计算化学公社

标题: 请问top文件和gro文件的atom name不匹配该怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-15 19:18
标题: 请问top文件和gro文件的atom name不匹配该怎么办？
各位老师好，我采用sobtop分别生成了CO2和50个重复单元PET的itp文件(CO2.itp，50PET.itp)
随后我使用MS的AC功能构建了1条PET链与50个CO2小分子的box并导出mol2文件，仍旧采用sobtop导出其gro文件

接着我将CO2.itp文件中的atomtypes栏剪切黏贴至50PET，并修改CO2中O的name，

最后我将其include到主top上，但运行gmx的时候出现如下的警告，请问我该如何操作

谢谢各位老师

warning内容如下：
Warning: atom name 3 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C3 - H3)
Warning: atom name 5 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C5 - H5)
Warning: atom name 8 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C8 - H8)
Warning: atom name 9 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O9 - C9)
Warning: atom name 10 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O10 - H10)
Warning: atom name 11 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O11 - C11)
Warning: atom name 12 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C12 - O12)
Warning: atom name 14 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C14 - O14)
Warning: atom name 15 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C15 - O15)
Warning: atom name 16 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C16 - O16)
Warning: atom name 18 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C18 - H18)
Warning: atom name 19 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C19 - H19)
Warning: atom name 21 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C21 - H21)
Warning: atom name 22 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O22 - H22)
Warning: atom name 24 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O24 - H24)
Warning: atom name 25 in 50PET.top and petbox.gro does not match (O25 - C25)
Warning: atom name 27 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C27 - H27)
Warning: atom name 29 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C29 - H29)
Warning: atom name 32 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C32 - H32)
Warning: atom name 34 in 50PET.top and petbox.gro does not match (C34 - H34)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file 50PET.top, line 16]:
  837 non-matching atom names
  atom names from 50PET.top will be used
  atom names from petbox.gro will be ignored

50PET.itp因文件过大，采用外链接，后缀改为itp即可。https://wwt.lanzouj.com/ii95101ialcd
密码:4twi

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-15 19:49
本帖最后由牧生于 2022-3-15 20:15 编辑

对号入座

http://sobereva.com/soft/Sobtop/
FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

我强烈建议（这也是GROMACS的良好使用习惯），对体系中每种通过bond项（用于描述有显著共价特征的化学键，也包括配位键）连接到一起的片段，单独用Sobtop产生拓扑文件，并计算其原子电荷。比如离子液体，由于阴阳离子间是非共价作用，因此就应当对阳离子和阴离子分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去。
再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

复制代码

我也试过做聚合物，但处于放弃的边缘。因为我想做一下嵌段聚合物的自组装。然而，放入几十条重复单元数100的聚合物链进入盒子，再加水到合适的浓度，总原子数可达几百万，即使3090跑起来也觉得很吃力。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-15 21:37
本帖最后由高处裹棉被于 2022-3-15 23:36 编辑

牧生发表于 2022-3-15 19:49
对号入座

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

老师好，我是按里面把二者的itp都include到了主top，然后合并去重了atomtypes，但我这里的warning显示是gro里的对不上

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 03:23
sobtop给出的gro和itp里的原子顺序都是相同的
你当前的问题是整个体系结构文件里的原子顺序和拓扑文件里的不符，什么原因、哪步导致的不符只有自己知道
你若用packmol或GROMACS的gmx insert-molecules去产生整个体系的结构文件，而且单分子的结构文件和给sobtop用的是相同的（文件格式可以不同），则整个体系里每个分子的原子顺序都会和itp里一致。如果还有这种提示，而且从提示上看元素对应关系都是错的，那只可能是top的[molecules]里你的分子顺序和结构文件里不同，自己调整就完了。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-16 21:36
本帖最后由高处裹棉被于 2022-3-16 22:11 编辑

sobereva 发表于 2022-3-16 03:23
sobtop给出的gro和itp里的原子顺序都是相同的
你当前的问题是整个体系结构文件里的原子顺序和拓扑文件里的 ...

