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标题: gromacs中，运行pdb2gmx命令时报错，出现CG原子不匹配现象，该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: xking 时间: 2022-3-16 16:26
标题: gromacs中，运行pdb2gmx命令时报错，出现CG原子不匹配现象，该怎么解决？
运行的是这条命令gmx_mpi pdb2gmx -f MAPK14_MOL004891_dockout.pdb -ignh -o ma4891.gro
然后报错Residue 7 named ARG of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CG used in
that entry is not found in the input file.，说7号残基里CG原子里没有使用到。
但是我的pdb文件里7号残基不是ARG，也没有CG原子，如图所示，不知道咋回事
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 04:05
注意看pdb里残基序号是否是从1开始连续排下去的，如果不是的话，屏幕上提示的7号残基可能不是你pdb文件里序号为7的残基

作者
Author: xking 时间: 2022-3-17 10:31
sob老师，他说我这里拓扑库里面的ARG存在CG原子，但是我PDB文件里有一个ARG残基只有三个C原子CA，C，CB，没用到CG这个怎么办(因为我的蛋白质pdb中间断了三个残基)

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-18 10:48
可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

作者
Author: xking 时间: 2022-3-19 16:30

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-18 10:48
可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

好的，谢谢你，我去试试

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