.554553e-07    1.482226e-04 -3.1091e-07    0.000 (TRAH MIcro)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-12 23:04

413 发表于 2022-3-12 14:48
想请教下，对于过渡金属的相对论效应计算，第一圈的自洽场迭代基本徘徊在10^-4左右。我用了较高密度的gri ...

就是说调节格点，比如本来用defgrid2的计算，改用defgrid3。
另外值得检查一下团簇的金属原子数目，以及体系的总电荷和自旋多重度是否合理，比如价电子数等于magic number的金属cluster就会很容易收敛，但是价电子数离magic number差一两个的体系就会很难收敛，这时一般意味着团簇选取或者电荷/自旋多重度的选取不合理。

作者
Author: 413 时间: 2022-3-12 23:25

wzkchem5 发表于 2022-3-12 23:04
就是说调节格点，比如本来用defgrid2的计算，改用defgrid3。
另外值得检查一下团簇的金属原子数目，以及 ...

请教下我们可以自己强制控制macro iterations或者Davidson micro iterations的迭代次数吗？
还是程序自己控制他们的迭代次数更合理？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-13 01:34

413 发表于 2022-3-12 16:25
请教下我们可以自己强制控制macro iterations或者Davidson micro iterations的迭代次数吗？
还是程序自 ...

一般程序默认值都是合理的，不需要调

作者
Author: 413 时间: 2022-3-14 09:36
本帖最后由 413 于 2022-3-14 09:39 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-13 01:34
一般程序默认值都是合理的，不需要调

请教下，这是不是快接近收敛了？还能加个啥命令呢？
angs PRINTBASIS PRINTMOS pbe ZORA/RI ZORA-def2-TZVP SARC/J VerySlowConv defgrid3 VERYTIGHTSCF