谢谢老师，我发现错误在于之前MS中建立的PET是螺旋状的构象，而输入sobtop中的PET是一个拉直的构象(用Avogadro建立的)，由此导致，现在我用packmol建立后原子顺序，元素对应关系都保持一致，gromacs打包后只有二氧化碳的atom name显示不对，请问是否可以忽略该warning了。

warning内容如下：
Warning: atom name 1104 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1104)
Warning: atom name 1105 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1105)
Warning: atom name 1106 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1106)
Warning: atom name 1107 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1107)
Warning: atom name 1108 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1108)
Warning: atom name 1109 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1109)
Warning: atom name 1110 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1110)
Warning: atom name 1111 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1111)
Warning: atom name 1112 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1112)
Warning: atom name 1113 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1113)
Warning: atom name 1114 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1114)
Warning: atom name 1115 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1115)
Warning: atom name 1116 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1116)
Warning: atom name 1117 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1117)
Warning: atom name 1118 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1118)
Warning: atom name 1119 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1119)
Warning: atom name 1120 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1120)
Warning: atom name 1121 in 50PET.top and mix.gro does not match (O3 - O1121)
Warning: atom name 1122 in 50PET.top and mix.gro does not match (C1 - C1122)
Warning: atom name 1123 in 50PET.top and mix.gro does not match (O2 - O1123)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file 50PET.top, line 33]:
  150 non-matching atom names
  atom names from 50PET.top will be used
  atom names from mix.gro will be ignored

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 03:46

高处裹棉被发表于 2022-3-16 21:36
谢谢老师，我发现错误在于之前MS中建立的PET是螺旋状的构象，而输入sobtop中的PET是一个拉直的构象(用Avo ...

从提示上看至少现在元素对应关系上没错，应当原子顺序实际对应关系也没问题，如果能确保这点，可以忽略warning

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-8 22:34

sobereva 发表于 2022-3-16 03:23
sobtop给出的gro和itp里的原子顺序都是相同的
你当前的问题是整个体系结构文件里的原子顺序和拓扑文件里的 ...

sob老师您好，刚刚学不太懂，我想问一下我的top文件里include的分子itp文件和生成的gro文件元素对应关系不一致，这个应该怎么改方便一点，因为原子数目比较多，几百个，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 23:26

Riggs-蹊发表于 2023-9-8 22:34
sob老师您好，刚刚学不太懂，我想问一下我的top文件里include的分子itp文件和生成的gro文件元素对应关系 ...

说清楚gro和拓扑文件文件是怎么来的、什么体系
应当在创建结构/拓扑文件的时候就把顺序弄一致了，而不是之后再一点点改

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-9 11:21

sobereva 发表于 2023-9-8 23:26
说清楚gro和拓扑文件文件是怎么来的、什么体系
应当在创建结构/拓扑文件的时候就把顺序弄一致了，而不是 ...

好的，我明白了，谢谢老师

作者
Author: 秋白纳 时间: 2024-3-21 16:05

Riggs-蹊发表于 2023-9-9 11:21
好的，我明白了，谢谢老师

我也遇到了差不多的情况，发现如果有重复结构，在top文件里最下方就要按重复单元里的数量写出来，而不是写总数.

作者
Author: jiangyan 时间: 2024-5-24 22:02

sobereva 发表于 2023-9-8 23:26
说清楚gro和拓扑文件文件是怎么来的、什么体系
应当在创建结构/拓扑文件的时候就把顺序弄一致了，而不是 ...

老师，您好，我的体系是先用一个单个分子的pdb文件在packmol里面搭建了水油两相的盒子，再把这个盒子的pdb用gromacs转化为了gro文件，并用sobtop产生了单个分子和水分子的top文件，手动写成了混合的top，然后想生成tpr文件，但是警告显示top和gro文件原子名称不一致，我应该怎么修改呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-25 04:07

jiangyan 发表于 2024-5-24 22:02
老师，您好，我的体系是先用一个单个分子的pdb文件在packmol里面搭建了水油两相的盒子，再把这个盒子的pd ...

本来就不需要原子名一致。看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

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