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标题: martini跑蛋白配体复合物体系平衡时遇到问题 [打印本页]

作者
Author: 流卡瓦 时间: 2022-3-10 10:40
标题: martini跑蛋白配体复合物体系平衡时遇到问题
我在用martini力场跑蛋白配体复合物体系时，在平衡步骤的时候报错
Program: gmx mdrun, version 2021.4
Source file: src/gromacs/mdlib/constr.cpp (line 241)

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1529)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem

附件中是平衡的mdp文件，复合体的坐标文件，以及能量最小化后的坐标文件。
恳请各位指教

作者
Author: casea 时间: 2022-3-12 15:37
配体应该是跑散了，可能是配体粗粒化的模型参数不合适，比如说键角键长约束等等

作者
Author: 流卡瓦 时间: 2022-3-12 21:03

casea 发表于 2022-3-12 15:37
配体应该是跑散了，可能是配体粗粒化的模型参数不合适，比如说键角键长约束等等

那我应该如何优化模型参数呢，这个参数是我用auto-martini 生成的。

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