计算化学公社

标题: 求助gromacs蛋白质退火问题 [打印本页]

作者
Author: Tyzhang 时间: 2022-3-15 10:19
标题: 求助gromacs蛋白质退火问题
本帖最后由 Tyzhang 于 2022-3-15 10:43 编辑

研究目的：蛋白溶于水中研究不同加工温度对它的影响在10ns内从4℃升高至75℃，随后继续模拟190ns。
问题：在进行限制性预平衡的时候，nvt和npt中的温度耦合参数ref-t温度该如何设置，是设置成4℃还是75℃？
谢谢大家！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-15 13:55
用了退火设置ref-t就没意义了，不影响结果
一般没必要做NVT，多此一举

作者
Author: Tyzhang 时间: 2022-3-15 14:34

sobereva 发表于 2022-3-15 13:55
用了退火设置ref-t就没意义了，不影响结果
一般没必要做NVT，多此一举

好的，谢谢sob老师的解答！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)