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标题: 求助MD中亚基位置发生突变 [打印本页]

作者
Author: 谭谭野野 时间: 2022-3-16 13:52
标题: 求助MD中亚基位置发生突变
跑完MD（100ns)后测量一下RMSD，如下图所示：大概在42ns时开始出现问题而且是突变的形式。于是就用VMD查看的一下轨迹文件，逐帧播放发现确实在对应的时刻发现亚基忽然出现某一位又忽然消失（如附件：轨迹视频）。若是正常的解离，两个亚基也当是逐渐的分开。如何我的是位置突变（闪现）？会跟我前面nvt和npt平衡有影响到吗？因为是模仿着教程只用了5W步。谢谢各位老师解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 16:12
老生常谈的跨越盒子边界问题，仔细看下文第2节
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

帖子标题里别随便用叹号，看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。这次给你去了，以后注意

作者
Author: 谭谭野野 时间: 2022-3-16 16:18

sobereva 发表于 2022-3-16 16:12
老生常谈的跨越盒子边界问题，仔细看下文第2节
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobere ...

好的谢谢sob老师

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