计算化学公社

标题: 求助MS导入MOF CIF用sorption模块赋予Qeq电荷时失败 [打印本页]

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-3-17 08:06
标题: 求助MS导入MOF CIF用sorption模块赋予Qeq电荷时失败
提示：This periodic system bears a net charge (-4.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. 我的MOF结构有几百个原子，总不能手动输入电荷吧，想请问群主和大神是如何解决的，感谢感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 08:21
没事别在标题里乱用叹号，别显得那么浮躁，好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
这次给你改了，下不为例
这是论坛，不是群，哪来的什么群主

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-3-17 09:39
好的，谢谢sob老师

作者
Author: 943436427 时间: 2022-3-25 22:25
请问问题解决了吗，我也遇到这个问题了，我在raspa中用qeq也会报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 01:37

943436427 发表于 2022-3-25 22:25
请问问题解决了吗，我也遇到这个问题了，我在raspa中用qeq也会报错。

MOF类体系有专门适合的原子电荷，诸如CBAC、I-QEq等，用CP2K算REPEAT电荷也挺好。强烈不建议用QEq，前述方法比用QEq在描述MOF与其它分子的静电相互作用方面会强得多

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-12 14:51

sobereva 发表于 2022-4-12 01:37
MOF类体系有专门适合的原子电荷，诸如CBAC、I-QEq等，用CP2K算REPEAT电荷也挺好。强烈不建议用QEq，前述 ...

请问sob老师，您提到的CBAC和I-QEq原子电荷是用什么软件去计算的呢？这类型的电荷适不适用于做模拟MOF吸附药物分子呢？我的导师希望我用课题组做出来的CD-MOF做一下药物分子吸附与扩散的模拟，但是实验得到的CD-MOF虽然与CCDC里上传的MOF模型的XRD吻合得很好，但是比表面积和孔径都要小很多（CCDC提供模型的文献所用的合成CD-MOF的方法与我课题组所用方法不同），我该如何建立与课题组实验所得的CD-MOF结构相近的模型呢？用XRD反解得到晶格常数与原子坐标是否可行？打扰sob老师了。

作者
Author: chemistry93 时间: 2023-5-12 15:43
我知道AuToFF（可视化力场辅助工具）是可以做这件事情的，AuToFF是鸿之微云（cloud.hzwtech.com）下的一款免费的工具，你可以导入cif文件，然后让它帮你计算需要的QEq电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-12 17:38

MOFs的小奴隶发表于 2023-5-12 14:51
请问sob老师，您提到的CBAC和I-QEq原子电荷是用什么软件去计算的呢？这类型的电荷适不适用于做模拟MOF吸 ...

我不知道CD-MOF是什么，如果有晶体结构就用晶体结构模拟

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-13 13:24

sobereva 发表于 2023-5-12 17:38
我不知道CD-MOF是什么，如果有晶体结构就用晶体结构模拟

感谢sob老师回复，晶体结构是有的，问题在于如之前我所说的，CCDC里的MOF模型与实验得到的MOF结构差异很大，要是直接用CCDC里的模型，算出来的结果与实验差别特别大，尤其是我做吸附小分子的模拟时，吸附量高出四五倍，所以我就想是否可以通过XRD反解出实验得到的MOF晶体结构，然后再去做相关的计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 16:16

MOFs的小奴隶发表于 2023-5-13 13:24
感谢sob老师回复，晶体结构是有的，问题在于如之前我所说的，CCDC里的MOF模型与实验得到的MOF结构差异很 ...

你们实验实际做出来的MOF没法测单晶结构？
如果实际结构和CCDC里的不同，自然没法用于模拟。如果是已知和CCDC里的某种MOF相似，但不完全相同，又没法测单晶结构，那就只能根据实验信息试图估计实际的结构是什么样，然后尝试模拟。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)