--------------------------------------------------------------------------------------------
Iter.       energy          ||Error||_2       Shift    TRadius  Mac/Mic       Rej.
--------------------------------------------------------------------------------------------
0 -659621.129845311749    3.009251e-01                   0.400 (TRAH MAcro) No
0    dE -7.669556e-05    1.398916e+00 -1.5339e-04    0.001 (TRAH MIcro)
0    dE -1.576878e-03    5.589087e-01 -3.1521e-03    0.023 (TRAH MIcro)
0    dE -1.882949e-03    2.378057e-01 -3.7636e-03    0.025 (TRAH MIcro)
0    dE -1.905835e-03    1.214053e-01 -3.8093e-03    0.025 (TRAH MIcro)
0    dE -1.911275e-03    5.205544e-02 -3.8201e-03    0.025 (TRAH MIcro)
0    dE -1.912559e-03    1.746711e-02 -3.8226e-03    0.025 (TRAH MIcro)
0    dE -1.912720e-03    6.886357e-03 -3.8230e-03    0.025 (TRAH MIcro)
1 -659621.131756164948    6.899452e-03                   0.480 (TRAH MAcro) No
1    dE -2.302087e-10    6.592380e-03 -1.6327e-05    0.000 (TRAH MIcro)
1    dE -5.974916e-08    4.592552e-03 -1.1950e-07    0.000 (TRAH MIcro)
1    dE -8.655140e-08    2.135039e-03 -1.7311e-07    0.000 (TRAH MIcro)
1    dE -9.491532e-08    8.750879e-04 -1.8983e-07    0.000 (TRAH MIcro)
1    dE -9.714923e-08    3.004120e-04 -1.9430e-07    0.000 (TRAH MIcro)
2 -659621.131756269955    3.006497e-04                         (NR MAcro)
2    dE -3.773877e-10    2.058802e-04                         (NR MIcro)
2    dE -5.262060e-10    1.146083e-04                         (NR MIcro)
2    dE -5.677548e-10    6.364379e-05                         (NR MIcro)
2    dE -5.780116e-10    3.076145e-05                         (NR MIcro)
2    dE -5.818784e-10    6.735082e-06                         (NR MIcro)
2    dE -5.824889e-10    2.445132e-06                         (NR MIcro)
2    dE -5.826009e-10    1.530600e-06                         (NR MIcro)
2    dE -5.826272e-10    7.732271e-07                         (NR MIcro)
3 -659621.131756274961    3.362483e-06                         (NR MAcro)
3    dE -3.550408e-13    8.027758e-07                         (NR MIcro)
3    dE -3.789914e-13    2.876244e-07                         (NR MIcro)
3    dE -3.812043e-13    1.167278e-07                         (NR MIcro)
4 -659621.131756283226    3.615747e-06                         (NR MAcro)
4    dE -4.937529e-13    2.054071e-07                         (NR MIcro)
4    dE -4.953622e-13    8.476120e-08                         (NR MIcro)
5 -659621.131756279850    3.505134e-06                         (NR MAcro)
5    dE -4.712793e-13    2.519528e-07                         (NR MIcro)
5    dE -4.739434e-13    8.471578e-08                         (NR MIcro)
6 -659621.131756278337    3.388978e-06                         (NR MAcro)
6    dE -4.179684e-13    1.929064e-07                         (NR MIcro)
7 -659621.131756277638    3.540583e-06                         (NR MAcro)
7    dE -4.166417e-13    7.911049e-07                         (NR MIcro)
7    dE -4.466273e-13    2.157428e-07                         (NR MIcro)
7    dE -4.484914e-13    7.107933e-08                         (NR MIcro)
8 -659621.131756272283    3.556219e-06                         (NR MAcro)
8    dE -4.542953e-13    1.748883e-07                         (NR MIcro)
9 -659621.131756273913    3.746730e-06                         (NR MAcro)
9    dE -4.605225e-13    6.636315e-07                         (NR MIcro)
9    dE -4.800355e-13    1.939628e-07                         (NR MIcro)
10 -659621.131756276707    2.617373e-06                         (NR MAcro)
10    dE -1.618796e-13    7.555702e-07                         (NR MIcro)
10    dE -1.850679e-13    2.204688e-07                         (NR MIcro)
10    dE -1.870399e-13    6.204944e-08                         (NR MIcro)
11 -659621.131756281713    2.650440e-06                         (NR MAcro)
11    dE -2.924392e-13    1.603994e-07                         (NR MIcro)
12 -659621.131756271468    3.631064e-06                         (NR MAcro)
12    dE -4.113781e-13    6.166974e-07                         (NR MIcro)
12    dE -4.288621e-13    1.614927e-07                         (NR MIcro)
13 -659621.131756277638    6.111420e-07                         (NR MAcro)
13    dE -6.588564e-15    4.235887e-07                         (NR MIcro)
13    dE -1.249264e-14    1.546117e-07                         (NR MIcro)
14 -659621.131756281597    2.377401e-06                         (NR MAcro)
14    dE -1.962032e-13    5.388965e-07                         (NR MIcro)
14    dE -2.096249e-13    1.567200e-07                         (NR MIcro)
15 -659621.131756280549    2.605564e-06                         (NR MAcro)
15    dE -2.049507e-13    6.899652e-07                         (NR MIcro)
15    dE -2.268316e-13    1.825009e-07                         (NR MIcro)
16 -659621.131756280782    3.181415e-06                         (NR MAcro)
16    dE -2.757322e-13    6.796174e-07                         (NR MIcro)
16    dE -2.959287e-13    2.117018e-07                         (NR MIcro)
16    dE -2.979207e-13    6.741738e-08                         (NR MIcro)
17 -659621.131756271236    3.191333e-06                         (NR MAcro)
17    dE -2.962014e-13    1.862863e-07                         (NR MIcro)
18 -659621.131756283226    2.620229e-06                         (NR MAcro)
18    dE -2.069559e-13    6.768275e-07                         (NR MIcro)
18    dE -2.267480e-13    2.100289e-07                         (NR MIcro)
18    dE -2.286330e-13    6.601497e-08                         (NR MIcro)
19 -659621.131756282877    2.599378e-06                         (NR MAcro)
19    dE -2.235162e-13    1.805608e-07                         (NR MIcro)
20 -659621.131756271236    3.302830e-06                         (NR MAcro)
20    dE -2.954827e-13    7.062694e-07                         (NR MIcro)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-14 15:55

413 发表于 2022-3-14 02:36
请教下，这是不是快接近收敛了？还能加个啥命令呢？
angs PRINTBASIS PRINTMOS pbe ZORA/RI ZORA-def2-T ...

试试把thresh、tcut设严一些，此外检查一下有没有基组线性相关

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-3-14 18:39

413 发表于 2022-3-14 09:36
请教下，这是不是快接近收敛了？还能加个啥命令呢？
angs PRINTBASIS PRINTMOS pbe ZORA/RI ZORA-def2-T ...

为什么要用verytight呢，这不是增加收敛难度么

作者
Author: 413 时间: 2022-3-14 20:37
本帖最后由 413 于 2022-3-16 07:33 编辑

hebrewsnabla 发表于 2022-3-14 18:39
为什么要用verytight呢，这不是增加收敛难度么

我也不太明白。
我试过loose, normal，能量变化走的没样
tight, verytight能分别走到10e-4左右和10e-6左右

坐等大神解释下orca里scf收敛标准是否（和高斯里scf收敛标准一样？）只影响threshold，不影响其他的

orca吊打高斯好几圈
2022.03.16更新体验
Trah超调

作者
Author: 413 时间: 2023-10-6 17:12

wzkchem5 发表于 2022-3-14 15:55
试试把thresh、tcut设严一些，此外检查一下有没有基组线性相关

请教下，是另外一个zora的小分子吸附在过渡金属的体系，"opt pbe ZORA/RI ZORA-def2-TZVP SARC/J KDIIS NOSOSCF defgrid3 NOFINALGRIDX notrah"
我检查了“Smallest eigenvalue”，确实如手册那样存在线性相关问题。于是调整了thresh的阈值，现在还在算，还不知道能不能收敛。但我检查了另一个体系，同样存在线性问题，最后也是收敛了。
我想问下线性相关问题与收敛之间存在必然联系吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-6 17:21

413 发表于 2022-3-14 20:37
我也不太明白。
我试过loose, normal，能量变化走的没样
tight, verytight能分别走到10e-4左右和10e-6 ...

