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标题: VMD如何改变氢键显示的形态（显示非虚线） [打印本页]

作者
Author: sevway 时间: 2022-3-11 21:56
标题: VMD如何改变氢键显示的形态（显示非虚线）
向各位请教一下：我想通过VMD绘制水笼子，但是VMD中的HBonds绘制出来的氢键是虚线，能否通过什么方法绘制如下这张图这样的实线氢键？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 04:42
没法直接实现，需要自己额外写脚本调用绘图命令，或者用脚本判断出哪些原子是形成感兴趣的氢键的部分，然后用licorice方式显示

作者
Author: chenzhe 时间: 2022-3-12 09:41
其实最简单的方式就是只显示把化学键键长范围增加到氢键长度范围（比如3埃），然后只显示水中的氧原子和氧原子的键。其实上面那图就是这么干的

作者
Author: lyj714 时间: 2022-3-12 11:10

chenzhe 发表于 2022-3-12 09:41
其实最简单的方式就是只显示把化学键键长范围增加到氢键长度范围（比如3埃），然后只显示水中的氧原子和氧 ...

那实际上这么做显示的不就是错误吗？显示的根本就不是氢键，因为没有角度判据。

作者
Author: sevway 时间: 2022-3-12 11:27

sobereva 发表于 2022-3-12 04:42
没法直接实现，需要自己额外写脚本调用绘图命令，或者用脚本判断出哪些原子是形成感兴趣的氢键的部分，然后 ...

谢谢，另外想请教一下，使用TCL脚本的话要如何选择在z方向上某个区间，或者一系列原子编号进行连接成键呢

作者
Author: sevway 时间: 2022-3-12 11:31

chenzhe 发表于 2022-3-12 09:41
其实最简单的方式就是只显示把化学键键长范围增加到氢键长度范围（比如3埃），然后只显示水中的氧原子和氧 ...

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-13 04:30

sevway 发表于 2022-3-12 11:27
谢谢，另外想请教一下，使用TCL脚本的话要如何选择在z方向上某个区间，或者一系列原子编号进行连接成键呢

用比如topo addbond 125 132命令，就可以给125和132原子间加上键。对于一批原子，外头套上循环就行了。

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