计算化学公社

标题: CP2K计算CI_NEB中，inp文件到底需不需要加插点结构信息？ [打印本页]

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Author: liudong123 时间: 2022-3-11 00:32
标题: CP2K计算CI_NEB中，inp文件到底需不需要加插点结构信息？
请问一下老师，CP2K计算CI_NEB中，inp文件到底需不需要加插点结构信息，看到有的加了，有的没加。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-11 00:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“CP2K CI_NEB”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: liudong123 时间: 2022-3-13 16:23

sobereva 发表于 2022-3-11 00:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师，谢谢您提醒。

作者
Author: sly2255 时间: 2023-6-29 12:42
推荐加上插点的结构，这样收敛可能会容易一些。sobNEB就可以产生中间插点结构。

作者
Author: 针灸大师容嬷嬷 时间: 2023-7-3 12:30
可加可不加，明确知道中间有什么样的过渡态结构，还是推荐加上比较好。

作者
Author: liudong123 时间: 2023-8-3 23:04

针灸大师容嬷嬷发表于 2023-7-3 12:30
可加可不加，明确知道中间有什么样的过渡态结构，还是推荐加上比较好。

都试了下确实是可加可不加

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-4 00:37
如果自己不插额外的点，程序就会用线性插值方式产生各个中间结构的初猜（也可以用sobNEB产生，见《sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具》http://sobereva.com/660）。如果对当前研究的问题这样插出来的结构和实际反应路径上的结构差异太大，有可能造成收敛所需步数极多，或者收敛到不感兴趣的结构去。

所以如果你根据反应物和产物结构结构认为自动线性插的结构太烂的话，就需要自己摆一些更好的反应路径上的中间结构提供给CP2K（此时至少提供一个过渡态初猜结构）。

作者
Author: 丁越 时间: 2023-8-4 08:53

liudong123 发表于 2022-3-13 16:23
好的老师，谢谢您提醒。

这里提供一个用idpp方式产生NEB路径的python脚本，需要提前把ASE装上。idpp方式比线性外推产生产生NEB路径的最大优势在于一些涉及到键旋转的反应上产生的插点结构往往更合理，避免了原子间的不合理接触。

作者
Author: liudong123 时间: 2023-8-6 09:34

sobereva 发表于 2023-8-4 00:37
如果自己不插额外的点，程序就会用线性插值方式产生各个中间结构的初猜（也可以用sobNEB产生，见《sobNEB： ...

谢谢明白了
老师

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