你有没检验收敛后的波函数稳定性

作者
Author: 413 时间: 2023-10-6 17:22

zjxitcc 发表于 2023-10-6 17:21
你有没检验收敛后的波函数稳定性

我做下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-6 17:23

413 发表于 2023-10-6 17:12
请教下，是另外一个zora的小分子吸附在过渡金属的体系，"opt pbe ZORA/RI ZORA-def2-TZVP SARC/J KDIIS N ...

存在正相关关系。若体系存在基函数线性相关，SCF收敛会变难，即使正确去掉了线性相关，收敛也比常规体系要慢。
另外，建议使用fch2mkl小程序传轨道给ORCA，该小程序在传轨道时就考虑了基函数线性相关（如果存在的话），在inp文件里写入了相应关键词，而非等用户在ORCA里摸爬滚打一阵子之后检查才发现。

作者
Author: 413 时间: 2023-10-6 17:48

zjxitcc 发表于 2023-10-6 17:21
你有没检验收敛后的波函数稳定性

波函数是稳定的。

   *** CONVERGENCE OF RESIDUAL NORM REACHED ***

-----------------------------
SCF STABILITY ANALYSIS RESULT
-----------------------------

RHF/RKS->UHF/UKS - triplet - external

Root Eigenvalue (au)
   0    0.046522
   1    0.047015
   2    0.047309

Stability Analysis indicates a stable HF/KS wave function.

作者
Author: 413 时间: 2023-10-6 18:03
本帖最后由 413 于 2023-10-6 18:06 编辑

zjxitcc 发表于 2023-10-6 17:23
存在正相关关系。若体系存在基函数线性相关，SCF收敛会变难，即使正确去掉了线性相关，收敛也比常规体系 ...

我也试过mokit（现在基本是首选项）
但有个小困惑，就是高斯算不了zora

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-6 21:00

413 发表于 2023-10-6 18:03
我也试过mokit（现在基本是首选项）
但有个小困惑，就是高斯算不了zora

你的困惑是对的。但现在是2023年，考虑标量相对论应该使用DKH2或sfX2C哈密顿，而不是用完全过时的ZORA（不是ORCA的问题，是ZORA的问题）http://bbs.keinsci.com/thread-550-1-1.html

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-6 22:56

zjxitcc 发表于 2023-10-6 14:00
你的困惑是对的。但现在是2023年，考虑标量相对论应该使用DKH2或sfX2C哈密顿，而不是用完全过时的ZORA（ ...

DKH2我之前遇到过对于一些比较重的元素（比如Bi）有variational instability，会严重低估Bi-C键长（至少0.5埃以上）。所以我现在做这种计算，如果在orca里做的话，一般都是ZORA算opt+freq，sf-X2C算单点（我们内部orca版本已经实现了sf-X2C的单点和解析梯度，但暂时没有解析Hessian），必要情况下单点计算还可以微扰考虑SOC。如果用BDF做就是统一用sf-X2C了，同样的，单点如果有必要的话加SOC。

作者
Author: 413 时间: 2023-10-7 09:08
本帖最后由 413 于 2023-10-7 09:31 编辑

wzkchem5 发表于 2023-10-6 22:56
DKH2我之前遇到过对于一些比较重的元素（比如Bi）有variational instability，会严重低估Bi-C键长（至少0 ...

想问下6.0功能更新有啥big news吗？大概啥时候会正式对外？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-7 16:07

413 发表于 2023-10-7 02:08
想问下6.0功能更新有啥big news吗？大概啥时候会正式对外？

有很多，我暂时能想到的：sf-X2C；CCSD解析梯度；解析拉曼强度；构象搜索；分子对接（docking）；内转换速率；新的半经验方法（NOTCH）；等等。
估计明年初发布

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-10-9 14:56

wzkchem5 发表于 2023-10-7 16:07
有很多，我暂时能想到的：sf-X2C；CCSD解析梯度；解析拉曼强度；构象搜索；分子对接（docking）；内转换 ...

CCSD(T)的解析梯度有希望吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-9 16:08

mfdsrax2 发表于 2023-10-9 07:56
CCSD(T)的解析梯度有希望吗？

可能可以来得及做完，现在不好说。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)