计算化学公社

标题: 求助有没有方便的生成united atom分子pdb文件的方法 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-3-14 12:24
标题: 求助有没有方便的生成united atom分子pdb文件的方法
各位老师好，目前初学分子模拟，组里需要自己生成联合原子（united atom）的分子pdb文件。看了论坛里讲解之后我用GaussView画了，但是发现不是联合原子，自己手动把氢删掉也很麻烦。想请教一下有没有方便的生成联合原子pdb的方法。（还有一个小问题，想问下pdb文件里是不是只有原子的位置坐标信息呀，手动自己照着写一个pdb文件可行吗，力场这些的是否包含在pdb文件中呢）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-14 12:27
这么做没意义
直接把结构文件提交到ATB上直接就给你产生联合原子力场GROMOS的拓扑文件和对应的结构了

pdb里不只有坐标信息，看pdb格式的标准定义：http://www.wwpdb.org/documentati ... /format33/v3.3.html

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-3-15 00:04

sobereva 发表于 2022-3-14 12:27
这么做没意义
直接把结构文件提交到ATB上直接就给你产生联合原子力场GROMOS的拓扑文件和对应的结构了

感谢sob老师！我们组都在用TraPPE力场，想问下有没有能产生TraPPE力场拓扑文件的工具呀

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-15 02:07

FrancisLi 发表于 2022-3-15 00:04
感谢sob老师！我们组都在用TraPPE力场，想问下有没有能产生TraPPE力场拓扑文件的工具呀

我印象中没现成工具
一般用TraPPE搞的都是很小的分子，可以用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建一个参数为空的拓扑文件，然后自己把具体参数往里填

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-3-15 12:43

sobereva 发表于 2022-3-15 02:07
我印象中没现成工具
一般用TraPPE搞的都是很小的分子，可以用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop ...

好的！感谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)