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标题: Sobtop 1.0(dev2)版发布！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-14 15:16
标题: Sobtop 1.0(dev2)版发布！
非常便利、普适、高效的产生GROMACS拓扑文件的程序Sobtop 1.0(dev2)版今日发布，比起之前的1.0(dev)版有了极大的改进（可完全自定义力场文件、支持了AMBER力场、可处理周期性体系、能基于用户自定义规则判断原子类型、能产生rtp文件、新加入Linux版，等等），现已可以在http://sobereva.com/soft/Sobtop/下载
我花了很多时间完善了程序主页，并且里面提供了丰富、详细的例子，其中穿插着介绍各种要点。仔细看了就知道现在最新版Sobtop的特性和功能了

以后发布的1.0正式版相对于这个1.0(dev2)版应该不会再有太大变动。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-14 16:57
本帖最后由牧生于 2022-3-14 18:03 编辑

终于支持linux
省的两台机子拷来拷去。
有一个弱弱的问题，使用openbabel得到的MMFF94电荷质量，比起RESP差多少。比如给RESP定义10分，对于计算普通的仅含碳氢氧氮的有机物，MMFF94能得多少分。

有一点，我觉得算某个片段的RESP电荷，不一定非要选取相同物质的三聚体或五聚体。
比如这个物质为 “丙烯酰胺-阳离子”的无规共聚物，摩尔比x:y=99.5:0.5。
在实际计算中，我用一个聚合度1000的片段放进盒子里，使得一条链上大约有5个阳离子，995个丙烯酰胺。
(, 下载次数 Times of downloads: 84)
在计算RESP电荷时，即使只计算阳离子三聚体的波函数信息时，由于原子数较多，那么也会耗费很长时间。
由于丙烯酰胺含量远高于阳离子，我认为可以在gv里面画成 “丙烯酰胺-阳离子-丙烯酰胺”的结构，约束阳离子部分总电荷为1也是可以的，而且可以减少计算耗时。
丙烯酰胺的部分，就直接做“丙烯酰胺-丙烯酰胺-丙烯酰胺”三聚体，然后约束各片段电荷均为0。
如果是做“丙烯酰胺-阳离子“的嵌段聚合物，那么就只能计算相同的物质三聚体来获得RESP电荷。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-15 02:03

牧生发表于 2022-3-14 16:57
终于支持linux
省的两台机子拷来拷去。
有一个弱弱的问题，使用openbabel得到的MMFF94电荷质量，比起RESP ...

MMFF94电荷打7~8分吧

怎么构建算RESP电荷的寡聚物模型看具体聚合物特征，随机应变。只要寡聚物中间部分和实际聚合物中的化学环境相同就行

作者
Author: smutao 时间: 2022-3-15 05:15
本帖最后由 smutao 于 2022-3-15 05:19 编辑

小分子的力场参数里比较棘手的是电荷和二面角参数
成键参数的重要性比较低，很多方法都可以做

我们近期发布的开源程序 LModeA-nano 也可以用来产生键长、键角的力常数（需要转换单位）
代码地址1: https://github.com/smutao/LModeA-nano
代码地址2(国内): https://gitlab.com/smutao/LModeA-nano
文章：https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c01269

有关这个程序的介绍将在近期推出

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-15 05:38
给Sobtop主页里添加了FAQ部分，汇总了近期被问及的一些问题

作者
Author: 阿di达思 时间: 2022-3-15 17:59
社长，Sobtop可以结合CLAYFF或INTERFACEFF力场进行矿物的gmx模拟吗？

作者
Author: neocc 时间: 2022-3-15 21:18
请问社长周期性氧化石墨烯上面接小基团，mol2文件里面跨越盒子的键定义正常，由于接枝的小分子里面有Si元素，生成的itp文件二面角有18个空着。
我想了个办法，把Si用C替代，然后再用sobtop生成itp参数去填充Si缺失的数据。 (, 下载次数 Times of downloads: 81)
自建的真空周期性test.mdp正常运行，最后的结果石墨烯没有解体，但是接枝小分子崩开成了好多小分子。 (, 下载次数 Times of downloads: 88)
需要如何解决呢？

附件： (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 01:38

阿di达思发表于 2022-3-15 17:59
社长，Sobtop可以结合CLAYFF或INTERFACEFF力场进行矿物的gmx模拟吗？

原理上可以

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 01:43

neocc 发表于 2022-3-15 21:18
请问社长周期性氧化石墨烯上面接小基团，mol2文件里面跨越盒子的键定义正常，由于接枝的小分子里面有Si元素 ...

