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标题: 服务器提交gaussian失败 [打印本页]

作者
Author: wxl-AOPS 时间: 2022-3-11 22:11
标题: 服务器提交gaussian失败
请问各位老师，我最近在服务器自己的根目录下面解压配置了gaussian16，bashrc文件如下
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=

# User specific aliases and functions
export g16root=/share/home/dmzhou/software
export GAUSS_SCRDIR=/share/home/**/software/g16/scratch
source /share/home/**/software/g16/bsd/g16.profile
job文件格式如下：
#!/bin/bash
#BSUB -q mpi
#BSUB -J testjob
#BSUB -n 24
#BSUB -o 21.log
#BSUB -o 21
#BSUB -W 40
source /share/home/**/.bashrc
g16<21.gjf>21.log
输出文件给的反馈如下：/share/home/**/.lsbatch/1647006713.5630008: line 8: test.job: command not found
想请教一下各位老师怎么回事

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 22:37
应该是bashrc里面指定的路径不对

作者
Author: wxl-AOPS 时间: 2022-3-11 23:10

413 发表于 2022-3-11 22:37
应该是bashrc里面指定的路径不对

老师你指的是哪个路径

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 23:14

wxl-AOPS 发表于 2022-3-11 23:10
老师你指的是哪个路径

这个
g16root=/share/home/dmzhou/software
应该指定到g16所在那一级文件夹

作者
Author: wxl-AOPS 时间: 2022-3-11 23:25

413 发表于 2022-3-11 23:14
这个
g16root=/share/home/dmzhou/software
应该指定到g16所在那一级文件夹

g16的文件夹在software下面，我改了以下路径为/software/g16，提交了一下文件，结果还是这样

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 23:33

wxl-AOPS 发表于 2022-3-11 23:25
g16的文件夹在software下面，我改了以下路径为/software/g16，提交了一下文件，结果还是这样

command not found，说明没找到g16这个可执行文件在哪

我也不清楚咋解决了，你等等大神

作者
Author: wxl-AOPS 时间: 2022-3-11 23:36

413 发表于 2022-3-11 23:33
command not found，说明没找到g16这个可执行文件在哪

我也不清楚咋解决了，你等等大神

非常感谢您的热心帮助

我这个小菜鸟可能问题都没描述到位

作者
Author: 413 时间: 2022-3-11 23:37

wxl-AOPS 发表于 2022-3-11 23:36
非常感谢您的热心帮助我这个小菜鸟可能问题都没描述到位

没帮上忙，不用谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 04:40
严格照着说明安装
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

描述问题必须严谨、清楚，“我改了以下路径为/software/g16”都不知道在说什么，不仅是病句，而且哪个环境变量都不需要设成这个，你也没说这路径到底是什么，机子里的g16目录到底放哪了。
当前机子里的路径这种事自己比谁都清楚

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2022-3-12 09:32
先不用队列直接提交Gaussian任务试一下，g16后面注意空格

g16 <21.gjf> 21.log

复制代码

bsub脚本参考同服务器其他同学的，可能存在问题，参考bsub提交任务。

作者
Author: abin 时间: 2022-3-12 09:55
不要在脚本中初始化用户配置文件~/.bashrc

仅在脚本中，
写上初始化高斯程序的相关配置。
高斯手册有写是哪几行。

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