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标题: 环糊精与马来酸的配合物结构优化不收敛求助 [打印本页]

作者
Author: fresco604 时间: 2022-3-10 11:29
标题: 环糊精与马来酸的配合物结构优化不收敛求助
小弟试图计算一个环糊精与马来酸的配合物结构，配合物初始结构通过Autodock Vina生成（环糊精与马来酸都是M06优化过的结构）

配合物初始结构我使用HF/STO-3G进行初步优化，命令为

#p opt=cartesian hf/sto-3g scf=xqc （不加opt=cartesian会3个原子连城直线报错，不加scf=xqc也会不收敛报错）

然而目前计算结果如下，算到了376步，依然不收敛，且产生Error termination request processed by link 9999. 错误信息
  Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.002789    0.000450    NO
RMS    Force          0.000559    0.000300    NO
Maximum Displacement    0.000167    0.001800    YES
RMS    Displacement    0.000076    0.001200    YES

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

请教各位大佬，这种情况应该如何收敛！不胜感激

作者
Author: RAL 时间: 2022-3-10 11:32
本帖最后由 RAL 于 2022-3-10 11:44 编辑

预优化还不如用xtb，既便宜又快，精度还甩HF/STO-3G一条街。单纯针对优化不收敛的问题，这是因为优化到后面，每一步的位移太小了，高斯默认的gediis有时候会出现这种问题，可以换opt=gdiis

作者
Author: fresco604 时间: 2022-3-10 11:40

RAL 发表于 2022-3-10 11:32
预优化还不如用xtb，既便宜又快，精度还甩HF/STO-3G一条街

xtb还没有用过，如果使用目前的办法，如何才可以收敛呢？Autodock Vina产生的初始结构应该也不至于那么差呀

比如通过使用不同的优化方法，如opt=GDIIS，还有减小步长maxstep=1 之类的，会不会有帮助？

请各位老师赐教

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-10 11:44
不一定是“Autodock Vina产生的初始结构”差，也有可能是“hf/sto-3g scf=xqc”优化出了不合理的结构、进而导致SCF不收敛。

作者
Author: fresco604 时间: 2022-3-10 12:39

zjxitcc 发表于 2022-3-10 11:44
不一定是“Autodock Vina产生的初始结构”差，也有可能是“hf/sto-3g scf=xqc”优化出了不合理的结构、进而 ...

之前我也用过DFT/6-31+G(d)直接算Autodock产生的结果，也是SCF不收敛，我感觉是不是HF加小基组更容易收敛就尝试了HF/STO-3G, 但是目前看起来也不收敛。

那老师有什么推荐的算法来优化Autodock的输出结果吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-10 13:54

fresco604 发表于 2022-3-10 12:39
之前我也用过DFT/6-31+G(d)直接算Autodock产生的结果，也是SCF不收敛，我感觉是不是HF加小基组更容易收敛 ...

成百上千个结构预优化：xTB/MOPAC
几个、几十个结构优化，想好一点：高斯DFT，B3LYP/6-31G(d,p) em=GD3BJ

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 15:50

fresco604 发表于 2022-3-10 04:40
xtb还没有用过，如果使用目前的办法，如何才可以收敛呢？Autodock Vina产生的初始结构应该也不至于那么差 ...

这里可能存在的一个问题是你没加色散校正。如果一个体系只有靠色散作用才能稳定存在，但是你没考虑色散，那必然的结果就是本来该紧密结合的分子满处飘，很难找到稳定构型。

作者
Author: fresco604 时间: 2022-3-11 09:26

wzkchem5 发表于 2022-3-10 15:50
这里可能存在的一个问题是你没加色散校正。如果一个体系只有靠色散作用才能稳定存在，但是你没考虑色散， ...

我也尝试加入过em=gd3bj的关键词，好像还是不收敛

作者
Author: 一不小心 时间: 2022-3-14 16:01
请问您的问题解决了吗？，我也遇到了这样的问题

作者
Author: fresco604 时间: 2022-3-14 16:56

一不小心发表于 2022-3-14 16:01
请问您的问题解决了吗？，我也遇到了这样的问题

没有我感觉是Autodock Vina的初始结果有很大问题，很难用DFT直接去优化

作者
Author: 一不小心 时间: 2022-3-15 17:08
哦哦，我的是第一个一直不能收敛，后三个可以收敛，然后程序越算越离谱了

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