不光是二面角，bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱，这导致自动猜的键角的平衡值都离谱
先别管二面角，就算留空，起码也能正常跑动力学。你当前模拟的结果是键长键角都是错的，先着力把这些解决。
复杂体系一次跑不成功时就先用简化的或相似不缺参数的体系来跑，反复对照找原因。

作者
Author: neocc 时间: 2022-3-16 02:13

sobereva 发表于 2022-3-16 01:43
不光是二面角，bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱，这导致自动猜的键角的平衡值都离 ...

非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性，您可以提供一个用于检测周期性分子的mdp模板嚒？
自己写的test.mdp遇到带电荷的小分子没办法消除质心转动，只能消除平动，轨迹一直在打转，不方便观察。

另外，按照您的指导，进行如下操作是否正确：
1对接枝的分子用高斯做优化后再算频率得到fchk文件
2然后sobtop生成小分子itp，检验拓扑结构在真空中是否合理
3对照键长键角二面角等参数，替换原先的gro和itp里面的数据

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 02:27

neocc 发表于 2022-3-16 02:13
非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性，您 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 10)
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的，尺寸比较小，所以里面cutoff用的很小，而且用截断方式算的静电作用，正常情况应当用PME

正确

作者
Author: neocc 时间: 2022-3-16 08:33

sobereva 发表于 2022-3-16 02:27
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的，尺寸比较小，所以里面cutoff用的很 ...

谢谢社长大人～

作者
Author: PoorChaos 时间: 2022-3-16 10:01
谢谢社长

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-16 13:38
本帖最后由牧生于 2022-3-16 13:41 编辑

产生水杨酸钠阴离子部分，且力常数全基于Hessian计算，遇到了有点奇怪的问题
使用orca进行了水杨酸钠阴离子部分的opt和freq，使用得到的hess文件，然后参照例1：产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件：力常数全基于Hessian计算得到，得到的itp有点问题
(, 下载次数 Times of downloads: 81)

但是如果直接全部只使用gaff，就没问题

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 16:20
刚才又更新了一下sobtop 1.0(dev2)，修正了没法正确识别assign_AT.dat里定义的原子电荷的bug。
界面里增加了选项4产生gjf文件，其中含有Sobtop自动判断的连接关系，便于使用pdb作为输入文件时用户可以在GaussView里检查Sobtop判断的连接关系

在主页上新增加了一个将文献里的参数补进来模拟SiO2晶体的例子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 16:34

牧生发表于 2022-3-16 13:38
产生水杨酸钠阴离子部分，且力常数全基于Hessian计算，遇到了有点奇怪的问题
使用orca进行了水杨酸钠阴离 ...

是个bug，我刚才更新了，已经修正

作者
Author: ggdh 时间: 2022-3-16 17:46
有没有计划基于TS方法做VDW参数啊, Multiwfn里面已经可以算半径了, 感觉应该很容易实现?

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 03:39

ggdh 发表于 2022-3-16 17:46
有没有计划基于TS方法做VDW参数啊, Multiwfn里面已经可以算半径了, 感觉应该很容易实现?

还不在短期考虑范围内，在此之前还有很多其它更重要的feature打算加入。
TS方式搞出来的，用于凝聚相模拟，实际效果怎么样很难说，估计远不如专门向实验拟合出来的vdW参数。但如果能证明这个方法对有机体系力场不支持的元素，用于模拟的结果至少比用UFF的LJ参数凑合的明显更好，我很乐意加上。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-17 07:59
本帖最后由牧生于 2022-3-17 18:08 编辑

sobereva 发表于 2022-3-16 16:34
是个bug，我刚才更新了，已经修正

win版已经没问题，似乎linux版本还是没更正呢

作者
Author: 阿di达思 时间: 2022-3-20 22:09
社长，Sobtop和Forcefit之间有什么联系吗，有没有俩程序组合使用的案例？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-21 07:20

阿di达思发表于 2022-3-20 22:09
社长，Sobtop和Forcefit之间有什么联系吗，有没有俩程序组合使用的案例？

Forcefit是Sobtop的前身
Forcefit能做的事只是如今Sobtop极小的子集而已（其中主功能5，而且仅限于.fch文件，仅限于Seminario方法。而且Forcefit还得有Python环境，用着麻烦），完全没有组合的关系。Forcefit已经完全没用了

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