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标题: 求助，gromacs模拟蛋白-多糖体系，多糖的拓扑文件怎么建立 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2022-3-16 19:11
标题: 求助，gromacs模拟蛋白-多糖体系，多糖的拓扑文件怎么建立
请教下各位，我现在要模拟多糖（5个左右的单糖组成的）-蛋白体系。
蛋白我用的是amber14sb力场，我想多糖用glycam力场，这可以吗，还是说不能两个力场共存。
多糖的拓扑文件也是和蛋白-小分子体系一样建立吗，因为我已经弄了我的多糖模型，但是我看生成小分子的itp文件的程序中都是没有glycam力场，难道我要用acpype去生成gaff力场下的多糖拓扑文件吗？这合理吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-16 20:29
共存，但是方便的做法是，用charmm-gui全部生成charmm力场的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 03:55
acpype绝对不是搞生物大分子体系的拓扑文件用的

建议用AmberTools里的leap产生糖蛋白的拓扑文件，然后用acpype转成GROMACS格式

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