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标题: 想问问各位老师同学有什么好方法计算溶剂中单体和二聚体的比例吗？ [打印本页]

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Author: 天天121 时间: 2022-3-10 17:37
标题: 想问问各位老师同学有什么好方法计算溶剂中单体和二聚体的比例吗？
想请教一下大家有什么好的方法确定溶剂中单体和二聚体的比例吗？玻尔兹曼分布好像只能判断异构体，算自由能可以吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2022-3-10 19:53
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-3-10 12:55 编辑

Boltzmann分布可以用来研究任何平衡过程，不限于异构体，甚至都不限于化学领域。比如研究半导体里面载流子浓度这种物理问题也可以用。
而且算自由能是计算Boltzmann分布的先决步骤，它和计算Boltzmann分布是互相包含的关系，不是彼此替代的关系，所以“玻尔兹曼分布好像只能判断异构体，算自由能可以吗”这句话不仅前提错误，而且由第一个分句得出第二个分句的逻辑也是错误的。

作者
Author: 天天121 时间: 2022-3-10 19:55

wzkchem5 发表于 2022-3-10 19:53
Boltzmann分布可以用来研究任何反应，不限于异构体
而且算自由能是计算Boltzmann分布的先决步骤，它和计算 ...

好的老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-10 22:12
算溶剂环境中的二聚体自由能和单体自由能的2倍，得到结合平衡常数

另一种做法是用GROMACS等程序跑分子动力学，然后对轨迹做统计分析

作者
Author: kay 时间: 2022-3-11 10:01

sobereva 发表于 2022-3-10 22:12
算溶剂环境中的二聚体自由能和单体自由能的2倍，得到结合平衡常数

另一种做法是用GROMACS等程序跑分子动 ...

sob老师，如果对轨迹做统计分析，需要自己写脚本么？Gromacs培训班会讲这些的操作么？

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Author: 天天121 时间: 2022-3-11 16:51

sobereva 发表于 2022-3-10 22:12
算溶剂环境中的二聚体自由能和单体自由能的2倍，得到结合平衡常数

另一种做法是用GROMACS等程序跑分子动 ...

谢谢老师算出来二聚化反应自由能是大于0的应该在常温下无法发生

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 05:11

kay 发表于 2022-3-11 10:01
sob老师，如果对轨迹做统计分析，需要自己写脚本么？Gromacs培训班会讲这些的操作么？

会
课上详细讲语法和VMD内置命令，还详细解读几十个我写的VMD tcl分析脚本。仔细学完了什么脚本都会写

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