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标题: 求助：sobtop无法识别.mol2文件中的原子 [打印本页]

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-16 15:53
标题: 求助：sobtop无法识别.mol2文件中的原子
利用单晶解析的软件生成了有机分子晶体的聚集体，想要利用gmx来计算的一下聚集体间的相互作用力，因每个分子的位置较为固定，所以想把该聚集体直接生成一个拓扑文件，但是却出现了如下报错
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无论用MS还是VMD生成的.mol2文件都是这个问题，单独把一个分子拿出来生成.mol2文件也是同样的问题。
这是我分子的.mol2文件，想请问一下老师该如何解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-16 16:07
不要用什么JH01这种极为不规矩的原子名，判断不出来显然很正常
元素名前面别带着乱七八糟字符

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-3-16 16:32

sobereva 发表于 2022-3-16 16:07
不要用什么JH01这种极为不规矩的原子名，判断不出来显然很正常
元素名前面别带着乱七八糟字符

好的，谢谢老师，它自己生成的，我去修改一下

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