计算化学公社

标题: VMD中原子操作疑惑 [打印本页]

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 07:41
标题: VMD中原子操作疑惑
请问VMD中显示原子编号的atmlab.tcl脚本哪位友友能分享一下吗，顺便请教一下用法，通过VMD帖子里介绍方法没实现，另外，在VMD中，固相和液相中都有O原子存在，我做RDF的时候，怎么区分这两种O呢？这个问题困扰了好久，也没有解决。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 08:34
http://sobereva.com/197
选择原子的时候按照z方向划分，因为是固液界面，大于某个Z值就是液体，反之则是固体

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 10:00

丁越发表于 2022-3-14 08:34
http://sobereva.com/197
选择原子的时候按照z方向划分，因为是固液界面，大于某个Z值就是液体，反之则是 ...

选择原子的时候按照z方向划分，原理我明白了。您能说明一下，具体是怎么写呢，我一般都是用name O，这种关键词格式，按照z方向划分距离的话，不知道怎么描述。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 11:37

予拥12138 发表于 2022-3-14 10:00
选择原子的时候按照z方向划分，原理我明白了。您能说明一下，具体是怎么写呢，我一般都是用name O，这种 ...

z>? && name O 就行
仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 12:11

丁越发表于 2022-3-14 11:37
z>? && name O 就行
仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

感谢感谢我没找到根本原因-不懂VMD的语法，我也找到这个帖子了，问题已经解决了。
请问您是老师吗，方便加个vx吗，看了您的一些帖子，我目前准备学习Tcl语言做后处理，遇到问题可以请教一下。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 13:24

予拥12138 发表于 2022-3-14 12:11
感谢感谢我没找到根本原因-不懂VMD的语法，我也找到这个帖子了，问题已经解决了。
请问您是老师吗，方 ...

额，不是老师
有问题论坛交流就行

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 13:37

丁越发表于 2022-3-14 13:24
额，不是老师
有问题论坛交流就行

好的好的

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 18:31

丁越发表于 2022-3-14 13:24
额，不是老师
有问题论坛交流就行

请教一下，Tcl脚本怎么运行呢，我直接拷贝到控制台和粘为txt文件去source，结果都报错了呢，请问您学习的时候，有什么教程吗，我也没找到好一点的教程学习。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 18:43

予拥12138 发表于 2022-3-14 18:31
请教一下，Tcl脚本怎么运行呢，我直接拷贝到控制台和粘为txt文件去source，结果都报错了呢，请问您学习的 ...

要么写成脚本直接在VMD的命令控制台source 这个脚本，要么直接把命令复制粘贴到TCL console中

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 19:15

丁越发表于 2022-3-14 18:43
要么写成脚本直接在VMD的命令控制台source 这个脚本，要么直接把命令复制粘贴到TCL console中

就很奇怪，之前写成txt来source，但是却没成功，现在我成功了，但是我在用您的统计O密度的脚本跑，2000帧的结构卡在1999了，不知道原因，这是需要统计多久的时间呢，结果输出在什么位置呢，还请解惑，麻烦了。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 19:34
本帖最后由丁越于 2022-3-14 19:37 编辑

予拥12138 发表于 2022-3-14 19:15
就很奇怪，之前写成txt来source，但是却没成功，现在我成功了，但是我在用您的统计O密度的脚本跑，2000帧 ...

当然后缀得是.tcl啊，怎么能写成txt呢。帧数多的话运行就慢，看输出的进度提示
啥事都不要着急求得结果，先把基础的知识看了再说，磨刀不误砍柴功

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 19:49

丁越发表于 2022-3-14 19:34
当然后缀得是.tcl啊，怎么能写成txt呢。帧数多的话运行就慢，看输出的进度提示
啥事都不要着急求得结果 ...

确实，没基础贻笑大方了，我这里只有sobereva老师分享的tcl教程，请问师兄您那边有没有什么学习资料分享一下吧

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 21:47

予拥12138 发表于 2022-3-14 19:49
确实，没基础贻笑大方了，我这里只有sobereva老师分享的tcl教程，请问师兄您那边有没有什么学习资料分享 ...

我也是看那个，基本的用法足够了

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 22:05

丁越发表于 2022-3-14 21:47
我也是看那个，基本的用法足够了

您大概学了多久哇就能写这种统计类型的脚本了。我快看了1/4了，语法感觉还可以接受，不算太复杂，最大的问题就是可能最后到自己写的时候，倒不出来什么东西

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-14 22:34

予拥12138 发表于 2022-3-14 22:05
您大概学了多久哇就能写这种统计类型的脚本了。我快看了1/4了，语法感觉还可以接受，不算太复杂，最大 ...

也没多久，你先大致浏览一下语法到底是干啥的，然后想好设计思路直接把语法套进去就完事了

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-14 22:39

丁越发表于 2022-3-14 22:34
也没多久，你先大致浏览一下语法到底是干啥的，然后想好设计思路直接把语法套进去就完事了

嗯嗯好的

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-15 14:29

丁越发表于 2022-3-14 22:34
也没多久，你先大致浏览一下语法到底是干啥的，然后想好设计思路直接把语法套进去就完事了

嗨，哥，我用你写的统计Z轴O元素的数目脚本，统计完了，我更改H元素，怎么就用不了了呢请问要怎么修改呢。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-15 14:48

予拥12138 发表于 2022-3-15 14:29
嗨，哥，我用你写的统计Z轴O元素的数目脚本，统计完了，我更改H元素，怎么就用不了了呢请问要怎么修改 ...

把element O 换成element H 不就完事了

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-15 15:02

丁越发表于 2022-3-15 14:48
把element O 换成element H 不就完事了

我确实是这么改的，报错：read"num(24.232931238412856)" : no such element in array
我看那个数组中也没添加元素符号呀好奇怪。

作者
Author: pu1p 时间: 2022-7-27 12:34
atmlab.tcl文件应该放在哪个目录下啊？我放在vmd/scripts/vmd里，然后source，重启vmd显示找不到atmlab.tcl，请问是放错目录了吗？

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